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3kcl

Room temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Cd2+ cations and d12-D-alpha-glucose in the ring form (refined jointly with X-ray structure 3KBM)

Dmax: 86.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Xylose isomerase

Streptomyces rubiginosus

UniProt P24300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–388 未记录 CD CADMIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 实验方法未声明 X-ray结晶条件：pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH=7.7, BATCH METHOD, APO-XI CRYSTALS WERE WITH 5mM CDCL2 SALT, 0.5M PER-DEUTERATED D-GLUCOSE IN D2O, temperature 293K 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3KCL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GW9 Tri-iodide derivative of Xylose Isomerase from Streptomyces Rubiginosus 提交 2002-03-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 LXC beta-L-xylopyranose × 8 IOD IODIDE ION × 116 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；1.8M AMMONIUM SULPHATE, 10MM TRIS-HCL AT PH7.5 AND THEN SOAKED IN AN EQUIVALENT SOLUTION WITH 50MM KI/50MM I2 AND 1.9M L-XYLOSE ADDED AS CRYO-PROTECTANT., pH 7.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.188
1MNZ Atomic structure of Glucose isomerase 提交 2002-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–387（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；295 K；MPD, Magnesium chloride, Tris base, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 0.99 Å R-free 0.134
1O1H STRUCTURE OF GLUCOSE ISOMERASE DERIVATIZED WITH KR. 提交 2002-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 KR KRYPTON × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；MPD, MgCl2, TRIS, pH 7.00
分辨率 1.40 Å R-free 0.161
1O1H STRUCTURE OF GLUCOSE ISOMERASE DERIVATIZED WITH KR. 提交 2002-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 8 KR KRYPTON × 8 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；MPD, MgCl2, TRIS, pH 7.00
分辨率 1.40 Å R-free 0.161
1OAD Glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus in P21212 crystal form 提交 2003-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MQD 2-METHYLPENTANE-1,2,4-TRIOL × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；17 MG/ML PROTEIN, 12 % MPD, 0.1 M MGCL2, 50 MM TRIS BUFFER PH 7.0
分辨率 1.50 Å R-free 0.186
1XIB MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XIC MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XID MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 ASC ASCORBIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIE MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 ASO 1,5-anhydro-D-glucitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIF MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
1XIG MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIH MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 SOR sorbitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XII MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XUL D-XYLULOSE × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIJ MODES OF BINDING SUBSTRATES AND THEIR ANALOGUES TO THE ENZYME D-XYLOSE ISOMERASE 提交 1994-03-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 THE THREONATE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.70 Å
1XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
2G4J Anomalous substructure of Glucose isomerase 提交 2006-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.85 Å R-free 0.177
2GLK High-resolution study of D-Xylose isomerase, 0.94A resolution. 提交 2006-04-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；50mM tris-HCl,25%AMSO4,2mM Mn2+ and 2mM Co2+ , XI @ 25mg/ml., pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 0.94 Å R-free 0.128
2GUB Crystal Structure of Metal Free D-Xylose Isomerase. 提交 2006-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 8；279 K；Crystallization from solution containing metal free enzyme at 20 mg/ml, 0.8M AmSO4, 2mM Pipes. Crystallization occurred over 2 day period in sealed tubes., pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 279K
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
2GVE Time-of-Flight Neutron Diffraction Structure of D-Xylose Isomerase 提交 2006-05-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 8 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 8；293 K；50mM tris-HCl,38%AMSO4,2mM Mn2+ and 2mM Co2+,XI @ 125mg/ml, pH 8.0, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.319
2XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.71 Å
3CWH D-xylose Isomerase in complex with linear product, per-deuterated xylulose 提交 2008-04-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 XUL D-XYLULOSE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 OH HYDROXIDE ION × 4 NEUTRON DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；293 K；50MM TRIS-HCL, 38%(NH4)2SO4, 2MM MG2+ XI @ 125 MG/ML, PH=8.0, LIQUID DIFFUSION, T=293K; NATIVE CRYSTAL WERE SOAKED WITH 0.2M PER-DEUTERATED XYLOSE IN D2O BUFFERED IN 50MM TRIS-DCL, PH=7.6 (PD=8.0), 2MM MGCL2
分辨率 2.20 Å R-free 0.288
3GNX Structure of dehydrated D-xylose isomerase from streptomyces rubiginosus 提交 2009-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
链 E 2–388（387 aa）
未记录 XYL Xylitol × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；278 K；6mM Tris-HCl, 33mg/ml crystalline suspension, 0.91M ammonium sulfate, 1mM magnesium sulfate (Hampton Research Ltd.); Soaked in xylitol solution, pH 7.0, temperature 278K
分辨率 2.00 Å R-free 0.206
3KBJ Room temperature X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 30%(v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
