SAXSdb — 3hki

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

Mus musculus

UniProt P19221

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 317–360 链 B； UniProt 361–618	片段：Light chain: UNP residues 317-360 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618 突变：W215A, E217A	Proteinase-activated receptor 1 × 1 （P25116） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 317–360 链 E； UniProt 361–618	片段：Light chain: UNP residues 317-360 片段：Heavy chain: UNP residues 361-618 突变：W215A, E217A	Proteinase-activated receptor 1 × 1 （P25116） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HKI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2OCV Structural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin 提交 2006-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–360（42 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2OCV Structural basis of Na+ activation mimicry in murine thrombin 提交 2006-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 319–360（42 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；295 K；25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
2PUX Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR3 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 10000, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：S195A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.50 Å R-free 0.319
2PV9 Crystal structure of murine thrombin in complex with the extracellular fragment of murine PAR4 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：S195A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；20% PEG 3350, 200 mM MgSO4, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.50 Å R-free 0.319
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–360（44 aa）链 B 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–360（44 aa）链 D 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3EDX Crystal structure of the W215A/E217A mutant of murine thrombin 提交 2008-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 317–360（44 aa）链 F 361–618（258 aa）	突变：W215A, E217A	SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；0.2M NA2SO4, 20 % PEG 3350, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
3HK3 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (one molecule in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 B 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；295 K；200mM Ammonium chloride, 20% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.94 Å R-free 0.235
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 B 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.314
3HK6 Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A (two molecules in the asymmetric unit) 提交 2009-05-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 317–360（44 aa）片段：Light chain: UNP residues 317-360 链 D 361–618（258 aa）片段：Heavy chain: UNP residues 361-618	突变：W215A, E217A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；200mM Ammonium dihydrogen phosphate, 14% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.314

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–44； UniProt 317–360 作者链 D； PDB构建体 1–44； UniProt 317–360 作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 361–618 作者链 E； PDB构建体 1–258； UniProt 361–618

Proteinase-activated receptor 1

Homo sapiens

UniProt P25116

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 42–62	片段：Extracellular fragment: UNP residues 42-62	Thrombin light chain × 1 （P19221） Thrombin heavy chain × 1 （P19221） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 42–62	片段：Extracellular fragment: UNP residues 42-62	Thrombin light chain × 1 （P19221） Thrombin heavy chain × 1 （P19221） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；100mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HKI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NRN CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 38–60（23 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1NRO CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 38–64（27 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1NRP CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 38–60（23 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1NRQ CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURES OF THROMBIN COMPLEXED WITH THROMBIN RECEPTOR PEPTIDES: EXISTENCE OF EXPECTED AND NOVEL BINDING MODES 提交 1994-01-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 40–60（21 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1NRR Crystallographic structures of Thrombin complexed with Thrombin receptor peptides: Existence of expected and novel binding modes 提交 1994-01-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 R 43–60（18 aa）片段：UNP residues 43-60	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
3BEF Crystal structure of thrombin bound to the extracellular fragment of PAR1 提交 2007-11-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 49–57（9 aa）片段：UNP residues 49-57	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 30% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
3BEF Crystal structure of thrombin bound to the extracellular fragment of PAR1 提交 2007-11-17	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 49–57（9 aa）片段：UNP residues 49-57	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；285 K；100mM MES, 30% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K	分辨率 2.20 Å R-free 0.248
3HKJ Crystal structure of human thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 42–62（21 aa）片段：Extracellular fragment: UNP residues 42-62	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3HKJ Crystal structure of human thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2009-05-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 42–62（21 aa）片段：Extracellular fragment: UNP residues 42-62	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100mM HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.234
3LU9 Crystal structure of human thrombin mutant S195A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2010-02-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 33–57（25 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；200mM K/Na tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
3LU9 Crystal structure of human thrombin mutant S195A in complex with the extracellular fragment of human PAR1 提交 2010-02-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 33–57（25 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；200mM K/Na tartrate, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
3VW7 Crystal structure of human protease-activated receptor 1 (PAR1) bound with antagonist vorapaxar at 2.2 angstrom 提交 2012-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–301（216 aa）链 A 303–395（93 aa）	突变：N250G, N259S, D1020N, C1054T, C1097A 突变：N250G, N259S, D1020N, C1054T, C1097A	VPX ethyl [(1R,3aR,4aR,6R,8aR,9S,9aS)-9-{(E)-2-[5-(3-fluorophenyl)pyridin-2-yl]ethenyl}-1-methyl-3-oxododecahydronaphtho[2,3-c]fur an-6-yl]carbamate × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 9 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 293 K；0.1-0.2M sodium chloride, 100mM sodium phosphate pH 6.0-6.5, 25%-35% PEG 300, Lipidic cubic phase (in meso phase), temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
8XOR Cryo-EM structure of the tethered agonist-bound human PAR1-Gq complex 提交 2024-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 42–397（356 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8XOS Cryo-EM structure of the tethered agonist-bound human PAR1-Gi complex 提交 2024-01-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 42–397（356 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9D4Z CryoEM structure of PAR1 with endogenous tethered ligand 提交 2024-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 42–425（384 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å

共 12 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–21； UniProt 42–62 作者链 F； PDB构建体 1–21； UniProt 42–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hki
沉积日期 deposition_date	2009-05-23
结构标题 title	Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1
关键词 keywords	;Serine protease, Acute phase, Blood coagulation, Cleavage on pair of basic residues, Disulfide bond, Gamma-carboxyglutamic acid, Glycoprotein, Hydrolase, Kringle, Protease, Zymogen, Cell membrane, G-protein coupled receptor, Membrane, Phosphoprotein, Receptor, Transducer, Transmembrane ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.51 Å
零角强度 I(0) i0	80305900.00
分子量 molecular_weight	71420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89793 Å³
包络体积 envelope_volume	109800 Å³
水化壳体积 shell_volume	32130 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.1 Å
壳层 Rg shell_rg	35.58 Å
包络 Rg envelope_rg	28.68 Å
形状 Rg shape_rg	28.51 Å
总 Rg total_rg	29.20 Å
总原子数 total_atoms	5037
残基数 n_residues	510
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	80300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.387
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thrombin light chain
分子量 formula_weight	5105.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	5254

FHTFFNEKTFGLGEADCGLRPLFEKKSLKDTTEKELLDSYIDGR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thrombin heavy chain
分子量 formula_weight	29795.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
突变 mutation	W215A, E217A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

IVEGWDAEKGIAPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCILYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNVEKISMLEKIYVHPRYNWRENLDRDIALLKLKKPVPFSDYIHPVCLPDKQTVTSLLRAGYKGRVTGWGNLRETWTTNINEIQPSVLQVVNLPIVERPVCKASTRIRITDNMFCAGFKVNDTKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSAGAGCDRKGKYGFYTHVFRLKRWIQKVIDQFG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Proteinase-activated receptor 1
分子量 formula_weight	2673.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SFLLRNPNDKYEPFWEDEEKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	217

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3hkiA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	140 — Epsilon-Thrombin; Chain L
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thrombin light chain domain

结构域编号 domain_id	3hkiB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3hkiB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3hkiD00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	140 — Epsilon-Thrombin; Chain L
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thrombin light chain domain

结构域编号 domain_id	3hkiE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	3hkiE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	231.419 Å
晶胞边长 b length_b	50.995 Å
晶胞边长 c length_c	80.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	26.230 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/hk/3hki/3hki.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/3hki/3hki.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/3hki/3hki.dat

Crystal structure of murine thrombin mutant W215A/E217A in complex with the extracellular fragment of human PAR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thrombin light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proteinase-activated receptor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)