SAXSdb — 3ip4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

Staphylococcus aureus subsp. aureus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B × 1 （P64201） Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C × 1 （P68807） MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATA_STAAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–485； UniProt 1–485

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

Staphylococcus aureus subsp. aureus

UniProt P64201

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A × 1 （P63488） Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C × 1 （P68807） MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATB_STAAM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C

Staphylococcus aureus subsp. aureus

UniProt P68807

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A × 1 （P63488） Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B × 1 （P64201） MAGNESIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATC_STAAM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ip4
沉积日期 deposition_date	2009-08-17
结构标题 title	The high resolution structure of GatCAB
关键词 keywords	MULTI PROTEIN COMPLEX, LIGASE, ATP-binding, Nucleotide-binding, Protein biosynthesis; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ip4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ip4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ip4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.30 Å
Rg（电子密度）	38.91 Å
总 Rg	39.03 Å
原子数	8269
残基数	1059
排除体积	147100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ip4__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A
分子量 formula_weight	52858.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9101

MSIRYESVENLLTLIKDKKIKPSDVVKDIYDAIEETDPTIKSFLALDKENAIKKAQELDELQAKDQMDGKLFGIPMGIKDNIITNGLETTCASKMLEGFVPIYESTVMEKLHKENAVLIGKLNMDEFAMGGSTETSYFKKTVNPFDHKAVPGGSSGGSAAAVAAGLVPLSLGSDTGGSIRQPAAYCGVVGMKPTYGRVSRFGLVAFASSLDQIGPLTRNVKDNAIVLEAISGADVNDSTSAPVDDVDFTSEIGKDIKGLKVALPKEYLGEGVADDVKEAVQNAVETLKSLGAVVEEVSLPNTKFGIPSYYVIASSEASSNLSRFDGIRYGYHSKEAHSLEELYKMSRSEGFGKEVKRRIFLGTFALSSGYYDAYYKKSQKVRTLIKNDFDKVFENYDVVVGPTAPTTAFNLGEEIDDPLTMYANDLLTTPVNLAGLPGISVPCGQSNGRPIGLQFIGKPFDEKTLYRVAYQYETQYNLHDVYEKL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B
分子量 formula_weight	54794.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHFETVIGLEVHVELKTDSKMFSPSPAHFGAEPNSNTNVIDLAYPGVLPVVNKRAVDWAMRAAMALNMEIATESKFDRKNYFYPDNPKAYQISQFDQPIGENGYIDIEVDGETKRIGITRLHMEEDAGKSTHKGEYSLVDLNRQGTPLIEIVSEPDIRSPKEAYAYLEKLRSIIQYTGVSDVKMEEGSLRCDANISLRPYGQEKFGTKAELKNLNSFNYVRKGLEYEEKRQEEELLNGGEIGQETRRFDESTGKTILMRVKEGSDDYRYFPEPDIVPLYIDDAWKERVRQTIPELPDERKAKYVNELGLPAYDAHVLTLTKEMSDFFESTIEHGADVKLTSNWLMGGVNEYLNKNQVELLDTKLTPENLAGMIKLIEDGTMSSKIAKKVFPELAAKGGNAKQIMEDNGLVQISDEATLLKFVNEALDNNEQSVEDYKNGKGKAMGFLVGQIMKASKGQANPQLVNQLLKQELDKRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C
分子量 formula_weight	11279.5 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTKVTREEVEHIANLARLQISPEETEEMANTLESILDFAKQNDSADTEGVEPTYHVLDLQNVLREDKAIKGIPQELALKNAKETEDGQFKVPTIMNEEDA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus subsp. aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	801

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ip4a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.117 — Amidase signature (AS) enzymes
超家族 Superfamily superfamily	c.117.1 — Amidase signature (AS) enzymes
家族 Family family	c.117.1.1 — Amidase signature (AS) enzymes

结构域编号 domain_id	d3ip4c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.12 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit
家族 Family family	a.137.12.1 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3ip4A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1300 — Amidase signature (AS) enzymes
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Amidase signature (AS) domain

结构域编号 domain_id	3ip4B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 —

结构域编号 domain_id	3ip4C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit, N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	71.122 Å
晶胞边长 b length_b	92.726 Å
晶胞边长 c length_c	180.356 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1945
R_free r_free	0.2140

The high resolution structure of GatCAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ip4__assembly_1__model_1

3ip4__assembly_1__model_1 | I(q)

3ip4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

The high resolution structure of GatCAB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ip4__assembly_1__model_1

3ip4__assembly_1__model_1 | I(q)

3ip4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)