3KBM Room Temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase complexed with 2Cd(2+) co-factors and d12-D-alpha-glucose in the cyclic form 提交 2009-10-20 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM CdCl2; 500mM d12-D-glucose, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), batch, pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.211
3KBN Room temperature structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Ni(2+) co-factors and d12-D-glucose in the linear form 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 GLO D-glucose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM NiCl2, 500mM d12-D-glucose 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, temperature 290K
分辨率 1.53 Å R-free 0.181
3KBS Room Temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Cd(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；293 K；40mg/ml protein, 5mM CdCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.284
3KBV Room temperature structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Ni(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 5mM NiCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 290K
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
3KBW Room temperature X-ray mixed-metal structure of D-Xylose Isomerase in complex with Ni(2+) and Mg(2+) co-factors 提交 2009-10-20 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；40mg/ml protein, 2mM NiCl2, 2mM MgCl2, 30% (v/v) ammonium sulfate (sat.), pH 7.7, batch, temperature 290K
分辨率 1.60 Å R-free 0.167
3KCJ Room temperature neutron structure of apo-D-Xylose Isomerase (refined jointly with X-ray structure 3KBJ) 提交 2009-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH 7.7, BATCH METHOD, temperature 293K
分辨率 1.80 Å
3KCO Room temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Ni2+ cations and d12-D-glucose in the linear form (refined jointly with X-ray structure 3KBN) 提交 2009-10-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 GLO D-glucose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；293 K；50MM HEPES, 40% v/v (NH4)2SO4 (sat.), protein 40 MG/ML, PH=7.7, BATCH METHOD, APO-XI CRYSTALS WERE SOAKED WITH 5mM NiCl2 SALT, 0.5M PER-DEUTERATED D-GLUCOSE IN D2O, temperature 293K
分辨率 1.80 Å
3N4A Crystal structure of D-Xylose Isomerase in complex with S-1,2-Propandiol 提交 2010-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；20-28% Propandiol, 0.2M MgCl, 50mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.94 Å R-free 0.182
3QYS Room Temperature X-ray Structure of D-Xylose Isomerase in complex with 0.6Ni2+ cation bound in M2 metal binding site at pH=5.8 提交 2011-03-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch crystallization；pH 5.8；280 K；apo-XI was crystallized with ammonium sulfate as precipitant; 0.2mM Ni2+ salt was added to make the complex, pH 5.8, batch crystallization, temperature 280K
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
3QZA Joint neutron and X-ray structure of apo-D-Xylose Isomerase at pH=5.9 提交 2011-03-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 D8U deuterium(1+) × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 5.9；280 K；crystals grew with ammonium sulfate as a precipitant at pH of 5.9, batch crystallization, temperature 280K
分辨率未提供
3U3H X-Ray Crystallographic Analysis of D-Xylose Isomerase-Catalyzed Isomerization of (R)-Glyceraldehyde 提交 2011-10-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 03W (2R)-propane-1,1,2,3-tetrol × 4 FMT FORMIC ACID × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；298 K；20mg/ml XI in water was mixed with an equal volume of well solution consisting of 0.2-0.3M Mg formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 0.97 Å R-free 0.125
3XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XYS alpha-D-xylopyranose × 4 XLS D-xylose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
4A8I Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；32,7 MG/ML PROTEIN, 0.6 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 0.95 Å R-free 0.132
4A8L Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；32.7 MG/ML PROTEIN, 0.6 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.35 Å R-free 0.137
4A8N Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；28.7 MG/ML PROTEIN, 1.4 MG/ML PROTEIN COVALENTLY LABELED WITH BIS(2,2'-BIPYRIDINE)-4,4'-DICARBOXY BIPYRIDINE-RUTHENIUM DI(N-SUCCINIMIDYL ESTER) BIS(HEXAFLUOROPHOSPHATE), 0.9M AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.20 Å R-free 0.128
4A8R Protein crystallization and microgravity: glucose isomerase crystals grown during the PCDF-PROTEIN mission 提交 2011-11-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CO COBALT (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；28.7 MG/ML PROTEIN, 1.4 MG/ML PROTEIN COVALENTLY LABELED WITH A RUTHENIUM-CONTAINING LABEL, 0.9 M AMMONIUM SULPHATE, 100 MM HEPES PH 7.0
分辨率 1.42 Å R-free 0.130
4DUO Room-temperature X-ray structure of D-Xylose Isomerase in complex with 2Mg2+ ions and xylitol at pH 7.7 提交 2012-02-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；290 K；apo-XI crystals were grown with AmSO4 by batch; to obtain the complex Mg2+ was injected into drops containing crystals up to concentration 5 mM; subsequently, xylitol was injected up to concentration of 100 mM, pH 7.7, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.200
4DVO Room-temperature joint X-ray/neutron structure of D-xylose isomerase in complex with 2Ni2+ and per-deuterated D-sorbitol at pH 5.9 提交 2012-02-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 SOR sorbitol × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 batch；pH 5.9；290 K；apo-Xylose isomerase crystals were grown with AmSO4 as precipitant and 0.1 M MES at pH 5.9; they then were injected with Ni2+ salt up to the concentration of 5mM and D-sorbitol up to the concentration of 300mM, batch, temperature 290K
