SAXSdb — 3j8d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

Dengue virus 2 Thailand/16681/84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	glycoprotein DIII × 120 antibody E111 Fab fragment × 120	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	glycoprotein DIII × 2 antibody E111 Fab fragment × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	glycoprotein DIII × 10 antibody E111 Fab fragment × 10	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	glycoprotein DIII × 12 antibody E111 Fab fragment × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	glycoprotein DIII × 2 antibody E111 Fab fragment × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_DEN2P
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–394； UniProt 281–674 作者链 H； PDB构建体 1–394； UniProt 281–674 作者链 I； PDB构建体 1–394； UniProt 281–674

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j8d
沉积日期 deposition_date	2014-10-13
结构标题 title	Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5
关键词 keywords	Dengue virus, DENV2 Fab E104, Low pH, fusion trimer, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j8d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j8d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j8d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	283.90 Å
总 Rg	283.90 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	16050000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j8d__assembly_1__model_1`	420-MERIC （420）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3j8d__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3j8d__assembly_3__model_1`	35-meric （35）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3j8d__assembly_4__model_1`	42-meric （42）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`3j8d__assembly_5__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	glycoprotein DIII
分子量 formula_weight	10616.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F
原子数 atom_count	1990

YVMCTGSFKLEKEVAETQHGTVLVQVKYEGTDAPCKIPFSSQDEKGVTQNGRLITANPIVTDKEKPVNIEAEPPFGESYIVVGAGEKALKLSWFKKG

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2 Thailand/16681/84
通用名 common_name	DENV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31634
宿主生物 host_organism	unidentified

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody E111 Fab fragment
分子量 formula_weight	46637.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

NIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRASESVDSFIYWYQQKPGQPPKLLIYLASNLESGVPARFSGSGSETDFTLTIDSVETDDAATYYCQQNNEDPYTFGGGTKLEIKQVQLLQPGAELVKPGASMKLSCKASGYTFTNWWMHWVRLRPGRGLEWIGRIDPNSDVNKYNEKFENRASLTVDKHSSTAYMQLTSEDSAIYYCARWFFPWYFDVWGTGTTVTVSRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRSAKTTAPSVYPLAPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPALLQSGLYTLSSSVTVTSNTWPSQTITCNVAHPASSTKVDKKIES

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	43819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

MRCIGISNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTESRCPTQGEPTLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFTCKKNMEGKIVQPENLEYTVVITPHSGEEHAVGNDTGKHGKEVKITPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMKDKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLNWFKK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2 Thailand/16681/84
通用名 common_name	DENV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	31634
宿主生物 host_organism	unidentified

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	26.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	528

Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j8d__assembly_1__model_1

3j8d__assembly_1__model_1 | I(q)

3j8d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryoelectron microscopy of dengue-Fab E104 complex at pH 5.5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j8d__assembly_1__model_1

3j8d__assembly_1__model_1 | I(q)

3j8d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)