3gzn

Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 （Q8TBC4） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 （Q8TBC4） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ULA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534 作者链 C； PDB构建体 1–534； UniProt 1–534

NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt Q8TBC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 （Q13564） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 （Q13564） NEDD8 × 1 （Q15843） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 D； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463

NEDD8

Homo sapiens

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 （Q13564） NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 （Q8TBC4） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit × 1 （Q13564） NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit × 1 （Q8TBC4） ZINC ION × 1 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEDD8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 7–82； UniProt 1–76 作者链 J； PDB构建体 7–82； UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gzn
沉积日期 deposition_date	2009-04-07
结构标题 title	Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924
关键词 keywords	NEDD8, E1-activating enzyme, MLN4924, PROTEIN BINDING-Ligase complex; PROTEIN BINDING/Ligase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3gzn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3gzn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3gzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.75 Å
Rg（电子密度）	30.48 Å
总 Rg	31.11 Å
原子数	8031
残基数	1035
排除体积	142630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3gzn__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3gzn__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit
分子量 formula_weight	60315.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	16050

MAQLGKLLKEQKYDRQLRLWGDHGQEALESAHVCLINATATGTEILKNLVLPGIGSFTIIDGNQVSGEDAGNNFFLQRSSIGKNRAEAAMEFLQELNSDVSGSFVEESPENLLDNDPSFFCRFTVVVATQLPESTSLRLADVLWNSQIPLLICRTYGLVGYMRIIIKEHPVIESHPDNALEDLRLDKPFPELREHFQSYDLDHMEKKDHSHTPWIVIIAKYLAQWYSETNGRIPKTYKEKEDFRDLIRQGILKNENGAPEDEENFEEAIKNVNTALNTTQIPSSIEDIFNDDRCINITKQTPSFWILARALKEFVAKEGQGNLPVRGTIPDMIADSGKYIKLQNVYREKAKKDAAAVGNHVAKLLQSIGQAPESISEKELKLLCSNSAFLRVVRCRSLAEEYGLDTINKDEIISSMDNPDNEIVLYLMLRAVDRFHKQQGRYPGVSNYQVEEDIGKLKSCLTGFLQEYGLSVMVKDDYVHEFCRYGAAEPHTIAAFLGGAAAQEVIKIITKQFVIFNNTYIYSGMSQTSATFQL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit
分子量 formula_weight	51906.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MADGEEPEKKRRRIEELLAEKMAVDGGCGDTGDWEGRWNHVKKFLERSGPFTHPDFEPSTESLQFLLDTCKVLVIGAGGLGCELLKNLALSGFRQIHVIDMDTIDVSNLNRQFLFRPKDIGRPKAEVAAEFLNDRVPNCNVVPHFNKIQDFNDTFYRQFHIIVCGLDSIIARRWINGMLISLLNYEDGVLDPSSIVPLIDGGTEGFKGNARVILPGMTACIECTLELYPPQVNFPMCTIASMPRLPEHCIEYVRMLQWPKEQPFGEGVPLDGDDPEHIQWIFQKSLERASQYNIRGVTYRLTQGVVKRIIPAVASTNAVIAAVCATEVFKIATSAYIPLNNYLVFNDVDGLYTYTFEAERKENCPACSQLPQNIQFSPSAKLQEVLDYLTNSASLQMKSPAITATLEGKNRTLYLQSVTSIEERTRPNLSKTLKELGLVDGQELAVADVTTPQTVLFKLHFTS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NEDD8
分子量 formula_weight	9402.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

HHHHHHMLIKVKTLTGKEIEIDIEPTDKVERIKERVEEKEGIPPQQQRLIYSGKQMNDEKTAADYKILGGSVLHLVLALRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	[(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate
分子量 formula_weight	443.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3gzna_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamily	c.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family family	c.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)

结构域编号 domain_id	d3gznb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamily	c.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family family	c.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)

结构域编号 domain_id	d3gznc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamily	c.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family family	c.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)

结构域编号 domain_id	d3gznd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.111 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
超家族 Superfamily superfamily	c.111.1 — Activating enzymes of the ubiquitin-like proteins
家族 Family family	c.111.1.2 — Ubiquitin activating enzymes (UBA)

结构域编号 domain_id	d3gzni1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3gzni2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3gznj1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d3gznj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3gznA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3gznB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3gznB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2

结构域编号 domain_id	3gznB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	3gznC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3gznD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	3gznD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	520 — Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2

结构域编号 domain_id	3gznD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	260 — NEDD8-activating enzyme E1, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	3gznI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	3gznJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	135.030 Å
晶胞边长 b length_b	228.715 Å
晶胞边长 c length_c	229.307 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.360 Å
R 因子 r_factor	0.2333
R_work r_work	0.2305
R_free r_free	0.2870

Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzn__assembly_1__model_1

3gzn__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD8-activating enzyme E1 regulatory subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8-activating enzyme E1 catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NEDD8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3gzn__assembly_1__model_1

3gzn__assembly_1__model_1 | I(q)

3gzn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)