SAXSdb — 3jd7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 571–851 链 2； UniProt 70–332 链 3； UniProt 333–570 链 4； UniProt 2–69	片段：UNP residues 571-851 片段：UNP residues 70-332 片段：UNP residues 333-570 片段：UNP residues 2-69	PLM PALMITIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：102 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 3.90 Å
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 571–851 链 2； UniProt 70–332 链 3； UniProt 333–570 链 4； UniProt 2–69	片段：UNP residues 571-851 片段：UNP residues 70-332 片段：UNP residues 333-570 片段：UNP residues 2-69	PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：102 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 3.90 Å
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 571–851 链 2； UniProt 70–332 链 3； UniProt 333–570 链 4； UniProt 2–69	片段：UNP residues 571-851 片段：UNP residues 70-332 片段：UNP residues 333-570 片段：UNP residues 2-69	PLM PALMITIC ACID × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：102 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 3.90 Å
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 571–851 链 2； UniProt 70–332 链 3； UniProt 333–570 链 4； UniProt 2–69	片段：UNP residues 571-851 片段：UNP residues 70-332 片段：UNP residues 333-570 片段：UNP residues 2-69	PLM PALMITIC ACID × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：102 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 3.90 Å
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 571–851 链 2； UniProt 70–332 链 3； UniProt 333–570 链 4； UniProt 2–69	片段：UNP residues 571-851 片段：UNP residues 70-332 片段：UNP residues 333-570 片段：UNP residues 2-69	PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件：102 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JD7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1COV COXSACKIEVIRUS B3 COAT PROTEIN 提交 1994-10-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 480 PDB 声明：480-meric	链 1 571–851（281 aa）链 2 70–332（263 aa）链 3 333–570（238 aa）链 4 2–69（68 aa）	未记录	PLM PALMITIC ACID × 120 MYR MYRISTIC ACID × 120	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1JEW CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR). 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 1 571–851（281 aa）片段：Residues 571-851 链 2 70–332（263 aa）片段：Residues 70-332 链 3 333–570（238 aa）片段：Residues 333-570 链 4 2–69（68 aa）片段：Residues 2-69	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 CVB3 WAS INCUBATED WITH CAR SAMPLE FOR 1 HOURS AT 25 DEGREES CELSIUS (298 KELVIN) USING A FOUR-FOLD EXCESS OF CAR FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；298 K；WARNING: THIS IS AN CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE PDB FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION, temperature 298K	分辨率 22.00 Å
1JEW CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR). 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 1 571–851（281 aa）片段：Residues 571-851 链 2 70–332（263 aa）片段：Residues 70-332 链 3 333–570（238 aa）片段：Residues 333-570 链 4 2–69（68 aa）片段：Residues 2-69	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 CVB3 WAS INCUBATED WITH CAR SAMPLE FOR 1 HOURS AT 25 DEGREES CELSIUS (298 KELVIN) USING A FOUR-FOLD EXCESS OF CAR FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；298 K；WARNING: THIS IS AN CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE PDB FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION, temperature 298K	分辨率 22.00 Å
1JEW CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR). 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 1 571–851（281 aa）片段：Residues 571-851 链 2 70–332（263 aa）片段：Residues 70-332 链 3 333–570（238 aa）片段：Residues 333-570 链 4 2–69（68 aa）片段：Residues 2-69	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 CVB3 WAS INCUBATED WITH CAR SAMPLE FOR 1 HOURS AT 25 DEGREES CELSIUS (298 KELVIN) USING A FOUR-FOLD EXCESS OF CAR FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；298 K；WARNING: THIS IS AN CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE PDB FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION, temperature 298K	分辨率 22.00 Å
1JEW CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR). 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 1 571–851（281 aa）片段：Residues 571-851 链 2 70–332（263 aa）片段：Residues 70-332 链 3 333–570（238 aa）片段：Residues 333-570 链 4 2–69（68 aa）片段：Residues 2-69	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 CVB3 WAS INCUBATED WITH CAR SAMPLE FOR 1 HOURS AT 25 DEGREES CELSIUS (298 KELVIN) USING A FOUR-FOLD EXCESS OF CAR FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；298 K；WARNING: THIS IS AN CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE PDB FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION, temperature 298K	分辨率 22.00 Å
1JEW CRYO-EM STRUCTURE OF COXSACKIEVIRUS B3(M STRAIN) WITH ITS CELLULAR RECEPTOR, COXSACKIEVIRUS AND ADENOVIRUS RECEPTOR (CAR). 提交 2001-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 1 571–851（281 aa）片段：Residues 571-851 链 2 70–332（263 aa）片段：Residues 70-332 链 3 333–570（238 aa）片段：Residues 333-570 链 4 2–69（68 aa）片段：Residues 2-69	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 CVB3 WAS INCUBATED WITH CAR SAMPLE FOR 1 HOURS AT 25 DEGREES CELSIUS (298 KELVIN) USING A FOUR-FOLD EXCESS OF CAR FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；298 K；WARNING: THIS IS AN CRYO-ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE PDB FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION, temperature 298K	分辨率 22.00 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CXB3W
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–281； UniProt 571–851 作者链 2； PDB构建体 1–263； UniProt 70–332 作者链 3； PDB构建体 1–238； UniProt 333–570 作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jd7
沉积日期 deposition_date	2016-04-29
结构标题 title	The novel asymmetric entry intermediate of a picornavirus captured with nanodiscs
关键词 keywords	picornavirus, entry intermediate, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.91 Å
零角强度 I(0) i0	134979000.00
分子量 molecular_weight	91047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113450 Å³
包络体积 envelope_volume	144890 Å³
水化壳体积 shell_volume	40960 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.86 Å
包络 Rg envelope_rg	29.43 Å
形状 Rg shape_rg	28.89 Å
总 Rg total_rg	29.67 Å
总原子数 total_atoms	6403
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8806
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.232
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	31380.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6403

