SAXSdb — 3hd8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylanase inhibitor

Triticum aestivum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–389	未记录	Endo-1,4-beta-xylanase A × 1 （P18429）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.18M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.39 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–389	未记录	Endo-1,4-beta-xylanase A × 1 （P18429）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.18M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.39 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q53IQ4_WHEAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 C； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389

Endo-1,4-beta-xylanase A

Bacillus subtilis

UniProt P18429

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 29–213	未记录	Xylanase inhibitor × 1 （Q53IQ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.18M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.39 Å R-free 0.275
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 29–213	未记录	Xylanase inhibitor × 1 （Q53IQ4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；18% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.18M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate buffer , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.39 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HD8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AXK ENGINEERED BACILLUS BIFUNCTIONAL ENZYME GLUXYN-1 提交 1997-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–213（185 aa）片段：FUSION OF 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE DOMAIN AND 1,4-BETA-XYLANASE DOMAIN 链 B 29–213（185 aa）片段：FUSION OF 1,3-1,4-BETA-GLUCANASE DOMAIN AND 1,4-BETA-XYLANASE DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
1XXN Crystal structure of a mesophilic xylanase A from Bacillus subtilis 1A1 提交 2004-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）	未记录	SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；0.9M sodium tartrate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
2B42 Crystal structure of the Triticum xylanse inhibitor-I in complex with bacillus subtilis xylanase 提交 2005-09-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 29–213（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；0.22 M ammonium sulphate, 0.1 M sodium acetate buffer, 25 % (w/v) polyethylene glycol 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2B45 Crystal structure of an engineered uninhibited Bacillus subtilis xylanase in free state 提交 2005-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 29–213（185 aa）	突变：D11F/R122D	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；20 % (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.195
2B46 Crystal structure of an engineered uninhibited Bacillus subtilis xylanase in substrate bound state 提交 2005-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 29–213（185 aa）	突变：D11F/R122D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；20 % (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.21 Å R-free 0.198
2DCY Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase 提交 2006-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.217
2DCY Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase 提交 2006-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–213（185 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.217
2DCY Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase 提交 2006-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 29–213（185 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.217
2DCY Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase 提交 2006-01-18	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 29–213（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.217
2DCY Crystal structure of Bacillus subtilis family-11 xylanase 提交 2006-01-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 29–213（185 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1M Imidazole, 1.0-1.1K/Na tartrate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.217
2DCZ Thermal Stabilization of Bacillus subtilis Family-11 Xylanase By Directed Evolution 提交 2006-01-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）	突变：Q7H, N8F, S179C	SO4 SULFATE ION × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 1.1-1.2M ammonium sulfate, 10% deoxane, 25mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
2DCZ Thermal Stabilization of Bacillus subtilis Family-11 Xylanase By Directed Evolution 提交 2006-01-18	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–213（185 aa）	突变：Q7H, N8F, S179C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 1.1-1.2M ammonium sulfate, 10% deoxane, 25mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
2DCZ Thermal Stabilization of Bacillus subtilis Family-11 Xylanase By Directed Evolution 提交 2006-01-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–213（185 aa）	突变：Q7H, N8F, S179C	SO4 SULFATE ION × 3 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M MES, 1.1-1.2M ammonium sulfate, 10% deoxane, 25mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
2QZ3 Crystal structure of a glycoside hydrolase family 11 xylanase from Bacillus subtilis in complex with xylotetraose 提交 2007-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）	突变：E172A	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.188
2QZ3 Crystal structure of a glycoside hydrolase family 11 xylanase from Bacillus subtilis in complex with xylotetraose 提交 2007-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–213（185 aa）	突变：E172A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.188
2Z79 High resolution crystal structure of a glycoside hydrolase family 11 xylanase of Bacillus subtilis 提交 2007-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）	突变：E172A	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M imidazole pH 6.5, 1.0M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.176
2Z79 High resolution crystal structure of a glycoside hydrolase family 11 xylanase of Bacillus subtilis 提交 2007-08-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–213（185 aa）	突变：E172A	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M imidazole pH 6.5, 1.0M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.176
5K9Y Crystal structure of a thermophilic xylanase A from Bacillus subtilis 1A1 quadruple mutant Q7H/G13R/S22P/S179C 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–213（185 aa）片段：residues 29-213	突变：Q7H, G13R, S22P, S179C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES and 0.6 M sodium tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
5K9Y Crystal structure of a thermophilic xylanase A from Bacillus subtilis 1A1 quadruple mutant Q7H/G13R/S22P/S179C 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–213（185 aa）片段：residues 29-213	突变：Q7H, G13R, S22P, S179C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M HEPES and 0.6 M sodium tartrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
5TVV Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49* Apo 提交 2016-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	突变：Y88A	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.225
5TVV Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49* Apo 提交 2016-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	突变：Y88A	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.225
5TVV Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49* Apo 提交 2016-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	突变：Y88A	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.79 Å R-free 0.225
5TVY Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49 提交 2016-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	未记录	XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；1ul of protein at 20mg/ml mixed with 1ul of mother liquor, plus 0.2ul of a seed stock made from a previous crystallization drop. Crystallization condition is 0.1M Citric Acid pH 3.5, 25% PEG 3350.	分辨率 1.00 Å R-free 0.121
5TVY Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49 提交 2016-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	未记录	XPE 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；1ul of protein at 20mg/ml mixed with 1ul of mother liquor, plus 0.2ul of a seed stock made from a previous crystallization drop. Crystallization condition is 0.1M Citric Acid pH 3.5, 25% PEG 3350.	分辨率 1.00 Å R-free 0.121
5TZO Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49*-Complex 提交 2016-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	未记录	7V7 N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide × 2 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.203
5TZO Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49*-Complex 提交 2016-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	未记录	7V7 N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide × 2 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.203
5TZO Computationally Designed Fentanyl Binder - Fen49*-Complex 提交 2016-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 30–213（184 aa）片段：UNP residues 30-213	未记录	7V7 N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.8M sodium phosphate, 0.8M potassium phosphate, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 1.67 Å R-free 0.203

