3gvk

Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-N-acetylneuraminidase

Enterobacteria phage K1F

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 9	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid × 6 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid × 3 SODIUM ION × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q858B1_BPK1F
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–670； UniProt 246–910 作者链 B； PDB构建体 6–670； UniProt 246–910 作者链 C； PDB构建体 6–670； UniProt 246–910

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gvk
沉积日期 deposition_date	2009-03-31
结构标题 title	Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant
关键词 keywords	endo neuraminidase, polysialic acid, triple-beta helix, Glycosidase, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gvk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gvk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.05 Å
Rg（电子密度）	38.19 Å
总 Rg	38.68 Å
原子数	16020
残基数	1976
排除体积	280560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gvk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endo-N-acetylneuraminidase
分子量 formula_weight	74475.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.129
突变 mutation	H350A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18367

VPRGSAKGDGVTDDTAALTSALNDTPVGQKINGNGKTYKVTSLPDISRFINTRFVYERIPGQPLYYASEEFVQGELFKITDTPYYNAWPQDKAFVYENVIYAPYMGSDRAGVSRLHVSWVKSGDDGQTWSTPEWLTDLHPDYPTVNYHCMSMGVCRNRLFAMIETRTLAKNALTNCALWDRPMSRSLHLTGGITKAANQRYATIHVPDHGLFVGDFVNFSNSAVTGVSGDMTVATVIDKDNFTVLTPNQQTSDLNNAGKNWHMGTSFHKSPWRKTDLGLIPSVTEVHSFATIDNNGFAMGYHQGDVAPREVGLFYFPDAFNSPSNYVRRQIPSEYEPDASEPCIKYYDGVLYLITRGTRGDRLGSSLHRSRDIGQTWESLRFPHNVHHTTLPFAKVGDDLIMFGSERAENEWEAGAPDDRYKASYPRTFYARLNVNNWNADDIEWVNITDQIYQGGIVNSGVGVGSVVVKDNYIYYMFGGEDHFNPWTYGDNSAKDPFKSDGHPSDLYCYKMKIGPDNRVSRDFRYGAVPNRAVPVFFDTNGVRTVPAPMEFTGDLGLGHVTIRASTSSNIRSEVLMEGEYGFIGKSIPTDNPAGQRIIFCGGEGTSSTTGAQITLYGANNTDSRRIVYNGDEHLFQSADVKPYNDNVTALGGPSNRFTTAYLGSNPIVT

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage K1F
通用名 common_name	Bacteriophage K1F
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	344021
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	891.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-beta-neuraminic acid
分子量 formula_weight	600.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2130

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3gvka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d3gvka2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gvkb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d3gvkb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gvkb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3gvkc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.2 — Endo-alpha-sialidase

结构域编号 domain_id	d3gvkc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.108 — Triple-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.108.1 — Phage fibre proteins
家族 Family family	b.108.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3gvkc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3gvkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	3gvkA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3gvkA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3gvkA04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	3gvkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	3gvkB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3gvkB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3gvkB04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

结构域编号 domain_id	3gvkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	750 — Transcription Regulator spoIIAA
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Endosialidase, N-terminal extension domain

结构域编号 domain_id	3gvkC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3gvkC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3gvkC04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1090 — Endosialidase, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endosialidase, domain 4

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晶胞边长 a length_a	90.400 Å
晶胞边长 b length_b	153.700 Å
晶胞边长 c length_c	157.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.840 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2657
R_work r_work	0.2648
R_free r_free	0.2823

Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-N-acetylneuraminidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gvk__assembly_1__model_1

3gvk__assembly_1__model_1 | I(q)

3gvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of endo-neuraminidase NF mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endo-N-acetylneuraminidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gvk__assembly_1__model_1

3gvk__assembly_1__model_1 | I(q)

3gvk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)