Escherichia coli K-12
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA | 同源多聚体 | 蛋白 2 DNA 2 | ;DNA (5'-D(P*TP*AP*(MG1)P*TP*GP*CP*CP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*T)-3') ; × 1 COBALT (II) ION × 2 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 water × 4 | 与全部聚合物一致 |
| UniProt名称 | ALKB_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 作者链 B； PDB构建体 4–219； UniProt 1–216 |
页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。
| 条目编号 entry_id | 3khc |
| 沉积日期 deposition_date | 2009-10-30 |
| 结构标题 title | Crystal Structure of Escherichia coli AlkB in complex with ssDNA containing a 1-methylguanine lesion |
| 关键词 keywords | ;oxidoreductase, 1-methylguanine, AlkB, 2-oxoglutarate, Dioxygenase, DNA damage, DNA repair, Iron, Metal-binding, oxidoreductase-DNA complex ;; oxidoreductase/DNA |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。
Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 25.83 Å |
| Rg（电子密度） | 25.17 Å |
| 总 Rg | 25.92 Å |
| 原子数 | 3511 |
| 残基数 | 425 |
| 排除体积 | 61548 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3khca_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.82 — Double-stranded beta-helix |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.82.2 — Clavaminate synthase-like |
| 家族 Family family | b.82.2.10 — AlkB-like |
| 结构域编号 domain_id | d3khcb_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.82 — Double-stranded beta-helix |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.82.2 — Clavaminate synthase-like |
| 家族 Family family | b.82.2.10 — AlkB-like |
| 结构域编号 domain_id | 3khcA00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 60 — Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 120 — Jelly Rolls |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 590 — Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |
| 结构域编号 domain_id | 3khcB00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 60 — Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 120 — Jelly Rolls |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 590 — Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |