SAXSdb — 3hk3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

Mus musculus

UniProt P19221

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 317–360 链 B； UniProt 361–618	片段：Light chain: UNP residues 317-360 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618 突变：W215A, E217A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；200mM Ammonium chloride, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.94 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HK3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OCV Structural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin 提交 2006-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–360（42 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2OCV Structural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin 提交 2006-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 319–360（42 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2PUX Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR3 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 10000, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：S195A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.50 Å R-free 0.319
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：S195A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.50 Å R-free 0.319
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–360（44 aa）链 D 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 317–360（44 aa）链 F 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 B 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.314
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 D 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.314
3HKI Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 B 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261
3HKI Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 E 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–44； UniProt 317–360 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 361–618

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hk3
沉积日期 deposition_date	2009-05-22
结构标题 title	Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (one molecule in the asymmetric unit)
关键词 keywords	;Serine protease, Acute phase, Blood coagulation, Calcium, Cleavage on pair of basic residues, Disulfide bond, Gamma-carboxyglutamic acid, Glycoprotein, Hydrolase, Kringle, Protease, Zymogen ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.77 Å
零角强度 I(0) i0	17901200.00
分子量 molecular_weight	32488.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40910 Å³
包络体积 envelope_volume	46382 Å³
水化壳体积 shell_volume	20896 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.0 Å
壳层 Rg shell_rg	24.87 Å
包络 Rg envelope_rg	18.16 Å
形状 Rg shape_rg	17.76 Å
总 Rg total_rg	18.83 Å
总原子数 total_atoms	2288
残基数 n_residues	243
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.078
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7702000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thrombin light chain
分子量 formula_weight	5105.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2528

FHTFFNEKTFGLGEADCGLRPLFEKKSLKDTTEKELLDSYIDGR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29795.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
突变 mutation	W215A, E217A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IVEGWDAEKGIAPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCILYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNVEKISMLEKIYVHPRYNWRENLDRDIALLKLKKPVPFSDYIHPVCLPDKQTVTSLLRAGYKGRVTGWGNLRETWTTNINEIQPSVLQVVNLPIVERPVCKASTRIRITDNMFCAGFKVNDTKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSAGAGCDRKGKYGFYTHVFRLKRWIQKVIDQFG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	240

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3hk3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3hk3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	48.647 Å
晶胞边长 b length_b	63.939 Å
晶胞边长 c length_c	95.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	43.310 Å
R 因子 r_factor	0.1834
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2354

fit	/app/data/saxs_computation/hk/3hk3/3hk3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/3hk3/3hk3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/3hk3/3hk3.dat

Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (one molecule in the asymmetric unit)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)