分辨率 2.00 Å R-free 0.214
4E3V Crystal Structure of XYLOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES RUBIGINOSUS Cryoprotected in Proline 提交 2012-03-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 PRO PROLINE × 4 SO4 SULFATE ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；2.0M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 1.50 Å R-free 0.179
4J4K Crystal structure of glucose isomerase 提交 2013-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；10% MPD, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Mg Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.163
4J4K Crystal structure of glucose isomerase 提交 2013-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；10% MPD, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M Mg Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.90 Å R-free 0.163
4LNC Neutron structure of the cyclic glucose bound Xylose Isomerase E186Q mutant 提交 2013-07-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 pH 7.7；295 K；Large crystals were grown in 1.5 ml Eppendorf tubes with 15% ammonium sulfate, 72 mg/ml D-xylose isomerase at ph 7.7, Batch method, temperature 295K
分辨率未提供
4QDP Joint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Cd2+ ions and cyclic beta-L-arabinose 提交 2014-05-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 ARB beta-L-arabinopyranose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；0.1M HEPES, pH 7.7, 30% ammonium sulfate, batch, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
4QDW Joint X-ray and neutron structure of Streptomyces rubiginosus D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and linear L-arabinose 提交 2014-05-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 12 LAI L-arabinose × 4 实验方法未声明
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.179
4QE1 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Cd2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 8 RUU alpha-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.55 Å R-free 0.190
4QE4 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 34V beta-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES ph 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.70 Å R-free 0.180
4QE5 Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Mg2+ ions and L-ribulose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 RUU alpha-L-ribulofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.56 Å R-free 0.188
4QEE Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Ni2+ ions and L-ribose 提交 2014-05-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 8 Z6J alpha-L-ribofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
4QEH Room temperature X-ray structure of D-xylose isomerase in complex with two Mg2+ ions and L-ribose 提交 2014-05-16 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 32O beta-L-ribofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 batch；pH 7.7；291 K；30% ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.7, batch, temperature 291K
分辨率 1.55 Å R-free 0.184
4US6 New Crystal Form of Glucose Isomerase Grown in Short Peptide Supramolecular Hydrogels 提交 2014-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 GOL GLYCEROL × 12 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；GEL COUNTERDIFFUSION: 1 M AMMONIUM SULPHATE, 10 MM TRIS PH 8.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.132
4W4Q Glucose isomerase structure determined by serial femtosecond crystallography at SACLA 提交 2014-08-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 8.5；278 K；40%(w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl
分辨率 2.00 Å R-free 0.196
4XIS A METAL-MEDIATED HYDRIDE SHIFT MECHANISM FOR XYLOSE ISOMERASE BASED ON THE 1.6 ANGSTROMS STREPTOMYCES RUBIGINOSUS STRUCTURES WITH XYLITOL AND D-XYLOSE 提交 1991-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 XYS alpha-D-xylopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å
4ZB0 A dehydrated form of glucose isomerase collected at room temperature. 提交 2015-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–388（387 aa） 片段：UNP residues 2-388
链 B 2–388（387 aa） 片段：UNP residues 2-388
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 FRU beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.180
4ZB2 A native form of glucose isomerase collected at room temperature. 提交 2015-04-14 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 FRU beta-D-fructofuranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.140
4ZB5 A form of glucose isomerase collected at 100K. 提交 2015-04-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.154
4ZBC A dehydrated form of glucose isomerase collected at 100K. 提交 2015-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
链 B 1–387（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 22 GLC alpha-D-glucopyranose × 8 FRU beta-D-fructofuranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes, 10% PEG 400, 0.05 M Manganese Chloride, 20% Glucose
分辨率 2.00 Å R-free 0.182
5AVH The 0.90 angstrom structure (I222) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7；293 K；0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 10% (v/v) MPD, 0.1M Ca acetate
分辨率 0.90 Å R-free 0.127
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5AVN The 1.03 angstrom structure (P212121) of glucose isomerase crystallized in high-strength agarose hydrogel 提交 2015-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–388（387 aa）
链 B 2–388（387 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；293 K；0.1 M Hepes-NaOH (pH 7.5), 1.75 M (NH4)2SO4
分辨率 1.03 Å R-free 0.150
5I7G Metal free Glucose Isomerase collected at room temperature using the HC1b humidity controller 提交 2016-02-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10 mM Hepes pH 7.5, 1.6 M Ammonium Sulphate
分辨率 1.21 Å R-free 0.162
5VR0 Crystal structure of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus 提交 2017-05-09 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 48 CA CALCIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M CaCl2, 16-22% MPD (v/v) and 0.1 M Tris-HCl pH 7.0
分辨率 1.70 Å R-free 0.142
5Y4I Crystal structure of glucose isomerase in complex with glycerol in one metal binding mode 提交 2017-08-03 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；16%(w/v) PEG400 and 100mM MgCl2
分辨率 1.91 Å R-free 0.170
5Y4J Crystal structure of glucose isomerase in complex with xylitol inhibitor in one metal binding mode 提交 2017-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–386（384 aa） 片段：UNP residues 3-386
突变：Q21E MG MAGNESIUM ION × 4 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；16% (w/v) PEG400 and 100 mM MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.180
5ZYC Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Mn2+ 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.75 Å R-free 0.184
5ZYD Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Glucose 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.165
5ZYE Crystal Structure of Glucose Isomerase Soaked with Mn2+ and Glucose 提交 2018-05-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.5 K；PEG 400, MgCl2
分辨率 1.40 Å R-free 0.186
6IRK Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial femtosecond crystallography 提交 2018-11-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa） 片段：UNP residues 3-388
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.75 Å R-free 0.203
6KCA Room temperature structure of glucose isomerase delivered in shortening A by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
6KCC Room temperature structure of glucose isomerase delivered in shortening B by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.201
6KD2 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in gelatin by serial millisecond crystallography 提交 2019-06-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.70 Å R-free 0.224
6LL2 Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial femtosecond crystallography 提交 2019-12-21 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.75 Å R-free 0.197
6OQZ Crystal structure of Glucose Isomerase from Non-merohedrally twinned crystals 提交 2019-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.05 mM TrisHCl buffer pH 7.5, 0.1 M MnCl2 and 14% MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.220
6QNC Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 0.1 s timepoint 提交 2019-02-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.190
6QND Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 60 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLO D-glucose × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6QNH Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 0ms timepoint 提交 2019-02-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.196
6QNI Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 1.0 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.196
6QNJ Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 4.5 s timepoint 提交 2019-02-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CO COBALT (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.209
6QRR X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 0.13 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.10 Å R-free 0.147
6QRS X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 0.13 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.117
6QRT X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 1.38 MGy 提交 2019-02-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
突变：E186Q EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.118
6QRU X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 2.01 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.119
6QRV X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 2.63 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.124
6QRW X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.25 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.124
6QRX X-ray radiation dose series on xylose isomerase - 3.88 MGy 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES, magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.128
6QRY X-ray radiation dose series on xylose isomerase - merged data 提交 2019-02-19 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 48 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.5 K；2-propanol, ethylene glycol, HEPES and magnesium chloride
分辨率 1.17 Å R-free 0.110
6QUF Protein crystallization by ionic liquid hydrogel support: reference crystal of glucose isomerase grown on standard silanized glass 提交 2019-02-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；Protein concentration 26mg/ml in HEPES 10mM pH 7 and MgCl2 1mM. reservoir: (NH4)2SO4 1.5M
分辨率 1.19 Å R-free 0.129
6QUK Protein crystallization by ionic liquid hydrogel support: glucose isomerase grown by using ionic liquid hydrogel 提交 2019-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 GOL GLYCEROL × 16 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；298 K；protein 26mg/m in HEPES 10mM pH 7 and MgCl2 1mM Reservoir: (NH4)2SO4 1.5M
分辨率 1.58 Å R-free 0.194
6RND Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 15 ms timepoint 提交 2019-05-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
6RNF Liquid Application Method for time-resolved Analyses (LAMA) by serial synchrotron crystallography, Xylose Isomerase 30 ms timepoint 提交 2019-05-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.175
