SAXSdb — 3hvo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Hepatitis C virus isolate HC-J8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-(3-bromophenyl)-6-[(2-hydroxyethyl)amino]-1h-benzo[de]isoquinoline-1,3(2h)-dione × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-(3-bromophenyl)-6-[(2-hydroxyethyl)amino]-1h-benzo[de]isoquinoline-1,3(2h)-dione × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HCVJ8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–563； UniProt 2443–3005 作者链 B； PDB构建体 1–563； UniProt 2443–3005

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hvo
沉积日期 deposition_date	2009-06-16
结构标题 title	Structure of the genotype 2B HCV polymerase bound to a NNI
关键词 keywords	;viral polymerase, ATP-binding, hydrolase, metal-binding, multifunctional enzyme, nucleotide-binding, nucleotidyltransferase, RNA replication, RNA-binding, RNA-directed RNA polymerase, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hvo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hvo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hvo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.19 Å
Rg（电子密度）	24.11 Å
总 Rg	25.01 Å
原子数	4402
残基数	558
排除体积	78570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hvo__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3hvo__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	62769.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
突变 mutation	S5T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9652

SMSYTWTGALITPCGPEEEKLPINPLSNSLMRFHNKVYSTTSRSASLRAKKVTFDRVQVLDAHYDSVLQDVKRAASKVSARLLTVEEACALTPPHSAKSRYGFGAKEVRSLSRRAVNHIRSVWEDLLEDQHTPIDTTIMAKNEVFCIDPTKGGKKPARLIVYPDLGVRVCEKMALYDIAQKLPKAIMGPSYGFQYSPAERVDFLLKAWGSKKDPMGFSYDTRCFDSTVTERDIRTEESIYQACSLPQEARTVIHSLTERLYVGGPMTNSKGQSCGYRRCRASGVFTTSMGNTMTCYIKALAACKAAGIVDPVMLVCGDDLVVISESQGNEEDERNLRAFTEAMTRYSAPPGDLPRPEYDLELITSCSSNVSVALDSRGRRRYFLTRDPTTPITRAAWETVRHSPVNSWLGNIIQYAPTIWVRMVIMTHFFSILLAQDTLNQNLNFEMYGAVYSVNPLDLPAIIERLHGLEAFSLHTYSPHELSRVAATLRKLGAPPLRAWKSRARAVRASLIAQGARAAICGRYLFNWAVKTKLKLTPLPEASRLDLSGWFTVGAGGGDIYHS

来源 Source

来源生物 organism	Hepatitis C virus isolate HC-J8
通用名 common_name	HCV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11115
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-(3-bromophenyl)-6-[(2-hydroxyethyl)amino]-1h-benzo[de]isoquinoline-1,3(2h)-dione
分子量 formula_weight	411.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	851

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3hvoa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d3hvob_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

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晶胞边长 a length_a	153.293 Å
晶胞边长 b length_b	64.648 Å
晶胞边长 c length_c	135.714 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.73 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.840 Å
R 因子 r_factor	0.1835
R_work r_work	0.1817
R_free r_free	0.2182

Structure of the genotype 2B HCV polymerase bound to a NNI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hvo__assembly_1__model_1

3hvo__assembly_1__model_1 | I(q)

3hvo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the genotype 2B HCV polymerase bound to a NNI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hvo__assembly_1__model_1

3hvo__assembly_1__model_1 | I(q)

3hvo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)