← 返回搜索
3jz9

Crystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.2 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein DrrA

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1

UniProt Q5ZSQ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 340–533 片段：GEF domain: UNP residues 340-533 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.25 M Sodium sulfate, 21% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K 分辨率 1.80 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3JZ9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JZA Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 340–533（194 aa） 片段：GEF domain: UNP residues 340-533
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；292 K；0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3N6O Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 340–647（308 aa） 片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
3N6O Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 340–647（308 aa） 片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.236
4MXP Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM 提交 2013-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 330–647（318 aa） 片段：GEF and P4M domains, UNP residues 330-647
未记录 DB4 (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4-6% PEG 3350, 100 mM Tris, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.83 Å R-free 0.208

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5ZSQ3_LEGPH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–197； UniProt 340–533

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jz9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jz9
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jz9
沉积日期 deposition_date2009-09-23
结构标题 titleCrystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila
关键词 keywordsRabGDI, RabGEF, GDI, GEF, GDF, GDI displacement factor, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.35 Å
零角强度 I(0) i09563910.00
分子量 molecular_weight22197.0 kDa
排除体积 excluded_volume27387 ų
包络体积 envelope_volume32601 ų
水化壳体积 shell_volume15452 ų
包络直径 envelope_diameter64.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.80 Å
包络 Rg envelope_rg18.85 Å
形状 Rg shape_rg18.33 Å
总 Rg total_rg19.23 Å
总原子数 total_atoms1529
残基数 n_residues189
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.2 Å
Rg (实空间) rg_real19.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real9.5640e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9564000.0000
解质量估计 total_estimate0.7825
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.9 Å
偏度 Skewness skewness0.393
峰度 Kurtosis kurtosis-0.300
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2363000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.000
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3jz9A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 —
▶

8. 引用文献 (3)

▶

9. 文件与曲线 (10)