共 13 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XYNA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 29–213 作者链 D； PDB构建体 1–185； UniProt 29–213

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hd8
沉积日期 deposition_date	2009-05-07
结构标题 title	Crystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA in complex with bacillus subtilis xylanase
关键词 keywords	;TWO BETA-BARREL DOMAIN, BETA-JELLY ROLL, HYDROLASE INHIBITOR-HYDROLASE COMPLEX, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, Xylan degradation, Glycosidase, Hydrolase ;; HYDROLASE INHIBITOR/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.64 Å
零角强度 I(0) i0	214555000.00
分子量 molecular_weight	116880.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146010 Å³
包络体积 envelope_volume	179900 Å³
水化壳体积 shell_volume	45936 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	39.59 Å
包络 Rg envelope_rg	31.79 Å
形状 Rg shape_rg	31.57 Å
总 Rg total_rg	32.51 Å
总原子数 total_atoms	8240
残基数 n_residues	1106
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	214600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8902
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.819

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Xylanase inhibitor
分子量 formula_weight	40302.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8282

EGLPVLAPVTKDTATSLYTIPFHDGASLVLDVAGLLVWSTCEGGQSPAEIACSSPTCLLANAYPAPGCPAPSCGSDRHDKPCTAYPSNPVTGACAAGSLFHTRFAANTTDGNKPVSEVNVRVLAACAPSKLLASLPRGSTGVAGLAGSGLALPSQVASAQKVPNKFLLCLPTGGPGVAIFGGGPLPWPQFTQSMDYTPLVAKGGSPAHYISARSIKVENTRVPISERALATGGVMLSTRLPYVLLRRDVYRPLVDAFTKALAAQPANGAPVARAVKPVAPFELCYDTKTLGNNPGGYWVPNVLLELDGGSDWAMTGKNSMVDVKPGTACVAFVEMKGVDAGDGSAPAVILGGAQMEDFVLDFDMEKKRLGFLRLPHFTGCSSFNFARST

来源 Source

来源生物 organism	Triticum aestivum
通用名 common_name	Wheat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4565
宿主生物 host_organism	Pichia pastoris

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Endo-1,4-beta-xylanase A
分子量 formula_weight	20409.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

ASTDYWQNWTDGGGIVNAVNGSGGNYSVNWSNTGNFVVGKGWTTGSPFRTINYNAGVWAPNGNGYLTLYGWTRSPLIEYYVVDSWGTYRPTGTYKGTVKSDGGTYDIYTTTRYNAPSIDGDRTTFTQYWSVRQSKRPTGSNATITFTNHVNAWKSHGMNLGSNWAYQVMATEGYQSSGSSNVTVW

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3hd8a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.2 — Pepsin-like

结构域编号 domain_id	d3hd8b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12

结构域编号 domain_id	d3hd8c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.50.1 — Acid proteases
家族 Family family	b.50.1.2 — Pepsin-like

结构域编号 domain_id	d3hd8d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.11 — Xylanase/endoglucanase 11/12

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3hd8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3hd8A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3hd8B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain

结构域编号 domain_id	3hd8C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3hd8C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	3hd8D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	77.351 Å
晶胞边长 b length_b	60.300 Å
晶胞边长 c length_c	134.187 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.390 Å
最低分辨率 resolution_low	38.520 Å
R 因子 r_factor	0.2260
R_work r_work	0.2234
R_free r_free	0.2746

fit	/app/data/saxs_computation/hd/3hd8/3hd8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hd/3hd8/3hd8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hd/3hd8/3hd8.dat

Crystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-IIA in complex with bacillus subtilis xylanase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylanase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Endo-1,4-beta-xylanase A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)