3hd8

Crystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA in complex with bacillus subtilis xylanase

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylanase inhibitor

Triticum aestivum

UniProt Q53IQ4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Endo-1,4-beta-xylanase A × 1 (P18429) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Endo-1,4-beta-xylanase A × 1 (P18429) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q53IQ4_WHEAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389 作者链 C; PDB构建体 1–389; UniProt 1–389

Endo-1,4-beta-xylanase A

Bacillus subtilis

UniProt P18429

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Xylanase inhibitor × 1 (Q53IQ4) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Xylanase inhibitor × 1 (Q53IQ4) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XYNA_BACSU
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–185; UniProt 29–213 作者链 D; PDB构建体 1–185; UniProt 29–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3hd8
沉积日期 deposition_date2009-05-07
结构标题 titleCrystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA in complex with bacillus subtilis xylanase
关键词 keywords;TWO BETA-BARREL DOMAIN, BETA-JELLY ROLL, HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE COMPLEX, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, Xylan degradation, Glycosidase, Hydrolase ;; HYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hd8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hd8__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hd8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.36 Å
Rg(电子密度)24.31 Å
总 Rg25.26 Å
原子数4125
残基数554
排除体积73091 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3hd8__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3hd8__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3hd8a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3hd8b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12
结构域编号 domain_idd3hd8c_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3hd8d_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamilyb.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family familyb.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3hd8A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3hd8A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3hd8B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain
结构域编号 domain_id3hd8C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3hd8C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3hd8D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain
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7. 引用文献 (1)