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3iva

Structure of the B12-dependent Methionine Synthase (MetH) C-teminal half with AdoHcy bound

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine synthase

Escherichia coli

UniProt P13009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 649–1227 片段：C-terminal activation complex (UNP residues 649-1227) 突变：I690C, G743C B12 COBALAMIN × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 NO3 NITRATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；302 K；0.2 M potassium nitrate, 18 % (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 302K 分辨率 2.70 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3IVA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BMT HOW A PROTEIN BINDS B12: A 3.O ANGSTROM X-RAY STRUCTURE OF THE B12-BINDING DOMAINS OF METHIONINE SYNTHASE 提交 1994-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 650–895（246 aa）
链 B 650–895（246 aa）
未记录 COB CO-METHYLCOBALAMIN × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1K7Y E. coli MetH C-terminal fragment (649-1227) 提交 2001-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 651–1227（577 aa） 片段：c-terminal activation complex, residues 651-1227
突变：H759G SO4 SULFATE ION × 10 B12 COBALAMIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.00 Å R-free 0.276
1K98 AdoMet complex of MetH C-terminal fragment 提交 2001-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 651–1227（577 aa） 片段：c-terminal activation complex, residues 651-1227
突变：H759G SO4 SULFATE ION × 1 B12 COBALAMIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.75 Å R-free 0.363
1MSK METHIONINE SYNTHASE (ACTIVATION DOMAIN) 提交 1996-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 896–1226（331 aa） 片段：ACTIVATION DOMAIN, RESIDUES 897 - 1227
未记录 ACT ACETATE ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.2；pH 7.2
分辨率 1.80 Å R-free 0.257
3BUL E. coli I690C/G743C MetH C-terminal fragment (649-1227) 提交 2008-01-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 649–1227（579 aa） 片段：C-terminal activation complex (residues 649-1227)
突变：I690C, G743C B12 COBALAMIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.2；310 K；0.2 M potassium nitrate, and 20 % (w/v) PEG3350, pH 7.2, EVAPORATION, temperature 310K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
3IV9 Structure of the B12-dependent Methionine Synthase (MetH) C-teminal half in a "His-On" conformation 提交 2009-08-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 649–1227（579 aa） 片段：C-terminal activation complex (UNP residues 649-1227)
突变：I690C, G743C B12 COBALAMIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；302 K；0.2 M potassium nitrate, 20 % (w/v) PEG3350, 50 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 302K
分辨率 3.25 Å R-free 0.321
6BDY Crystal Structure of the MetH Reactivation Domain bound to Sinefungin 提交 2017-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 897–1227（331 aa） 片段：reactivation domain
未记录 SFG SINEFUNGIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；28% PEG 6000, 100mM Tris pH 7.3, 300mM magnesium acetate:15mg/mL protein, 3mM sinefungin, 10mM Tris 7.2, 10mM EDTA, 2:2uL
分辨率 1.51 Å R-free 0.186
6BM5 Crystal Structure of the MetH Reactivation Domain bound to AdoMet 提交 2017-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 897–1227（331 aa） 片段：reactivation domain
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；28% PEG 6000, 100mM Tris pH 7.4, 300mM magnesium acetate:15mg/mL protein, 3mM AdoMet, 10mM Tris 7.2, 10mM EDTA, 3:3uL
分辨率 1.50 Å R-free 0.194
6BM6 Crystal Structure of the MetH Reactivation Domain bound to AdoHcy 提交 2017-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 897–1227（331 aa） 片段：reactivation domain
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；27-32% PEG 6000, 100mM Tris pH 7.2-7.5, 300mM magnesium acetate:15mg/mL protein, 5mM AdoHcy, 20mM Tris 7.2, 20mM EDTA, 2:2uL
分辨率 1.50 Å R-free 0.204

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 METH_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–579； UniProt 649–1227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3iva

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3iva
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3iva
沉积日期 deposition_date2009-08-31
结构标题 titleStructure of the B12-dependent Methionine Synthase (MetH) C-teminal half with AdoHcy bound
关键词 keywords;METH, transferase, reactivation conformation, H759, cobalamin, intermodular interactions, amino-acid biosynthesis, cobalt, metal-binding, methionine biosynthesis, methyltransferase, S-adenosyl-L-methionine, S-adenosyl-homocysteine ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.36 Å
零角强度 I(0) i074196300.00
分子量 molecular_weight66710.0 kDa
排除体积 excluded_volume83090 ų
包络体积 envelope_volume100620 ų
水化壳体积 shell_volume31744 ų
包络直径 envelope_diameter92.9 Å
壳层 Rg shell_rg33.82 Å
包络 Rg envelope_rg26.53 Å
形状 Rg shape_rg26.38 Å
总 Rg total_rg27.04 Å
总原子数 total_atoms4696
残基数 n_residues576
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.7 Å
Rg (实空间) rg_real27.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8887
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary30.9 Å
偏度 Skewness skewness0.374
峰度 Kurtosis kurtosis-0.258
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha17470000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.913
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd3ivaa1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.46 — Methionine synthase domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.46.1 — Methionine synthase domain
家族 Family familya.46.1.1 — Methionine synthase domain
结构域编号 domain_idd3ivaa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.6 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
家族 Family familyc.23.6.1 — Cobalamin (vitamin B12)-binding domain
结构域编号 domain_idd3ivaa3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.173 — Methionine synthase activation domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.173.1 — Methionine synthase activation domain-like
家族 Family familyd.173.1.1 — Methionine synthase SAM-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3ivaA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1240 — Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Methionine synthase domain
结构域编号 domain_id3ivaA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily280 — Cobalamin-binding domain
结构域编号 domain_id3ivaA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology196 — Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Vitamin B12-dependent methionine synthase, activation domain
结构域编号 domain_id3ivaA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology288 — Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cobalamin-dependent Methionine Synthase, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)