SAXSdb — 3k9m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 80–333	未记录	Cystatin-A × 1 （P01040）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 80–333	未记录	Cystatin-A × 1 （P01040）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3K9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）链 B 129–333（205 aa）	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CSB Crystal structure of cathepsin b inhibited with CA030 at 2.1 angstroms resolution: A basis for the design of specific epoxysuccinyl inhibitors 提交 1994-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 80–126（47 aa）链 E 129–333（205 aa）	未记录	EP0 N-[(3R)-4-ethoxy-3-hydroxy-4-oxobutanoyl]-L-isoleucyl-L-proline × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1GMY Cathepsin B complexed with dipeptidyl nitrile inhibitor 提交 2001-09-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 79–339（261 aa）片段：PROTEASE DOMAIN, RESIDUES 80-333	未记录	AEM 2-AMINOETHANIMIDIC ACID × 1 APD 3-METHYLPHENYLALANINE × 1 DFA DIPHENYLACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）链 B 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HUC THE REFINED 2.15 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN LIVER CATHEPSIN B: THE STRUCTURAL BASIS FOR ITS SPECIFICITY 提交 1993-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 80–126（47 aa）链 D 129–333（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT PROCATHEPSIN B AT 3.2 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 6000, 0.2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, PH 7.3	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
2IPP Crystal Structure of the tetragonal form of human liver cathepsin B 提交 2006-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–126（47 aa）片段：light chain, residues 80-126 链 B 129–333（205 aa）片段：heavy chain, residues 129-333	未记录	PYS 2-PYRIDINETHIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.15 Å
2PBH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 3.3 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, 700 MM TRIS, PH 7.2	分辨率 3.30 Å R-free 0.269
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3AI8 Cathepsin B in complex with the nitroxoline 提交 2010-05-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–333（256 aa）	未记录	HNQ 5-nitroquinolin-8-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3；293 K；0.1M citric acid, 21% PEG6000, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBJ Chagasin-Cathepsin B complex 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	PO4 PHOSPHATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.2 M ammonium dihydrogen phosphate, 20% PEG 3350, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
3CBK chagasin-cathepsin B 提交 2008-02-22	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 74–339（266 aa）	突变：C29A, H110A, S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.14M ammonium fluoride, 14% PEG 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.67 Å R-free 0.242
3PBH REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PROCATHEPSIN B AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1997-02-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 18–333（316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.72；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2 M AMMONIUM SULFATE, PH 5.72	分辨率 2.50 Å R-free 0.234
5MBL Cathepsin B in complex with DARPin 81 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；292 K；buffer: 50mM Tris/HCl, 300mM NaCl, 0.05% Tween-20 precipitant: 0.1M MES, 1.8M NH4SO4	分辨率 1.81 Å R-free 0.193
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
5MBM Cathepsin B in complex with DARPin 8h6 提交 2016-11-08	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 78–333（256 aa）片段：UNP residues 78-333	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0,1 M Na-citrate 15% PEG6000	分辨率 2.76 Å R-free 0.281
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
6AY2 Structure of CathB with covalently linked Compound 28 提交 2017-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 79–333（255 aa）	未记录	C1G N~1~-[(2S)-1-amino-5-(carbamoylamino)pentan-2-yl]-N'~1~-[(1R)-1-(thiophen-3-yl)ethyl]cyclobutane-1,1-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；as published	分辨率 1.60 Å R-free 0.176
8B4T Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 7 提交 2022-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9F (2S)-2-[[(2S)-2-[(4-chloranylphenoxy)carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 20% PEG 2000 MME	分辨率 1.45 Å R-free 0.208
8B5F Human cathepsin B in complex with the carbamate inhibitor 31 提交 2022-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	P9U (2S)-2-[[(2S)-2-[[3-chloranyl-4-[[3-phenyl-2-(phenylmethyl)propanoyl]amino]phenoxy]carbonylamino]-3-cyclohexyl-propanoyl]amino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 5.5, 30% PEG 5000 MME	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
8HE9 Crystal structure of CTSB in complex with K777 提交 2022-11-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 79–333（255 aa）	未记录	0IW Nalpha-[(4-methylpiperazin-1-yl)carbonyl]-N-[(3S)-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]-L-phenylalaninamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；17.1 % v/v Polyethylene glycol 600, 50 mM MES pH 5.6, 8.6 % w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.202
8HEI Crystal structure of CTSB in complex with E64d 提交 2022-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–333（257 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000	分辨率 1.55 Å R-free 0.173
8HEN Crystal structure of CTSB in complex with 212-148 提交 2022-11-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 77–333（257 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 L4F 2-[4-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-1-[[(3~{S})-1-phenyl-5-(phenylsulfonyl)pentan-3-yl]amino]propan-2-yl]carbamoyl]piperazin-1-yl]ethyl 4-carbamimidamidobenzoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M NaAc pH 5.2, 28% w/v PEG 3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
9VA8 Crystal Structure of Human Cathepsin B with a L-peptide substrate 提交 2025-06-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 80–333（254 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 10% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
9XHR Crystal Structure of Human Cathepsin B with a D-peptide substrate 提交 2025-11-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–333（255 aa）	突变：S115A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M bicine, 20% PEG 10K	分辨率 1.50 Å R-free 0.170

