SAXSdb — 3hhb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)

物种未注明

UniProt P01922

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–141 链 C； UniProt 1–141	未记录	HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN) × 2 （P02023） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.74 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HHB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HDB ANALYSIS OF THE CRYSTAL STRUCTURE, MOLECULAR MODELING AND INFRARED SPECTROSCOPY OF THE DISTAL BETA-HEME POCKET VALINE67(E11)-THREONINE MUTATION OF HEMOGLOBIN 提交 1995-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	突变：CHAIN B, D, V67T 突变：CHAIN B, D, V67T	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NQP Crystal structure of Human hemoglobin E at 1.73 A resolution 提交 2003-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链未唯一映射参考区间未声明链 C 1–141（141 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG and Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.211
1XYE T-to-THigh Transitions in Human Hemoglobin: alpha Y42A deoxy low salt 提交 2004-11-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	突变：V1M, Y42A 突变：V1M, Y42A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10% PEG 6000, 10 mM potassium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM sodium dithionite, 10 mg/ml Hb, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.241
1XZ2 wild-type hemoglobin deoxy no-salt 提交 2004-11-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；12% PEG 1450, 10 mg/ml Hb, pH 7.0, batch, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
1XZ4 Intersubunit Interactions Associated with Tyr42alpha Stabilize the Quaternary-T Tetramer but are not Major Quaternary Constraints in Deoxyhemoglobin: alphaY42A deoxyhemoglobin no-salt 提交 2004-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	突变：V1M, Y42A 突变：V1M, Y42A	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 4.6；298 K；15% PEG 4000, 50 mM sodium acetate, 100 mM ammonium acetate, 3 mM sodium dithionite, 20 mg/ml Hb, pH 4.6, batch, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
2HHB THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1984-03-07	当前字段一致	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å
2HHD OXYGEN AFFINITY MODULATION BY THE N-TERMINI OF THE BETA-CHAINS IN HUMAN AND BOVINE HEMOGLOBIN 提交 1994-09-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–141（141 aa）链 C 1–141（141 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141 作者链 C； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)

物种未注明

UniProt P02023

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–146 链 D； UniProt 1–146	未记录	HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN) × 2 （P01922） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.74 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HHB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BUW CRYSTAL STRUCTURE OF S-NITROSO-NITROSYL HUMAN HEMOGLOBIN A 提交 1998-09-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–146（146 aa）链 D 1–146（146 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 NO NITRIC OXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；1% PROTEIN 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 5.8 16% PEG 6000	分辨率 1.90 Å R-free 0.244
1HDB ANALYSIS OF THE CRYSTAL STRUCTURE, MOLECULAR MODELING AND INFRARED SPECTROSCOPY OF THE DISTAL BETA-HEME POCKET VALINE67(E11)-THREONINE MUTATION OF HEMOGLOBIN 提交 1995-04-14	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–146（146 aa）链 D 1–146（146 aa）	突变：CHAIN B, D, V67T 突变：CHAIN B, D, V67T	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1NQP Crystal structure of Human hemoglobin E at 1.73 A resolution 提交 2003-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链未唯一映射参考区间未声明链 D 1–146（146 aa）	未记录	CYN CYANIDE ION × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG and Glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.211
2HHB THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1984-03-07	当前字段一致	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–146（146 aa）链 D 1–146（146 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.74 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146 作者链 D； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hhb
沉积日期 deposition_date	1984-03-07
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	OXYGEN TRANSPORT; OXYGEN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.52 Å
零角强度 I(0) i0	63780100.00
分子量 molecular_weight	64517.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81569 Å³
包络体积 envelope_volume	97085 Å³
水化壳体积 shell_volume	33027 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.0 Å
壳层 Rg shell_rg	31.59 Å
包络 Rg envelope_rg	23.25 Å
形状 Rg shape_rg	23.51 Å
总 Rg total_rg	24.46 Å
总原子数 total_atoms	4558
残基数 n_residues	574
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.1 Å
Rg (实空间) rg_real	24.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9140
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.004
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
分子量 formula_weight	15150.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4612

VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
分子量 formula_weight	15890.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

VHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPKVKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	54

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3hhba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3hhbb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3hhbc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

结构域编号 domain_id	d3hhbd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.2 — Globins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3hhbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3hhbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3hhbC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

结构域编号 domain_id	3hhbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	490 — Globin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Globins

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8. 引用文献 (9)

The crystal structure of human deoxyhaemoglobin at 1.74 A resolution

J.Mol.Biol. (1984)

PMID: 6726807 · DOI: 10.1016/0022-2836(84)90472-8 PRIMARY

Stereochemistry of Iron in Deoxyhaemoglobin

Nature (1982)

无标题

Haemoglobin and Myoglobin. Atlas of Molecular Structures in Biology (1981)

Regulation of Oxygen Affinity of Hemoglobin. Influence of Structure of the Globin on the Heme Iron

Annu.Rev.Biochem. (1979)

Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhemoglobin at 2.5 Angstroms Resolution, I.X-Ray Analysis

J.Mol.Biol. (1976)

Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhaemoglobin at 2.5 Angstroms Resolution, Refinement of the Atomic Model

J.Mol.Biol. (1975)

无标题

Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section) (1972)

无标题

Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section) (1972)

Three-Dimensional Fourier Synthesis of Human Deoxyhaemoglobin at 3.5 Angstroms Resolution

Nature (1970)

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晶胞边长 a length_a	63.150 Å
晶胞边长 b length_b	83.590 Å
晶胞边长 c length_c	53.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.34 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.740 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/hh/3hhb/3hhb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hh/3hhb/3hhb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hh/3hhb/3hhb.dat

THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN DEOXYHAEMOGLOBIN AT 1.74 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (9)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)