6VRS Single particle reconstruction of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus based on data acquired in the presence of substantial aberrations 提交 2020-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6YBO RT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.06 A resolution from crystal grown in a Kapton microchip. 提交 2020-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 7；293.5 K；0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 1.06 Å R-free 0.131
6YBR RT structure of Glucose Isomerase obtained at 1.20 A resolution from crystal grown in a Mylar microchip. 提交 2020-03-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 7；293.5 K；0.1 M MgCl2, 10% w/v PEG 1K, 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 1.20 Å R-free 0.131
7BJZ GLUCOSE ISOMERASE S171W in H32 提交 2021-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；294 K；30 mg.mL-1 50mM Hepes 7.0 100mM MgCl2 8% (w/v) PEG1000
分辨率 2.13 Å R-free 0.233
7BVL Crystal structure of glucose isomerase delivered in wheat starch 提交 2020-04-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.213
7BVN Crystal structure of glucose isomerase delivered in alginate 提交 2020-04-11 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
7CJO Crystal structure of metal-bound state of glucose isomerase 提交 2020-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 42 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；298.5 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate
分辨率 1.40 Å R-free 0.147
7CJP Crystal structure of metal-free state of glucose isomerase 提交 2020-07-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 46 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；298.5 K；Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.166
7CK0 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in lard by serial millisecond crystallography 提交 2020-07-15 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.177
7CVK Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial synchrotron crystallography (100 ms) 提交 2020-08-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.70 Å R-free 0.199
7CVM Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target serial synchrotron crystallography (500 ms) 提交 2020-08-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.248
7DFJ Crystal structure of glucose isomerase by serial millisecond crystallography 提交 2020-11-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.50 Å R-free 0.248
7DFK Crystal structure of xylitol-bound glucose isomerase by serial millisecond crystallography 提交 2020-11-08 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.40 Å R-free 0.251
7DMM Structure of a glucose isomerase crystal grown in an aqueous glycerol solution without any precipitants 提交 2020-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–387（386 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CA CALCIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；precipitant-free in 30(v/v)% aqueous glycerol solution
分辨率 0.99 Å R-free 0.166
7E03 Room temperature structure of glucose isomerase delivered in beef tallow by serial millisecond crystallography 提交 2021-01-26 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；293.5 K；Tris-HCl, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
7NJG Xylose isomerase grown inside HARE serial crystallography chip 提交 2021-02-16 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
8AW8 Xylose Isomerase in 70% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5
分辨率 1.63 Å R-free 0.194
8AW9 Xylose Isomerase in 75% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.62 Å R-free 0.190
8AWB Xylose Isomerase in 90% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES 200 mM Lithium Sulphate 35% Peg3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
8AWC Xylose Isomerase in 85% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.75 Å R-free 0.229
8AWD Xylose Isomerase in 95% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.85 Å R-free 0.192
8AWE Xylose Isomerase in 99% relative humidity environment 提交 2022-08-29 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.165
8AWF Xylose Isomerase in 80% relative humidity environment 提交 2022-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES 200 mM Lithium Sulphate 34% Peg3350
分辨率 1.61 Å R-free 0.202
8AWS Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 50ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K
分辨率 2.26 Å R-free 0.223
8AWU Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 250ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.47 Å R-free 0.171
8AWV Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 500ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 2.08 Å R-free 0.187
8AWX Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 1s 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.96 Å R-free 0.192
8AWY Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Serial measurement Xylose Isomerase with 2,3-butanediol at 50ms 提交 2022-08-30 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 BU9 Meso-2,3-Butanediol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
8WDG Subatomic crystal structure of glucose isomerase from Streptomyces rubiginosus 提交 2023-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–387（385 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 12 XYL Xylitol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；Tris-HCl, pH 8.0, PEG400, MgCl2
分辨率 0.99 Å R-free 0.171
8WDH Crystal structure of glucose isomerase by fixed-target pink-beam serial synchrotron crystallography 提交 2023-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–387（385 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；295 K；Tris, ammonium sulfate, MgCl2
分辨率 1.70 Å R-free 0.278
8XIA X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR 提交 1990-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 XLS D-xylose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
