SAXSdb — 3jrv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein K7

Vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–149	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP-dependent RNA helicase DDX3X × 1 （O00571）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP-dependent RNA helicase DDX3X × 1 （O00571）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JRV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K36 Structure ensemble Backbone and side-chain 1H, 13C, and 15N Chemical Shift Assignments, 1H-15N RDCs and 1H-1H nOe restraints for protein K7 from the Vaccinia virus 提交 2008-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）122.5；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-13C; U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-15N] K7D8, 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 0.1 mM DSS, 12 mg/ml Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VK07_VACCW
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

ATP-dependent RNA helicase DDX3X

物种未注明

UniProt O00571

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 71–90	片段：DDX3, UNP residues 71-90	Protein K7 × 1 （P68466）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 71–90	片段：DDX3, UNP residues 71-90	Protein K7 × 1 （P68466）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 71–90	片段：DDX3, UNP residues 71-90	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JRV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2I4I Crystal Structure of human DEAD-box RNA helicase DDX3X 提交 2006-08-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 167–581（415 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；1.75M Na formate, 0.1M Tris pH 7.5, 20mM ATPgS and MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
4O2C An Nt-acetylated peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–10（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 17% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4O2E A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–10（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.98 Å R-free 0.208
4O2E A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–10（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.98 Å R-free 0.208
4O2F A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 3–10（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4O2F A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 3–10（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PXA DEAD-box RNA helicase DDX3X Cancer-associated mutant D354V 提交 2014-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–582（448 aa）片段：D1-D2, UNP residues 135-582	突变：D354V	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.66 M NaH2PO4 0.24 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7J Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 bound to AMP 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
5E7M Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 bound to AMPPNP 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG-3000, sodium citrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.284
6CZ5 Crystal structure of small molecule AMP-acrylamide covalently bound to DDX3 S228C 提交 2018-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–607（476 aa）片段：UNP residues 132-607	突变：S228C	FPJ 5'-O-[(R)-hydroxy(propanoylamino)phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；100 mM sodium citrate, 8% PEG3000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
6O5F Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X at pre-unwound state 提交 2019-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–607（476 aa）链 B 132–607（476 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% (v/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
7LIU DDX3X bound to ATP analog and remodeled RNA:DNA hybrid 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 135–582（448 aa）链 B 135–582（448 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPEs pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.1 M Li3Citrate, 0.1 M Na3Citrate, 2% benzamidine-HCl, 5 mM ADP-BeF3	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
7YMF Crystal Structure of DDX3X449_450ET>DP 提交 2022-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–414（282 aa）链 B 415–584（170 aa）	突变：E449D, T450P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.5 M Sodium Formate , 50 mM Magnesium chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
8SSW Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X in complex with ADP at pre-unwound state 提交 2023-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–607（476 aa）链 B 132–607（476 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Magnesium Chloride, etc.	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
9E2C Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X R326H mutant 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–591（477 aa）	突变：R326H	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, 0.2 M Lithium sulfate, 0.01 M Strontium(II) chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDX3X_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–20； UniProt 71–90 作者链 D； PDB构建体 1–20； UniProt 71–90 作者链 E； PDB构建体 1–20； UniProt 71–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jrv
沉积日期 deposition_date	2009-09-09
结构标题 title	Structure of poxvirus K7 protein in complex with RNA helicase DDX3
关键词 keywords	poxvirus protein K7, DEAD-box RNA Helicase DDX3, viral immune evasion, innate immunity, VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex; VIRAL PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.24 Å
零角强度 I(0) i0	21787900.00
分子量 molecular_weight	35787.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44664 Å³
包络体积 envelope_volume	51933 Å³
水化壳体积 shell_volume	21491 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.62 Å
包络 Rg envelope_rg	20.24 Å
形状 Rg shape_rg	20.25 Å
总 Rg total_rg	21.05 Å
总原子数 total_atoms	2505
残基数 n_residues	301
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8933
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.260
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5827000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein K7
分子量 formula_weight	17676.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2799

MATKLDYEDAVFYFVDDDKICSRDSIIDLIDEYITWRNHVIVFNKDITSCGRLYKELMKFDDVAIRYYGIDKINEIVEAMSEGDHYINFTKVHDQESLFATIGICAKITEHWGYKKISESRFQSLGNITDLMTDDNINILILFLEKKLN

来源 Source

来源生物 organism	Vaccinia virus WR
通用名 common_name	VACV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DDX3X
分子量 formula_weight	2158.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

SFGSRSDSRGKSSFFSDRGS

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	257

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3jrvA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — dsDNA poxvirus

结构域编号 domain_id	3jrvB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — dsDNA poxvirus

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.889 Å
晶胞边长 b length_b	69.529 Å
晶胞边长 c length_c	65.626 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	55.550 Å
R 因子 r_factor	0.1430
R_work r_work	0.1410
R_free r_free	0.1900

fit	/app/data/saxs_computation/jr/3jrv/3jrv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/3jrv/3jrv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/3jrv/3jrv.dat

Structure of poxvirus K7 protein in complex with RNA helicase DDX3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein K7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ATP-dependent RNA helicase DDX3X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)