3km4

Optimization of Orally Bioavailable Alkyl Amine Renin Inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 70–406 链 B; UniProt 70–406 未记录 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 22X (3R)-3-[(1S)-4-(acetylamino)-1-(3-chlorophenyl)-1-hydroxybutyl]-N-{(1S)-2-cyclohexyl-1-[(methylamino)methyl]ethyl}piperidine-1-carboxamide × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;278 K;0.1M Tris-HCl pH=7.0-8.0, 0.2M (NH4)2SO4, 18-26%(w/v) PEG3350, 5mg/ml Renin, 1mM Inhibitor, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 1.90 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、229 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–337; UniProt 70–406 作者链 B; PDB构建体 1–337; UniProt 70–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3km4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3km4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3km4
沉积日期 deposition_date2009-11-09
结构标题 titleOptimization of Orally Bioavailable Alkyl Amine Renin Inhibitors
关键词 keywords;RENIN, ASPARTATE PROTEASE, HYPERTENSION, RENIN EXPRESSION, RENIN INHIBITOR, ASPARTYL PROTEASE, CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES, DISULFIDE BOND, GLYCOPROTEIN, HYDROLASE, PROTEASE, SECRETED, ZYMOGEN, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX ;; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.60
零角强度 I(0) i089930300.00
分子量 molecular_weight76082.0 kDa
排除体积 excluded_volume95833 ų
包络体积 envelope_volume113140 ų
水化壳体积 shell_volume34973 ų
包络直径 envelope_diameter91.6
壳层 Rg shell_rg34.43
包络 Rg envelope_rg26.56
形状 Rg shape_rg26.60
总 Rg total_rg27.39
总原子数 total_atoms5353
残基数 n_residues670
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.5
Rg (实空间) rg_real27.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real8.9930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal89930000.0000
解质量估计 total_estimate0.6635
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary33.7
偏度 Skewness skewness0.255
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0720
最高正则化参数 α highest_alpha20660000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3km4a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd3km4b_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3km4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3km4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3km4B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id3km4B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)