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3ibv

Karyopherin cytosolic state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 198.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exportin-T

Schizosaccharomyces pombe

UniProt O94258

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–978 未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM MES, pH6.5, 30% PEG400, 160mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.313
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–978 未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM MES, pH6.5, 30% PEG400, 160mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 3.10 Å R-free 0.313

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3IBV Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3ICQ Karyopherin nuclear state 提交 2009-07-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 T 1–978（978 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.294
3ICQ Karyopherin nuclear state 提交 2009-07-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 U 1–978（978 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM Bis-Tris, pH5.5, 20% PEG3350, 180mM sodium acetate at 18 degrees, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.20 Å R-free 0.294

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPOT_SCHPO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–980； UniProt 1–978 作者链 B； PDB构建体 3–980； UniProt 1–978

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ibv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ibv
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ibv
沉积日期 deposition_date2009-07-17
结构标题 titleKaryopherin cytosolic state
关键词 keywordskaryopherin, exportin, HEAT repeat, Cytoplasm, Nucleus, RNA-binding, Transport, tRNA processing, tRNA-binding, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.77 Å
零角强度 I(0) i0479300000.00
分子量 molecular_weight182150.0 kDa
排除体积 excluded_volume227600 ų
包络体积 envelope_volume410890 ų
水化壳体积 shell_volume63175 ų
包络直径 envelope_diameter211.3 Å
壳层 Rg shell_rg54.43 Å
包络 Rg envelope_rg56.48 Å
形状 Rg shape_rg55.91 Å
总 Rg total_rg55.22 Å
总原子数 total_atoms12876
残基数 n_residues1819
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax198.9 Å
Rg (实空间) rg_real56.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.87 Å
I(0) (实空间) i0_real4.7930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal478800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8419
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.9 Å
偏度 Skewness skewness0.457
峰度 Kurtosis kurtosis-0.115
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16430000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.552
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3ibva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.19 — Exportin HEAT-like repeat
结构域编号 domain_idd3ibvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.19 — Exportin HEAT-like repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3ibvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3ibvB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)