9G5N Xylose Isomerase collected at 20C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.191
9G5S Xylose Isomerase collected at 30C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
9G5W Xylose Isomerase collected at 40C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
9G5X Xylose Isomerase collected at 45C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.182
9G61 Xylose Isomerase collected at 50C using serial fixed-target crystallography 提交 2024-07-17 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.190
9G6L Xylose Isomerase collected at 20C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.205
9G6M Xylose Isomerase collected at 30C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.192
9G6N Xylose Isomerase collected at 40C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
9G6O Xylose Isomerase collected at 45C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
9G6P Xylose Isomerase collected at 50C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 60 seconds 提交 2024-07-18 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.215
9GRD Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with cobalt ions in the active site 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 CO COBALT (II) ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM PBS pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.99 Å
9GRE Cryo-electron microscopy structure of glucose/xylose isomerase from Streptomyces rubiginosus with magnesium ions in the active site 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
链 B 1–388（388 aa）
链 C 1–388（388 aa）
链 D 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM PBS pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.00 Å
9I79 Xylose Isomerase collected at 20C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 180 seconds 提交 2025-01-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.212
9I7L Xylose Isomerase collected at 50C using time-resolved serial synchrotron crystallography with Glucose at 180 seconds 提交 2025-01-31 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 GLC alpha-D-glucopyranose × 4 GLO D-glucose × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；295 K；(35% (w/v) PEG 3350, 200 mM LiSO4 and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5)
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
9R45 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase (apo state) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPEs pH 7.5 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 1.79 Å R-free 0.244
9R46 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase bound with glucose (25 ms soaking) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPES pH 7.5 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.243
9R47 Spitrobot-2 advances time-resolvedcryo-trapping crystallography to under 25 ms: Xylose isomerase bound with glucose (50 ms soaking) 提交 2025-05-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 4 BGC beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.4；295 K；10 mM HEPES pH 7.4 0.2 M Lithium Sulphate 25% Peg3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.206
9XEY Room temperature structure of glucose isomerase by serial femtosecond crystallography 提交 2025-10-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–388（388 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；273 K；Tris, MgCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.229
9XIA X-RAY ANALYSIS OF D-XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 ANGSTROMS: NATIVE ENZYME IN COMPLEX WITH SUBSTRATE AND WITH A MECHANISM-DESIGNED INACTIVATOR 提交 1990-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–387（387 aa）
未记录 DFR 3-deoxy-3-methyl-beta-D-fructofuranose × 4 MN MANGANESE (II) ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å

共 139 个其他 PDB 条目、143 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XYLA_STRRU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–388； UniProt 1–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kcl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kcl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kcl
沉积日期 deposition_date2009-10-21
结构标题 titleRoom temperature neutron structure of D-Xylose Isomerase in complex with two Cd2+ cations and d12-D-alpha-glucose in the ring form (refined jointly with X-ray structure 3KBM)
关键词 keywordsxylose isomerase, deuterated glucose, Carbohydrate metabolism, Metal-binding, Pentose shunt, Xylose metabolism, ISOMERASE; ISOMERASE
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.54 Å
零角强度 I(0) i035728000.00
分子量 molecular_weight48986.0 kDa
排除体积 excluded_volume61650 ų
包络体积 envelope_volume77770 ų
水化壳体积 shell_volume27313 ų
包络直径 envelope_diameter87.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.74 Å
包络 Rg envelope_rg24.80 Å
形状 Rg shape_rg23.69 Å
总 Rg total_rg23.92 Å
总原子数 total_atoms6606
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.0 Å
Rg (实空间) rg_real24.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real3.5730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal35730000.0000
解质量估计 total_estimate0.6973
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.478
峰度 Kurtosis kurtosis-0.132
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7054000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.729; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.894; Smooth: 0.966
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3kcla_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.15 — Xylose isomerase-like
家族 Family familyc.1.15.3 — Xylose isomerase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3kclA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)