SAXSdb — 3kep

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP145

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 442–605	片段：residues 442 to 605 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES, 25% PEG 3350, 200mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.82 Å R-free 0.244
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 442–605	片段：residues 442 to 605 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；100mM HEPES, 25% PEG 3350, 200mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 1.82 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KEP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG0 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.15 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C 链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3BG1 Architecture of a Coat for the Nuclear Pore Membrane 提交 2007-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 731–1158（428 aa）片段：Nucleoporin NUP145C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；294 K；16 % (w/v) PEG 3,350, 400 mM NaCl, 100 mM Na-K tartrate, and 100 mM BIS-TRIS, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.294
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 731–1158（428 aa）片段：UNP residues 731-1158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 731–1158（428 aa）片段：UNP residues 731-1158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 731–1158（428 aa）片段：UNP residues 731-1158	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3JRO NUP84-NUP145C-SEC13 edge element of the NPC lattice 提交 2009-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 714–1160（447 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.15M sodium malonate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 4.00 Å R-free 0.329
3JRP SEC13 with NUP145C (AA109-179) insertion blade 提交 2009-09-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 714–784（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.1M Tris, 22% PEG 4000, 0.25 M LiCl, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3KES Crystal structure of the autoproteolytic domain from the nuclear pore complex component NUP145 from Saccharomyces cerevisiae in the Hexagonal, P61 space group 提交 2009-10-26	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 442–605（164 aa）片段：residues 442 to 605	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1600mM tri-sodium citrate dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
3KES Crystal structure of the autoproteolytic domain from the nuclear pore complex component NUP145 from Saccharomyces cerevisiae in the Hexagonal, P61 space group 提交 2009-10-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 442–605（164 aa）片段：residues 442 to 605	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；1600mM tri-sodium citrate dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 680–1317（638 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 680–1317（638 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.60 Å R-free 0.347
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 c 606–1317（712 aa）链 n 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 c 606–1317（712 aa）链 n 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 c 606–1317（712 aa）链 n 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 c 606–1317（712 aa）链 j 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 c 606–1317（712 aa）链 j 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 c 606–1317（712 aa）链 j 606–1317（712 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å

共 10 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU145_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–166； UniProt 442–605 作者链 B； PDB构建体 3–166； UniProt 442–605

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kep
沉积日期 deposition_date	2009-10-26
结构标题 title	Crystal structure of the autoproteolytic domain from the nuclear pore complex component NUP145 from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	;Nuclear pore complex, NUP145, NUP145-N, yeast, autoproteolysis, protein maturation, post-translational modification, STRUCTURAL GENOMICS, PSI-2, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, NYSGXRC, RNA-binding, New York SGX Research Center for Structural Genomics, PROTEIN TRANSPORT, RNA BINDING PROTEIN ;; PROTEIN TRANSPORT, RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.25 Å
零角强度 I(0) i0	19622300.00
分子量 molecular_weight	33876.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42330 Å³
包络体积 envelope_volume	49241 Å³
水化壳体积 shell_volume	20582 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.29 Å
包络 Rg envelope_rg	20.44 Å
形状 Rg shape_rg	20.21 Å
总 Rg total_rg	21.19 Å
总原子数 total_atoms	2361
残基数 n_residues	284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.3 Å
Rg (实空间) rg_real	21.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8067
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.327
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nucleoporin NUP145
分子量 formula_weight	20409.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2626

MSLNKQDGENTLQHEKSSSFGYWCSPSPEQLERLSLKQLAAVSNFVIGRRGYGCITFQHDVDLTAFTKSFREELFGKIVIFRSSKTVEVYPDEATKPMIGHGLNVPAIITLENVYPVDKKTKKPMKDTTKFAEFQVFDRKLRSMREMNYISYNPFGGTWTFKVNHFEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kepA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

结构域编号 domain_id	3kepB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1610 — c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidase S59, nucleoporin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.037 Å
晶胞边长 b length_b	91.037 Å
晶胞边长 c length_c	108.394 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	27.670 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/ke/3kep/3kep.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ke/3kep/3kep.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ke/3kep/3kep.dat

Crystal structure of the autoproteolytic domain from the nuclear pore complex component NUP145 from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP145

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction