3kbp

KIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURPLE ACID PHOSPHATASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 FE (III) ION × 2 ZINC ION × 2 TUNGSTATE(VI)ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 FE (III) ION × 2 ZINC ION × 2 TUNGSTATE(VI)ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 FE (III) ION × 2 ZINC ION × 2 TUNGSTATE(VI)ION × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 FE (III) ION × 4 ZINC ION × 4 TUNGSTATE(VI)ION × 4	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 FE (III) ION × 4 ZINC ION × 4 TUNGSTATE(VI)ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPAF_PHAVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 B； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 C； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 D； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kbp
沉积日期 deposition_date	1995-10-02
结构标题 title	KIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE
关键词 keywords	PURPLE ACID PHOSPHATASE, HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER); HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3kbp__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3kbp__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3kbp__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.03 Å
Rg（电子密度）	38.31 Å
总 Rg	38.74 Å
原子数	14284
残基数	1696
排除体积	251690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3kbp__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3kbp__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3kbp__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3kbp__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`3kbp__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PURPLE ACID PHOSPHATASE
分子量 formula_weight	50304.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14284

FVRKTNKNRDMPLDSDVFRVPPGYNAPQQVHITQGDLVGRAMIISWVTMDEPGSSAVRYWSEKNGRKRIAKGKMSTYRFFNYSSGFIHHTTIRKLKYNTKYYYEVGLRNTTRRFSFITPPQTGLDVPYTFGLIGDLGQSFDSNTTLSHYELSPKKGQTVLFVGDLSYADRYPNHDNVRWDTWGRFTERSVAYQPWIWTAGNHEIEFAPEINETEPFKPFSYRYHVPYEASQSTSPFWYSIKRASAHIIVLSSYSAYGRGTPQYTWLKKELRKVKRSETPWLIVLMHSPLYNSYNHHFMEGEAMRTKFEAWFVKYKVDVVFAGHVHAYERSERVSNIAYKITDGLCTPVKDQSAPVYITIGDAGNYGVIDSNMIQPQPEYSAFREASFGHGMFDIKNRTHAHFSWNRNQDGVAVEADSVWFFNRHWYPVDDST

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TUNGSTATE(VI)ION
分子量 formula_weight	247.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d3kbpa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.12 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain
家族 Family family	b.1.12.1 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3kbpa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.1 — Purple acid phosphatase-like

结构域编号 domain_id	d3kbpb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.12 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain
家族 Family family	b.1.12.1 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3kbpb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.1 — Purple acid phosphatase-like

结构域编号 domain_id	d3kbpc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.12 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain
家族 Family family	b.1.12.1 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3kbpc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.1 — Purple acid phosphatase-like

结构域编号 domain_id	d3kbpd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.12 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain
家族 Family family	b.1.12.1 — Purple acid phosphatase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3kbpd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.1 — Purple acid phosphatase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3kbpA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Purple acid phosphatase-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3kbpA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	3kbpB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Purple acid phosphatase-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3kbpB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	3kbpC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Purple acid phosphatase-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3kbpC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	3kbpD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	380 — Purple acid phosphatase-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	3kbpD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

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晶胞边长 a length_a	132.700 Å
晶胞边长 b length_b	347.300 Å
晶胞边长 c length_c	128.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2200

KIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURPLE ACID PHOSPHATASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbp__assembly_5__model_1

3kbp__assembly_5__model_1 | I(q)

3kbp__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

KIDNEY BEAN PURPLE ACID PHOSPHATASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PURPLE ACID PHOSPHATASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3kbp__assembly_5__model_1

3kbp__assembly_5__model_1 | I(q)

3kbp__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)