3j2j

Empty coxsackievirus A9 capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 97.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein VP1

物种未注明

UniProt P21404

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–852 链 B; UniProt 331–568 链 C; UniProt 79–330 片段:UNP residues 631-852 片段:UNP residues 331-568 片段:UNP residues 79-330 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件:manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 分辨率 9.54 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–852 链 B; UniProt 331–568 链 C; UniProt 79–330 片段:UNP residues 631-852 片段:UNP residues 331-568 片段:UNP residues 79-330 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件:manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 分辨率 9.54 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–852 链 B; UniProt 331–568 链 C; UniProt 79–330 片段:UNP residues 631-852 片段:UNP residues 331-568 片段:UNP residues 79-330 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件:manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 分辨率 9.54 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–852 链 B; UniProt 331–568 链 C; UniProt 79–330 片段:UNP residues 631-852 片段:UNP residues 331-568 片段:UNP residues 79-330 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件:manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 分辨率 9.54 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–852 链 B; UniProt 331–568 链 C; UniProt 79–330 片段:UNP residues 631-852 片段:UNP residues 331-568 片段:UNP residues 79-330 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件:manual plunging;冷冻剂 ETHANE;manual plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 分辨率 9.54 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_CXA9
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–222; UniProt 631–852 作者链 B; PDB构建体 1–238; UniProt 331–568 作者链 C; PDB构建体 1–252; UniProt 79–330

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3j2j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3j2j
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3j2j
沉积日期 deposition_date2012-10-04
结构标题 titleEmpty coxsackievirus A9 capsid
关键词 keywordsCVA9-integrin, picornavirus, enterovirus, empty capsid, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.98
零角强度 I(0) i0103240000.00
分子量 molecular_weight79707.0 kDa
排除体积 excluded_volume99491 ų
包络体积 envelope_volume126830 ų
水化壳体积 shell_volume36677 ų
包络直径 envelope_diameter102.3
壳层 Rg shell_rg36.03
包络 Rg envelope_rg29.43
形状 Rg shape_rg28.97
总 Rg total_rg29.69
总原子数 total_atoms5601
残基数 n_residues712
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.6
Rg (实空间) rg_real29.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real1.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8900
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.0
偏度 Skewness skewness0.351
峰度 Kurtosis kurtosis-0.311
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22420000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.907

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)