共 20 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 80–333 作者链 B； PDB构建体 1–254； UniProt 80–333

Cystatin-A

Homo sapiens

UniProt P01040

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–98	未记录	Cathepsin B × 1 （P07858）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–98	未记录	Cathepsin B × 1 （P07858）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M ammonium suphate, 24% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.61 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3K9M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CYU SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN CYSTATIN A UNDER THE CONDITION OF PH 3.8 AND 310K 提交 1995-08-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	突变：DEL(M1), M65L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CYV SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN CYSTATIN A UNDER THE CONDITION OF PH 3.8 AND 310K 提交 1995-08-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	突变：DEL(M1), M65L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1DVC SOLUTION NMR STRUCTURE OF HUMAN STEFIN A AT PH 5.5 AND 308K, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-02-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K	分辨率未提供
1DVD SOLUTION NMR STRUCTURE OF HUMAN STEFIN A AT PH 5.5 AND 308K, NMR, 17 STRUCTURES 提交 1996-02-26	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K	分辨率未提供
1GD3 refined solution structure of human cystatin A 提交 2000-09-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	突变：M65L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM cystatin A U-15N,13C; 10mM Acetate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.4mM cystatin A U-15N; 10mM Acetate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.4mM cystatin A; 10mM Acetate buffer NA; 98% D2O \| 98% D2O	分辨率未提供
1GD4 SOLUTION STRUCTURE OF P25S CYSTATIN A 提交 2000-09-08	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–98（98 aa）	突变：M65L,P25S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM P25S cystatin A U-15N,13C; 10mM Acetate buffer ; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.4mM P25S cystatin A U-15N; 10mM Acetate buffer ; 90% H2O 10% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.4mM P25S cystatin A; 10mM Acetate buffer ; 98% D2O \| 98% D2O	分辨率未提供
1N9J Solution Structure of the 3D domain swapped dimer of Stefin A 提交 2002-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–98（98 aa）链 B 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM Stefin A U-15N; 50mM phosphate buffer pH 5.5, 100mM KCl, 5mM Azide; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM Stefin A U-15N,13C,2H; 50mM phosphate buffer pH 5.5, 100mM KCl, 5mM Azide; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1NB3 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H: N-terminal residues of inhibitors can adapt to the active sites of endo-and exopeptidases 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1NB3 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H: N-terminal residues of inhibitors can adapt to the active sites of endo-and exopeptidases 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1NB3 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H: N-terminal residues of inhibitors can adapt to the active sites of endo-and exopeptidases 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1NB3 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H: N-terminal residues of inhibitors can adapt to the active sites of endo-and exopeptidases 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1NB5 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1NB5 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1NB5 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
1NB5 Crystal structure of stefin A in complex with cathepsin H 提交 2002-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；298 K；PEG 4000, ammonium sulphate, sodium acetate, cadmium chloride, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
3KFQ Unreduced cathepsin V in complex with stefin A 提交 2009-10-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCl, 12% PEG3000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.219
3KFQ Unreduced cathepsin V in complex with stefin A 提交 2009-10-27	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCl, 12% PEG3000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.219
3KSE Unreduced cathepsin L in complex with stefin A 提交 2009-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris-HCl, 16% PEG3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.71 Å R-free 0.204
3KSE Unreduced cathepsin L in complex with stefin A 提交 2009-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris-HCl, 16% PEG3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.71 Å R-free 0.204
3KSE Unreduced cathepsin L in complex with stefin A 提交 2009-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris-HCl, 16% PEG3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.71 Å R-free 0.204
8GT0 Structure of falcipain and human Stefin A complex 提交 2022-09-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–98（98 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 38 NA SODIUM ION × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 16 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate and 5 mM MgSO4	分辨率 3.28 Å R-free 0.299
8GT0 Structure of falcipain and human Stefin A complex 提交 2022-09-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–98（98 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 23 NA SODIUM ION × 13 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 14 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5, 1.0 M sodium acetate and 5 mM MgSO4	分辨率 3.28 Å R-free 0.299
8GT7 Structure of falcipain and human Stefin A mutant complex 提交 2022-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–98（98 aa）链 D 1–98（98 aa）	突变：K68R 突变：K68R	GOL GLYCEROL × 65 NA SODIUM ION × 44 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 48 SO4 SULFATE ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 54 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.05 M cadmium chloride, 0.1 M Na HEPES pH 7.5 and 1.5 M sodium acetate	分辨率 3.28 Å R-free 0.300

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYTA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3k9m
沉积日期 deposition_date	2009-10-16
结构标题 title	Cathepsin B in complex with stefin A
关键词 keywords	;Disulfide bond, Glycoprotein, Lysosome, Protease, Thiol protease, Zymogen, Thiol protease inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.54 Å
零角强度 I(0) i0	102275000.00
分子量 molecular_weight	77617.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95895 Å³
包络体积 envelope_volume	117160 Å³
水化壳体积 shell_volume	33674 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.01 Å
包络 Rg envelope_rg	29.50 Å
形状 Rg shape_rg	29.53 Å
总 Rg total_rg	30.14 Å
总原子数 total_atoms	5454
残基数 n_residues	704
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	102300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8763
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.406
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin B
分子量 formula_weight	27843.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5581

LPASFDAREQWPQCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHTNAHVSVEVSAEDLLTCCGSMCGDGCNGGYPAEAWNFWTRKGLVSGGLYESHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKICEPGYSPTYKQDKHYGYNSYSVSNSEKDIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVTGEMMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVANSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEVVAGIPRTD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cystatin-A
分子量 formula_weight	11020.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MIPGGLSEAKPATPEIQEIVDKVKPQLEEKTNETYGKLEAVQYKTQVVAGTNYYIKVRAGDNKYMHLKVFKSLPGQNEDLVLTGYQVDKNKDDELTGF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	127

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3k9mc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

结构域编号 domain_id	d3k9md_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family family	d.17.1.2 — Cystatins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3k9mA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	3k9mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	3k9mC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3k9mD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	62.122 Å
晶胞边长 b length_b	31.078 Å
晶胞边长 c length_c	70.937 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.95 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.90 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	40.520 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/k9/3k9m/3k9m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k9/3k9m/3k9m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k9/3k9m/3k9m.dat

Cathepsin B in complex with stefin A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cystatin-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)