SAXSdb — 3hh2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 8

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 268–376 链 B； UniProt 268–376	片段：UNP residues 268-376	Follistatin × 2 （P19883） PO4 PHOSPHATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；PEG 1000, Ethanol, Phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HH2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3SEK Crystal Structure of the Myostatin:Follistatin-like 3 Complex 提交 2011-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 268–376（109 aa）片段：UNP Residues 268-376	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；293 K；potassium thiocyanate, PEG 3350, pH 7.5, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
5JI1 Crystal Structure of GDF8 提交 2016-04-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 268–376（109 aa）片段：UNP residues 268-376 链 B 268–376（109 aa）片段：UNP residues 268-376	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid pH 6.0, 40% 2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.25 Å R-free 0.277

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF8_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 268–376 作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 268–376

Follistatin

Homo sapiens

UniProt P19883

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 30–317 链 D； UniProt 30–317	片段：UNP residues 30-317	Growth/differentiation factor 8 × 2 （O08689） PO4 PHOSPHATE ION × 3 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；PEG 1000, Ethanol, Phosphate/citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HH2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2B0U The Structure of the Follistatin:Activin Complex 提交 2005-09-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 30–317（288 aa）片段：Follistatin-288 链 D 30–317（288 aa）片段：Follistatin-288	未记录	IR3 IRIDIUM (III) ION × 5 MLI MALONATE ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 3350, 200 mM Malonate, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2P6A The structure of the Activin:Follistatin 315 complex 提交 2007-03-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 30–344（315 aa）链 D 30–344（315 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20-23% PEG 1000, 200mM MgCl2, 3% EtOH, 20mM Trimethyl-amine HCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298 K	分辨率 3.40 Å R-free 0.324
5JHW Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex 提交 2016-04-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 30–317（288 aa）片段：UNP residues 30-317 链 D 30–317（288 aa）片段：UNP residues 30-317	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 FLC CITRATE ANION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000	分辨率 2.35 Å R-free 0.247

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FST_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–288； UniProt 30–317 作者链 D； PDB构建体 1–288； UniProt 30–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hh2
沉积日期 deposition_date	2009-05-14
结构标题 title	Crystal structure of the myostatin:follistatin 288 complex
关键词 keywords	;protein-protein complex, TB domain, cystine knot motif, TGF-beta fold, disulfide linked dimer, follistatin domain (FSD), Cleavage on pair of basic residues, Cytokine, Disulfide bond, Glycoprotein, Growth factor, Secreted, SIGNALING PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX ;; SIGNALING PROTEIN/CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.75 Å
零角强度 I(0) i0	132059000.00
分子量 molecular_weight	84686.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103120 Å³
包络体积 envelope_volume	146220 Å³
水化壳体积 shell_volume	38476 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.04 Å
包络 Rg envelope_rg	31.04 Å
形状 Rg shape_rg	31.74 Å
总 Rg total_rg	32.36 Å
总原子数 total_atoms	5859
残基数 n_residues	771
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	132100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9026
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.244
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Growth/differentiation factor 8
分子量 formula_weight	12422.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6252

DFGLDCDEHSTESRCCRYPLTVDFEAFGWDWIIAPKRYKANYCSGECEFVFLQKYPHTHLVHQANPRGSAGPCCTPTKMSPINMLYFNGKEQIIYGKIPAMVVDRCGCS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Follistatin
分子量 formula_weight	31592.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GNCWLRQAKNGRCQVLYKTELSKEECCSTGRLSTSWTEEDVNDNTLFKWMIFNGGAPNCIPCKETCENVDCGPGKKCRMNKKNKPRCVCAPDCSNITWKGPVCGLDGKTYRNECALLKARCKEQPELEVQYQGRCKKTCRDVFCPGSSTCVVDQTNNAYCVTCNRICPEPASSEQYLCGNDGVTYSSACHLRKATCLLGRSIGLAYEGKCIKAKSCEDIQCTGGKKCLWDFKVGRGRCSLCDELCPDSKSDEPVCASDNATYASECAMKEAACSSGVLLEVKHSGSCN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	349

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3hh2a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3hh2b_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamily	g.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family family	g.17.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3hh2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3hh2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cystine-knot cytokines

结构域编号 domain_id	3hh2C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	290 — Extracellular Matrix Fibrillin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TGF-beta binding (TB) domain

结构域编号 domain_id	3hh2C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3hh2C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3hh2C04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3hh2D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	290 — Extracellular Matrix Fibrillin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TGF-beta binding (TB) domain

结构域编号 domain_id	3hh2D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3hh2D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	3hh2D04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.634 Å
晶胞边长 b length_b	59.540 Å
晶胞边长 c length_c	286.126 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	28.960 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/hh/3hh2/3hh2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hh/3hh2/3hh2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hh/3hh2/3hh2.dat

Crystal structure of the myostatin:follistatin 288 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Follistatin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)