3jab

Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	GafA domain of cone phosphodiesterase 6C × 2 GafB domain of phosphodiesterase 2A × 2 phosphodiesterase 5/6 chimera catalytic domain × 2 IgG1-kappa 2E8 light chain × 2 IgG1-kappa 2E8 heavy chain × 2 3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNRG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–18； UniProt 70–87 作者链 P； PDB构建体 1–18； UniProt 70–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jab
沉积日期 deposition_date	2015-05-26
结构标题 title	Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6
关键词 keywords	phosphodiesterase, photoreceptor, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3jab__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3jab__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3jab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.69 Å
Rg（电子密度）	57.78 Å
总 Rg	57.66 Å
原子数	17620
残基数	2224
排除体积	313670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3jab__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GafA domain of cone phosphodiesterase 6C
分子量 formula_weight	20725.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	17620

MRLEECNILFELLTEIQDEAGSMEKIVHKTLQRLSQLLAADRCSMFICRSRNGIPEVATRLLNVTPTSKFEDNLVNPDKETVFPLDIGIAGWVAHTKKFFNIPDVKKNNHFSDYLDKKTGYTTVNMMAIPITQGKEVLAVVMALNKLNASEFSKEDEEVFKKYLNFISLVLRLEHHHHHH

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GafB domain of phosphodiesterase 2A
分子量 formula_weight	20671.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

QKLKCECQALLQVAKNLFTHLDDVSVLLQEIITEARNLSNAEICSVFLLDQNELVAKVFDGGVVDDESYEIRIPADQGIAGHVATTGQILNIPDAYAHPLFYRGVDDSTGFRTRNILCFPIKNENQEVIGVAELVNKINGPWFSKFDEDLATAFSIYCGISIAHSLLYKKVNEAQYRSHLANEMM

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	phosphodiesterase 5/6 chimera catalytic domain
分子量 formula_weight	38282.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

GSHMEETRELQSLAAAVVPSAQTLKITDFSFSDFELSDLETALCTIRMFTDLNLVQNFQMKHEVLCRWILSVKKNYRKNVAYHNWRHAFNTAQCMFAALKAGKIQNKLTDLEILALLIAALSHDLDHRGVNNSYIQRSEHPLAQLYCHSIMEHHHFDQCLMILNSPGNQILSGLSIEEYKTTLKIIKQAILATDLALYIKRRGEFFELIRKNQFNLEDPHQKELFLAMLMTACDLSAITKPWPIQQRIAELVATEFWEQGDLERTVLQQQPIPMMDRNKRDELPKLQVGFIDFVCTQLYEALTHVSEDCFPLLDGCRKNRQKWQALAEQQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide
分子量 formula_weight	2185.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

WEAFNHLELHELAQYGII

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IgG1-kappa 2E8 light chain
分子量 formula_weight	23541.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,R

DIVMTQSQKFMSTSVGDRVSITCKASQNVGTAVAWYQQKPGQSPKLMIYSASNRYTGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNMQSEDLADYFCQQYSSYPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSATDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	IgG1-kappa 2E8 heavy chain
分子量 formula_weight	23878.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,Q

EVQLQQSGAEVVRSGASVKLSCTASGFNIKDYYIHWVKQRPEKGLEWIGWIDPEIGDTEYVPKFQGKATMTADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCNAGHDYDRGRFPYWGQGTLVTVSAAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRD

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3-ISOBUTYL-1-METHYLXANTHINE
分子量 formula_weight	222.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	11.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection match
颗粒数 num_particles	12373

Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jab__assembly_1__model_1

3jab__assembly_1__model_1 | I(q)

3jab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Domain organization and conformational plasticity of the G protein effector, PDE6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

phosphodiesterase 6 gamma subunit inhibitory peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3jab__assembly_1__model_1

3jab__assembly_1__model_1 | I(q)

3jab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)