3isj

Crystal structure of pantothenate synthetase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-methoxy-N-(methylsulfonyl)-1H-indole-2-carboxamide

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pantothenate synthetase

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P0A5R0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 ETHANOL × 5 GLYCEROL × 5 5-methoxy-N-(methylsulfonyl)-1H-indole-2-carboxamide × 2 SULFATE ION × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PANC_MYCTU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–289; UniProt 2–289 作者链 B; PDB构建体 2–289; UniProt 2–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3isj
沉积日期 deposition_date2009-08-26
结构标题 titleCrystal structure of pantothenate synthetase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 5-methoxy-N-(methylsulfonyl)-1H-indole-2-carboxamide
关键词 keywords;Mycobacterium tuberculosis, pantothenate synthetase, fragment-based drug design, ATP-binding, Ligase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotide-binding, Pantothenate biosynthesis ;; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3isj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3isj__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3isj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)31.62 Å
Rg(电子密度)31.54 Å
总 Rg32.02 Å
原子数4255
残基数566
排除体积76178 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3isj__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3isja_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family familyc.26.1.4 — Pantothenate synthetase (Pantoate-beta-alanine ligase, PanC)
结构域编号 domain_idd3isjb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family familyc.26.1.4 — Pantothenate synthetase (Pantoate-beta-alanine ligase, PanC)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3isjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily620 — HUPs
结构域编号 domain_id3isjA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3isjB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily620 — HUPs
结构域编号 domain_id3isjB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)