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3h1c

Crystal structure of Polynucleotide Phosphorylase (PNPase) core bound to RNase E and Tungstate

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polyribonucleotide nucleotidyltransferase

物种未注明

UniProt P05055

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 TUNGSTATE(VI)ION × 5 与蛋白数一致
13 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 TUNGSTATE(VI)ION × 6 与蛋白数一致
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 TUNGSTATE(VI)ION × 4 与蛋白数一致
9 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 TUNGSTATE(VI)ION × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1sro

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体
3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 7ogl

共 5 个 assembly

异源或核酸复合物
7ogk 7ogm 9qh0

共 3 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PNP_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 B； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 C； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 G； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 I； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 K； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 M； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 O； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 R； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 T； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 V； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549 作者链 X； PDB构建体 1–549； UniProt 1–549

Ribonuclease E

物种未注明

UniProt P21513

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
16 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1slj 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c 3h1c

共 13 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1smx 1sn8

共 2 个 assembly

同源四聚体
2vmk

共 1 个 assembly

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2bx2 2c0b 2c4r 2fym 2fym 2fym 2vrt 2vrt 2vrt 2vrt 5f6c 5ohg

共 16 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 E； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 F； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 H； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 J； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 L； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 N； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 P； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 S； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 U； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 W； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061 作者链 Y； PDB构建体 1–41； UniProt 1021–1061

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3h1c
沉积日期 deposition_date2009-04-11
结构标题 titleCrystal structure of Polynucleotide Phosphorylase (PNPase) core bound to RNase E and Tungstate
关键词 keywords;polynucleotide phosphorylase, RNA turnover, TRANSFERASE, Cytoplasm, Nucleotidyltransferase, RNA-binding, Stress response, Endonuclease, Hydrolase, Nuclease ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3h1c__assembly_11__model_1

Assembly 11 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3h1c__assembly_11__model_1 | I(q)

10-2 10-1 104 105 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3h1c__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）13.99 Å
Rg（电子密度）14.27 Å
总 Rg14.81 Å
原子数138
残基数21
排除体积2309 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3h1c__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3h1c__assembly_2__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3h1c__assembly_3__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 3h1c__assembly_4__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 3h1c__assembly_5__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 3h1c__assembly_6__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 3h1c__assembly_7__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 3h1c__assembly_8__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 3h1c__assembly_9__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 3h1c__assembly_10__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 3h1c__assembly_11__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 3h1c__assembly_12__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 3h1c__assembly_13__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 3h1c__assembly_14__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 3h1c__assembly_15__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 3h1c__assembly_16__model_1 monomeric （1） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 36 domains

CATH v4.4 (36 domains)

结构域编号 domain_id3h1cA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cG02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cG03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cI02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cI03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cK02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cK03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cM01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cM02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cM03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cO01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cO02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cO03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cR01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cR02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cR03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cT01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cT02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cT03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cV01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cV02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cV03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cX01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
结构域编号 domain_id3h1cX02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily400 — Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain
结构域编号 domain_id3h1cX03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — GHMP Kinase, N-terminal domain
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7. 引用文献 (1)