3k1w

New Classes of Potent and Bioavailable Human Renin Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 未记录 BFX 4-{4-[3-(2-bromo-5-fluorophenoxy)propyl]phenyl}-N-(2-chlorobenzyl)-N-cyclopropyl-1,2,5,6-tetrahydropyridine-3-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.75;293 K;20-30% PEG 4000, 0.6M KCl, 0.1M NaCitrate buffer, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.50 Å R-free 0.233
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 67–406 未记录 BFX 4-{4-[3-(2-bromo-5-fluorophenoxy)propyl]phenyl}-N-(2-chlorobenzyl)-N-cyclopropyl-1,2,5,6-tetrahydropyridine-3-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 HSQ 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.75;293 K;20-30% PEG 4000, 0.6M KCl, 0.1M NaCitrate buffer, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.50 Å R-free 0.233
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–406 链 B; UniProt 67–406 未记录 BFX 4-{4-[3-(2-bromo-5-fluorophenoxy)propyl]phenyl}-N-(2-chlorobenzyl)-N-cyclopropyl-1,2,5,6-tetrahydropyridine-3-carboxamide × 2 FMT FORMIC ACID × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 HSQ 2-acetylamino-2-deoxy-alpha-L-idopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.75;293 K;20-30% PEG 4000, 0.6M KCl, 0.1M NaCitrate buffer, pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 1.50 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、227 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 67–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k1w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k1w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k1w
沉积日期 deposition_date2009-09-29
结构标题 titleNew Classes of Potent and Bioavailable Human Renin Inhibitors
关键词 keywords;Renin, protease, Alternative splicing, Aspartyl protease, Cleavage on pair of basic residues, Disease mutation, Disulfide bond, Glycoprotein, Hydrolase, Membrane, Polymorphism, Secreted, Zymogen ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.72
零角强度 I(0) i089087000.00
分子量 molecular_weight75133.0 kDa
排除体积 excluded_volume94312 ų
包络体积 envelope_volume115070 ų
水化壳体积 shell_volume34535 ų
包络直径 envelope_diameter92.5
壳层 Rg shell_rg35.12
包络 Rg envelope_rg27.49
形状 Rg shape_rg27.73
总 Rg total_rg28.47
总原子数 total_atoms5280
残基数 n_residues670
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.9
Rg (实空间) rg_real28.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real8.9090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89090000.0000
解质量估计 total_estimate0.9067
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.1
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18310000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.933

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3k1wa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3k1wa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3k1wb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3k1wb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3k1wA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3k1wA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3k1wB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3k1wB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)