3kci

The third RLD domain of HERC2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3951–4321	片段：UNP RESIDUES 3951-4321, RCC1-LIKE DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290.9 K；20% PEG3350, 0.2mM MgCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290.9K	分辨率 1.80 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KCI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KEO Solution NMR structure of human protein HS00059, cytochrome-b5-like domain of the HERC2 E3 ligase. Northeast structural genomics consortium (NESG) target ht98a 提交 2009-01-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1203–1296（94 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] hs00059-1, 10 mM TRIS-2, 300 mM sodium chloride-3, 10 uM ZnSO4-4, 10 mM DTT-5, 0.01 % NaN3-6, 10 mM benzamidine-7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 417–790（374 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 417–790（374 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
4L1M Structure of the first RCC1-like domain of HERC2 提交 2013-06-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 417–790（374 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-hydrochloride, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
6WW3 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with SUMO1 tail 提交 2020-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2702–2755（54 aa）片段：fusion protein	未记录	ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0 and 20% PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6WW3 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with SUMO1 tail 提交 2020-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2702–2755（54 aa）片段：fusion protein	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M ammonium chloride, 0.1 M Tris, pH 8.0 and 20% PEG 6000	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2702–2751（50 aa）片段：fusion protein	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
6WW4 Crystal structure of HERC2 ZZ domain in complex with histone H3 tail 提交 2020-05-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2702–2751（50 aa）片段：fusion protein	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, and 17% PEG 10000	分辨率 2.25 Å R-free 0.243
7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
7Q40 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 提交 2021-10-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2938–3342（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500 hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 3.01 Å R-free 0.255
7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2938–3342（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500 hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 3.01 Å R-free 0.255
7Q41 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of ubiquitin-protein ligase E3A (E6AP) 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；293.1500 hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 3.01 Å R-free 0.255
7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2938–3342（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
7Q42 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of chromatin reader BAZ2B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2941–3342（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2941–3342（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7Q43 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of dedicator of cytokinesis protein 10 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2941–3342（402 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.40 Å R-free 0.265
7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2941–3342（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2941–3342（402 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
7Q44 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of deubiquitinase USP35 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2941–3342（402 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2938–3342（405 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
7Q45 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of Myelin transcription factor 1 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2938–3342（405 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.10 Å R-free 0.224
7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2941–3342（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.245
7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2941–3342（402 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.245
7Q46 Crystal structure of RCC1-Like domain 2 of ubiquitin ligase HERC2 in complex with DXDKDED motif of pericentriolar material 1 protein 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2941–3342（402 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；hanging drop 20% PEG 3350 0.18M tris amonium citrate	分辨率 2.46 Å R-free 0.245
7RGW Crystal structure of HERC2 DOC domain 提交 2021-07-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2759–2914（156 aa）片段：DOC domain (UNP residues 2759-2914)	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG3350	分辨率 1.99 Å R-free 0.213
9L8Y Crystal structure of HERC2 提交 2024-12-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2539–2700（162 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；289 K；0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane (pH 8.8), 16% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.92 Å R-free 0.206
9L93 Crystal structure of NCOA4 in complex with HERC2 提交 2024-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2539–2700（162 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；18% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.73 Å R-free 0.207
9L93 Crystal structure of NCOA4 in complex with HERC2 提交 2024-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2539–2700（162 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；289 K；18% v/v 2-Propanol, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.5), 20% w/v Polyethylene glycol 4000	分辨率 1.73 Å R-free 0.207

共 14 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HERC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–389； UniProt 3951–4321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kci
沉积日期 deposition_date	2009-10-21
结构标题 title	The third RLD domain of HERC2
关键词 keywords	;WD40, RCC1, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC, Coiled coil, Ligase, Metal-binding, Phosphoprotein, Ubl conjugation pathway, WD repeat, Zinc, Zinc-finger ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.96 Å
零角强度 I(0) i0	26797200.00
分子量 molecular_weight	38227.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47158 Å³
包络体积 envelope_volume	53148 Å³
水化壳体积 shell_volume	22455 Å³
包络直径 envelope_diameter	58.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.18 Å
包络 Rg envelope_rg	19.12 Å
形状 Rg shape_rg	18.96 Å
总 Rg total_rg	19.82 Å
总原子数 total_atoms	2686
残基数 n_residues	366
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9131
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.038
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7411000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.965; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3kciA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.673 Å
晶胞边长 b length_b	52.673 Å
晶胞边长 c length_c	215.242 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1538
R_work r_work	0.1516
R_free r_free	0.1950

描述 description	Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2
分子量 formula_weight	41116.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3139

The third RLD domain of HERC2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable E3 ubiquitin-protein ligase HERC2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	366

fit	/app/data/saxs_computation/kc/3kci/3kci.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kc/3kci/3kci.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kc/3kci/3kci.dat