SAXSdb — 3iax

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tolB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–430	未记录	Colicin-A × 1 （P04480） NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 10000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3IAX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C5K THE STRUCTURE OF TOLB, AN ESSENTIAL COMPONENT OF THE TOL-DEPENDENT TRANSLOCATION SYSTEM AND ITS INTERACTIONS WITH THE TRANSLOCATION DOMAIN OF COLICIN E9 提交 1999-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–430（430 aa）片段：ENTIRE PROTEIN	未记录	YB YTTERBIUM (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
1CRZ CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI TOLB PROTEIN 提交 1999-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–430（403 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 8000, SODIUM CHLORIDE, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.95 Å R-free 0.238
2HQS Crystal structure of TolB/Pal complex 提交 2006-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–430（408 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；MME PEG 2000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
2HQS Crystal structure of TolB/Pal complex 提交 2006-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–430（408 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；MME PEG 2000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
2HQS Crystal structure of TolB/Pal complex 提交 2006-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–430（408 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；MME PEG 2000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
2HQS Crystal structure of TolB/Pal complex 提交 2006-07-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 23–430（408 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；MME PEG 2000, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.213
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–430（430 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–430（430 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–430（430 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2IVZ Structure of TolB in complex with a peptide of the colicin E9 T- domain 提交 2006-06-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–430（430 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000, 80 MM CACL2, 100 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
2W8B Crystal structure of processed TolB in complex with Pal 提交 2009-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–430（409 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 17% PEG4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 20MG/ML	分辨率 1.86 Å R-free 0.247
2W8B Crystal structure of processed TolB in complex with Pal 提交 2009-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 22–430（409 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 17% PEG4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 20MG/ML	分辨率 1.86 Å R-free 0.247
2W8B Crystal structure of processed TolB in complex with Pal 提交 2009-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 22–430（409 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 17% PEG4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 20MG/ML	分辨率 1.86 Å R-free 0.247
2W8B Crystal structure of processed TolB in complex with Pal 提交 2009-01-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 22–430（409 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 17% PEG4000, 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 20MG/ML	分辨率 1.86 Å R-free 0.247

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–430； UniProt 1–430

Colicin-A

Citrobacter freundii

UniProt P04480

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–107	片段：Translocation domain (UNP residues 1-107)	Protein tolB × 1 （P0A855） NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 10000, 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3IAX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QDR Structural characterization of the interaction of colicin A, colicin N, and TolB with the TolAIII translocon 提交 2011-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 53–107（55 aa）片段：ColA, residues 53-107	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M K2HPO4, 2.2 M ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.273

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA_CITFR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–107； UniProt 1–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iax
沉积日期 deposition_date	2009-07-15
结构标题 title	The crystal structure of the TolB box of Colicin A in complex with TolB reveals important differences in the recruitment of the common TolB translocation portal used by group A colicins
关键词 keywords	;Colicin A, TolB, TolB box, complex, Protein transport, Transport, Antibiotic, Antimicrobial, Bacteriocin, Cell membrane, Membrane, Transmembrane, Bacteriocin transport ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.58 Å
零角强度 I(0) i0	34177000.00
分子量 molecular_weight	43874.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54407 Å³
包络体积 envelope_volume	63824 Å³
水化壳体积 shell_volume	24029 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.8 Å
壳层 Rg shell_rg	29.14 Å
包络 Rg envelope_rg	22.78 Å
形状 Rg shape_rg	22.58 Å
总 Rg total_rg	23.37 Å
总原子数 total_atoms	3097
残基数 n_residues	411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7200
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.384
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.990

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein tolB
分子量 formula_weight	47065.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3175

MKQALRVAFGFLILWASVLHAEVRIVIDSGVDSGRPIGVVPFQWAGPGAAPEDIGGIVAADLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGIDAVVVGQVTPNPDGSYNVAYQLVDTGGAPGTVLAQNSYKVNKQWLRYAGHTASDEVFEKLTGIKGAFRTRIAYVVQTNGGQFPYELRVSDYDGYNQFVVHRSPQPLMSPAWSPDGSKLAYVTFESGRSALVIQTLANGAVRQVASFPRHNGAPAFSPDGSKLAFALSKTGSLNLYVMDLASGQIRQVTDGRSNNTEPTWFPDSQNLAFTSDQAGRPQVYKVNINGGAPQRITWEGSQNQDADVSSDGKFMVMVSSNGGQQHIAKQDLATGGVQVLSSTFLDETPSLAPNGTMVIYSSSQGMGSVLNLVSTDGRFKARLPATDGQVKFPAWSPYLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Colicin-A
分子量 formula_weight	11969.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPGFNYGGKGDGTGWSSERGSGPEPGGGSHGNSGGHDRGDSSNVGNESVTVMKPGDSYNTPWGKVIINAAGQPTMNGTVMTADNSSMVPYGRGFTRVLNSLVNNPVSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Citrobacter freundii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	546
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	62

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3iaxa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.2 — TolB, N-terminal domain
家族 Family family	c.51.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3iaxa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.4 — TolB, C-terminal domain
家族 Family family	b.68.4.1 — TolB, C-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3iaxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	3iaxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.955 Å
晶胞边长 b length_b	40.174 Å
晶胞边长 c length_c	80.868 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1932
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2569

fit	/app/data/saxs_computation/ia/3iax/3iax.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ia/3iax/3iax.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ia/3iax/3iax.dat

The crystal structure of the TolB box of Colicin A in complex with TolB reveals important differences in the recruitment of the common TolB translocation portal used by group A colicins

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tolB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Colicin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)