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3jac

Cryo-EM study of a channel

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 182.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

Mus musculus

UniProt E2JF22

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1959–2547 链 B； UniProt 1959–2547 链 C； UniProt 1959–2547 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.2；25 mM NaPIPES, 140 mM NaCl, 2 mM DTT and 0.026% (w/v) C12E10 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3JAC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11YE Curved structure of mPiezo1 in plasma membrane vesicles 提交 2026-03-18 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–2547（2547 aa）
链 D 1–2547（2547 aa）
链 E 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
11ZC Flat structure of mPiezo1 in plasma membrane vesicles 提交 2026-03-19 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
链 E 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
4RAX A regulatory domain of an ion channel 提交 2014-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2214–2457（244 aa） 片段：UNP residues 2214-2457
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1M Hepes pH 7.5, 25% w/w PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.45 Å R-free 0.176
5Z10 Structure of the mechanosensitive Piezo1 channel 提交 2017-12-22 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 B 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；After a 15 sec waiting time, the grids were blotted for 3.5 sec and plunged into liquid ethane
分辨率 3.97 Å
6B3R Structure of the mechanosensitive channel Piezo1 提交 2017-09-22 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
链 E 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1 second with -1 force before plunging
分辨率 3.80 Å
6BPZ Structure of the mechanically activated ion channel Piezo1 提交 2017-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1137–1597（461 aa）
链 A 1657–2547（891 aa）
链 B 1137–1597（461 aa）
链 B 1657–2547（891 aa）
链 C 1137–1597（461 aa）
链 C 1657–2547（891 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6LQI Cryo-EM structure of the mouse Piezo1 isoform Piezo1.1 提交 2020-01-13 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 B 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7WLT the Curved Structure of mPIEZO1 in Lipid Bilayer 提交 2022-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
链 E 1–2547（2547 aa）
未记录 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 21 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
7WLU The Flattened Structure of mPIEZO1 in Lipid Bilayer 提交 2022-01-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
链 E 1–2547（2547 aa）
未记录 PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.81 Å
8IMZ Cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFIC complex (composite map) 提交 2023-03-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 B 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.66 Å
8IXN Curved structure of mPIEZO1-S2472E 提交 2023-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
链 D 1–2547（2547 aa）
突变：S2472E 突变：S2472E 突变：S2472E PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 6 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
8IXO Intermediate structure of mPIEZO1-S2472E 提交 2023-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 B 1–2547（2547 aa）
链 F 1–2547（2547 aa）
突变：S2472E 突变：S2472E 突变：S2472E PLX (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL × 6 P5S O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 6 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9VED The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex 提交 2025-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2547（2547 aa）
链 B 1–2547（2547 aa）
链 C 1–2547（2547 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIEZ1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1959–2547； UniProt 1959–2547 作者链 B； PDB构建体 1959–2547； UniProt 1959–2547 作者链 C； PDB构建体 1959–2547； UniProt 1959–2547

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jac

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jac
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jac
沉积日期 deposition_date2015-06-05
结构标题 titleCryo-EM study of a channel
关键词 keywordsCryo-EM, single particle, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.43 Å
零角强度 I(0) i0910131000.00
分子量 molecular_weight221270.0 kDa
排除体积 excluded_volume263400 ų
包络体积 envelope_volume568740 ų
水化壳体积 shell_volume85460 ų
包络直径 envelope_diameter179.6 Å
壳层 Rg shell_rg58.55 Å
包络 Rg envelope_rg54.07 Å
形状 Rg shape_rg55.46 Å
总 Rg total_rg55.44 Å
总原子数 total_atoms15741
残基数 n_residues2754
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax182.3 Å
Rg (实空间) rg_real55.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real9.1010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal910700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8627
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary84.7 Å
偏度 Skewness skewness0.019
峰度 Kurtosis kurtosis-0.577
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha159300000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.806; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.800
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)