3jwn

Complex of FimC, FimF, FimG and FimH

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 212.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chaperone protein fimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 37–241 未记录 Protein fimF × 2 (P08189) Protein fimG × 1 (P08190) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 37–241 未记录 Protein fimF × 2 (P08189) Protein fimG × 1 (P08190) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–205; UniProt 37–241 作者链 I; PDB构建体 1–205; UniProt 37–241

Protein fimF

Escherichia coli

UniProt P08189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 23–176 链 F; UniProt 23–176 片段:UNP residues 23-176 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimG × 1 (P08190) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 23–176 链 L; UniProt 23–176 片段:UNP residues 23-176 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimG × 1 (P08190) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMF_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–154; UniProt 23–176 作者链 F; PDB构建体 1–154; UniProt 23–176 作者链 K; PDB构建体 1–154; UniProt 23–176 作者链 L; PDB构建体 1–154; UniProt 23–176

Protein fimG

Escherichia coli

UniProt P08190

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 24–167 未记录 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimF × 2 (P08189) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 24–167 未记录 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimF × 2 (P08189) FimH protein × 1 (Q0T8Y8) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMG_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–144; UniProt 24–167 作者链 M; PDB构建体 1–144; UniProt 24–167

FimH protein

Escherichia coli

UniProt Q0T8Y8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 25–303 片段:UNP residues 25-303 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimF × 2 (P08189) Protein fimG × 1 (P08190) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 25–303 片段:UNP residues 25-303 Chaperone protein fimC × 1 (P31697) Protein fimF × 2 (P08189) Protein fimG × 1 (P08190) GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.1;293 K;1.6 M potassium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.69 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q0T8Y8_ECOL5
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–279; UniProt 25–303 作者链 N; PDB构建体 1–279; UniProt 25–303

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jwn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jwn
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jwn
沉积日期 deposition_date2009-09-18
结构标题 titleComplex of FimC, FimF, FimG and FimH
关键词 keywords;fimbria, cell adhesion, fimh, fimc, fimf, fimg, chaperone, fibrium, immunoglobulin domain, Fimbrium, Periplasm, Disulfide bond, protein binding-cell adhesion COMPLEX ;; protein binding/cell adhesion
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.32
零角强度 I(0) i0558137000.00
分子量 molecular_weight196520.0 kDa
排除体积 excluded_volume245470 ų
包络体积 envelope_volume429290 ų
水化壳体积 shell_volume55697 ų
包络直径 envelope_diameter236.8
壳层 Rg shell_rg57.80
包络 Rg envelope_rg69.20
形状 Rg shape_rg72.34
总 Rg total_rg71.88
总原子数 total_atoms13834
残基数 n_residues1859
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax212.5
Rg (实空间) rg_real71.69
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60
I(0) (实空间) i0_real5.5750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal69.53
I(0) (倒空间) i0_reciprocal555600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8056
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary77.3
偏度 Skewness skewness0.379
峰度 Kurtosis kurtosis-0.705
角度范围 angular_range— – 0.1100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0071
最高正则化参数 α highest_alpha15460000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd3jwnc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.11 — PapD-like
家族 Family familyb.1.11.1 — Pilus chaperone
结构域编号 domain_idd3jwnc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family familyb.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain
结构域编号 domain_idd3jwne_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3jwnf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3jwnh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd3jwnh2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd3jwni1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.11 — PapD-like
家族 Family familyb.1.11.1 — Pilus chaperone
结构域编号 domain_idd3jwni2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.2 — Periplasmic chaperone C-domain
家族 Family familyb.7.2.1 — Periplasmic chaperone C-domain
结构域编号 domain_idd3jwnk_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3jwnl_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3jwnn1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits
结构域编号 domain_idd3jwnn2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family familyb.2.3.2 — Pilus subunits

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id3jwnC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3jwnC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3jwnE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3jwnI02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id3jwnK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnM00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnN01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id3jwnN02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)