3iiq

Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARYLOMYCIN A2 × 1 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1 FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ARYLOMYCIN A2 × 1 4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine × 1 FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 GLYCEROL × 4 ACETONITRILE × 2 10-METHYLUNDECANOIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–249； UniProt 77–324 作者链 B； PDB构建体 2–249； UniProt 77–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iiq
沉积日期 deposition_date	2009-08-03
结构标题 title	Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor
关键词 keywords	;SER/LYS DYAD, LIPOPEPTIDE, SERINE PROTEASE, BIARYL BRIDGE, MORPHOLINO BETA-SULTAM, ANTIBIOTIC, PEPTIDASE, HYDROLASE-ANTIBIOTIC-INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/ANTIBIOTIC/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iiq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iiq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iiq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.37 Å
Rg（电子密度）	17.32 Å
总 Rg	18.36 Å
原子数	1838
残基数	227
排除体积	32756 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iiq__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iiq__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SIGNAL PEPTIDASE I
分子量 formula_weight	27966.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.89
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3933

MVRSFIYEPFQIPSGSMMPTLLIGDFILVEKFAYGIKDPIYQKTLIETGHPKRGDIVVFKYPEDPKLDYIKRAVGLPGDKVTYDPVSKELTIQPGCSSGQACENALPVTYSNVEPSDFVQTFSRRNGGEATSGFFEVPKNETKENGIRLSERKETLGDVTHRILTVPIAQDQVGMYYQQPGQQLATWIVPPGQYFMMGDNRDNSADSRYWGFVPEANLVGRATAIWMSFDKQEGEWPTGLRLSRIGGIH

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ARYLOMYCIN A2
分子量 formula_weight	644.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

SAGGAY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-[(1,1-dioxido-1,2-thiazetidin-2-yl)carbonyl]morpholine
分子量 formula_weight	220.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FRAGMENT OF TRITON X-100
分子量 formula_weight	352.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETONITRILE
分子量 formula_weight	41.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	10-METHYLUNDECANOIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	246

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3iiqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

结构域编号 domain_id	d3iiqb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.2 — Type 1 signal peptidase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3iiqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	3iiqA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3iiqB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	3iiqB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	70.007 Å
晶胞边长 b length_b	70.007 Å
晶胞边长 c length_c	259.894 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	67.400 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2500

Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iiq__assembly_1__model_1

3iiq__assembly_1__model_1 | I(q)

3iiq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystallographic analysis of bacterial signal peptidase in ternary complex with Arylomycin A2 and a beta-sultam inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SIGNAL PEPTIDASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iiq__assembly_1__model_1

3iiq__assembly_1__model_1 | I(q)

3iiq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)