SAXSdb — 3ivx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pantothenate synthetase

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{2-[(1-benzofuran-2-ylsulfonyl)carbamoyl]-5-methoxy-1H-indol-1-yl}acetic acid × 3 ETHANOL × 5 1,2-ETHANEDIOL × 5 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	{2-[(1-benzofuran-2-ylsulfonyl)carbamoyl]-5-methoxy-1H-indol-1-yl}acetic acid × 3 ETHANOL × 5 1,2-ETHANEDIOL × 5 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PANC_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 B； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ivx
沉积日期 deposition_date	2009-09-02
结构标题 title	Crystal structure of pantothenate synthetase in complex with 2-(2-(benzofuran-2-ylsulfonylcarbamoyl)-5-methoxy-1H-indol-1-yl)acetic acid
关键词 keywords	;pantothenate synthetase, Mycobacterium tuberculosis, fragment-based lead discovery, ATP-binding, Ligase, Magnesium, Metal-binding, Nucleotide-binding, Pantothenate biosynthesis ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ivx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ivx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ivx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.84 Å
Rg（电子密度）	26.87 Å
总 Rg	27.52 Å
原子数	4286
残基数	563
排除体积	76779 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ivx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ivx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pantothenate synthetase
分子量 formula_weight	31571.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.1
突变 mutation	T2A, E77G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4906

MAIPAFHPGELNVYSAPGDVADVSRALRLTGRRVMLVPTMGALHEGHLALVRAAKRVPGSVVVVSIFVNPMQFGAGGDLDAYPRTPDDDLAQLRAEGVEIAFTPTTAAMYPDGLRTTVQPGPLAAELEGGPRPTHFAGVLTVVLKLLQIVRPDRVFFGEKDYQQLVLIRQLVADFNLDVAVVGVPTVREADGLAMSSRNRYLDPAQRAAAVALSAALTAAAHAATAGAQAALDAARAVLDAAPGVAVDYLELRDIGLGPMPLNGSGRLLVAARLGTTRLLDNIAIEIGTFAGTDRPDGYRA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	{2-[(1-benzofuran-2-ylsulfonyl)carbamoyl]-5-methoxy-1H-indol-1-yl}acetic acid
分子量 formula_weight	428.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	522

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3ivxa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.4 — Pantothenate synthetase (Pantoate-beta-alanine ligase, PanC)

结构域编号 domain_id	d3ivxb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.4 — Pantothenate synthetase (Pantoate-beta-alanine ligase, PanC)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3ivxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	3ivxA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3ivxB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	3ivxB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pantoate-beta-alanine ligase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	48.710 Å
晶胞边长 b length_b	70.830 Å
晶胞边长 c length_c	81.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.730 Å
最低分辨率 resolution_low	33.845 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2309

Crystal structure of pantothenate synthetase in complex with 2-(2-(benzofuran-2-ylsulfonylcarbamoyl)-5-methoxy-1H-indol-1-yl)acetic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pantothenate synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ivx__assembly_1__model_1

3ivx__assembly_1__model_1 | I(q)

3ivx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of pantothenate synthetase in complex with 2-(2-(benzofuran-2-ylsulfonylcarbamoyl)-5-methoxy-1H-indol-1-yl)acetic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pantothenate synthetase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ivx__assembly_1__model_1

3ivx__assembly_1__model_1 | I(q)

3ivx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)