GPVEDAITAAIGRVADTVGTGPTNSEAIPALTAAETGHTSQVVPSDTMQTRHVKNYHSRSESTIENFLCRSACVYFTEYENSGAKRYAEWVITPRQAAQLRRKLEFFTYVRFDLELTFVITSTQQPSTTQNQDAQILTHQIMYVPPGGPVPDKVDSYVWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSVPFLSIGNAYSNFYDGWSEFSRNGVYGINTLNNMGTLYARHVNAGSTGPIKSTIRIYFKPKHVKAWIPRPPRLCQYEKAKNVNFQPSGVTTTRQSITTMTNT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	28877.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPTVEECGYSDRVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPDYLKDSEATAEDQPTQPDVATCRFYTLDSVQWQKTSPGWWWKLPDALSNLGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCATLNNTPSSAELLGGDTAKEFADKPVASGSNKLVQRVVYNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYTNSVPMDNMFRHNNVTLMVIPFVPLDYCPGSTTYVPITVTIAPMCAEYNGLRLAGHQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26198.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPTMNTPGSCQFLTSDDFQSPSAMPQYDVTPEMRIPGEVKNLMEIAEVDSVVPVQNVGEKVNSMEAYQIPVRSNEGSGTQVFGFPLQPGYSSVFSRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGAPTKRVDAMLGTHVVWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRYVASDEYTAGGFITCWYQTNIVVPADAQSSCYIMCFVSACNDFSVRLLKDTPFISQENFFQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7379.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSTQKTGAHETGLNASGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPSKFTEPVKDIMIKSLPALN

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3jd7100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3jd7200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3jd7300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3jd7400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	57203

fit	/app/data/saxs_computation/jd/3jd7/3jd7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jd/3jd7/3jd7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jd/3jd7/3jd7.dat

The novel asymmetric entry intermediate of a picornavirus captured with nanodiscs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)