SAXSdb — 3hmi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 279–546	片段：Protein kinase	DKI 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M lithium sulfate, 0.05M di-sodium hydrogen phosphate, 0.05M citric acid, 19%(w/v) PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HMI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ECD Solution structure of the human ABL2 SH2 domain 提交 2007-02-13	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 163–268（106 aa）片段：SH2 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.33mM SH2 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KK1 Solution structure of C-terminal Domain of Tyrosine-protein kinase ABL2 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) target HR5537A 提交 2009-06-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1058–1182（125 aa）片段：sequence database residues 1058-1182	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.2 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 243–510（268 aa）片段：RESIDUES 243-510	未记录	NA SODIUM ION × 2 VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.284
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 243–510（268 aa）片段：RESIDUES 243-510	未记录	VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.284
2XYN HUMAN ABL2 IN COMPLEX WITH AURORA KINASE INHIBITOR VX-680 提交 2010-11-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 243–510（268 aa）片段：RESIDUES 243-510	未记录	VX6 CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID {4-[4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-6-(5-METHYL-2H-PYRAZOL-3-YLAMINO)-PYRIMIDIN-2-YLSULFANYL]-PHENYL}-AMIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.8M SODIUM SUCCINATE, PH 7, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K	分辨率 2.81 Å R-free 0.284
3GVU The crystal structure of human ABL2 in complex with GLEEVEC 提交 2009-03-31	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–546（268 aa）片段：Protein kinase	未记录	STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.226
3GVU The crystal structure of human ABL2 in complex with GLEEVEC 提交 2009-03-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–546（268 aa）片段：Protein kinase	未记录	STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.226
3ULR Lysozyme contamination facilitates crystallization of a hetero-trimericCortactin:Arg:Lysozyme complex 提交 2011-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 563–579（17 aa）片段：PXXP1 (UNP residues 563-579)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；297 K；1.0M Na Citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
4EIH Crystal structure of Arg SH2 domain 提交 2012-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 165–273（109 aa）片段：SH2 domain, UNP residues 165-273	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH8.5 100mM Tris, 15-17% PEG4000 0.2M Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.181
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP3 Abl2 SH3 提交 2017-04-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.8 M di-sodium-DL-malate	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
5NP5 Abl2 SH3 pTyr116/161 提交 2017-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
5NP5 Abl2 SH3 pTyr116/161 提交 2017-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–166（57 aa）片段：SH3 domain, UNP Residues 110-166	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium acetate	分辨率 1.40 Å R-free 0.199

共 8 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ABL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 25–292； UniProt 279–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hmi
沉积日期 deposition_date	2009-05-29
结构标题 title	The crystal structure of human ABL2 in complex with 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE
关键词 keywords	;Tyrosine kinase, ABL, ABL2, Abelson murine leukemia viral oncogene, ATP-binding, Cell adhesion, Cytoskeleton, Kinase, Lipoprotein, Magnesium, Manganese, Metal-binding, Myristate, Nucleotide-binding, Phosphoprotein, SH2 domain, SH3 domain, Transferase, Tyrosine-protein kinase, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.81 Å
零角强度 I(0) i0	15838400.00
分子量 molecular_weight	30618.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38496 Å³
包络体积 envelope_volume	44449 Å³
水化壳体积 shell_volume	19713 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.20 Å
包络 Rg envelope_rg	19.02 Å
形状 Rg shape_rg	18.81 Å
总 Rg total_rg	19.74 Å
总原子数 total_atoms	2154
残基数 n_residues	268
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0160e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7075
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4456000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.210; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase ABL2
分子量 formula_weight	33543.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2428

MGHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMDKWEMERTDITMKHKLGGGQYGEVYVGVWKKYSLTVAVKTLKEDTMEVEEFLKEAAVMKEIKHPNLVQLLGVCTLEPPFYIVTEYMPYGNLLDYLRECNREEVTAVVLLYMATQISSAMEYLEKKNFIHRDLAARNCLVGENHVVKVADFGLSRLMTGDTYTAHAGAKFPIKWTAPESLAYNTFSIKSDVWAFGVLLWEIATYGMSPYPGIDLSQVYDLLEKGYRMEQPEGCPPKVYELMRACWKWSPADRPSFAETHQAFETMFHDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE
分子量 formula_weight	425.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3hmia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3hmiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3hmiA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	165.920 Å
晶胞边长 b length_b	39.800 Å
晶胞边长 c length_c	43.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	39.720 Å
R 因子 r_factor	0.1902
R_work r_work	0.1878
R_free r_free	0.2339

fit	/app/data/saxs_computation/hm/3hmi/3hmi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hm/3hmi/3hmi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hm/3hmi/3hmi.dat

The crystal structure of human ABL2 in complex with 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase ABL2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction