SAXSdb — 3kwi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 1

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 78–205	片段：NS1 effector domain 突变：W187Y	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.5；277 K；0.3M magnesium formate and 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.21 Å R-free 0.258
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 78–205	片段：NS1 effector domain 突变：W187Y	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.5；277 K；0.3M magnesium formate and 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.21 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KWI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIL N-TERMINAL FRAGMENT OF NS1 PROTEIN FROM INFLUENZA A VIRUS 提交 1997-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–72（72 aa）片段：RNA-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；NATIVE CRYSTALS WERE GROWN FROM 50MM NAH2PO4, 100MM NACL, 1MM NAN3 AT PH 6.5; MERCURY DERIVATIVE CRYSTAL WAS PREPARED BY SOAKING THE NATIVE CRYSTAL IN 2MM CH3HGCL WITH 10% PEG 6000 AT PH 8.0; PLATINUM DERIVATIVE CRYSTAL WAS PREPARED BY SOAKING THE NATIVE CRYSTAL IN 4MM PT(NH3)2CL2 WITH 10% PEG 6000 AT PH 6.5.	分辨率 1.90 Å R-free 0.229
1NS1 RNA-BINDING DOMAIN OF NON-STRUCTURAL PROTEIN 1 FROM INFLUENZA VIRUS, NMR, 16 STRUCTURES 提交 1997-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–73（73 aa）片段：RNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1 - 73 链 B 1–73（73 aa）片段：RNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 1 - 73	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K	分辨率未提供
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215) 链 B 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215)	未记录	NO3 NITRATE ION × 5 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215) 链 B 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215)	未记录	NO3 NITRATE ION × 9 ZN ZINC ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215)	未记录	NO3 NITRATE ION × 5 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215) 链 B 85–215（131 aa）片段：NS1A effector domain (UNP residues 85-215)	未记录	NO3 NITRATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
3EE8 Structure of NS1 effector domain 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–205（122 aa）片段：Effector domain (UNP residues 84-205)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% (w/v) PEG3350, and 4% (v/v) Tacsimate (pH6.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
3EE8 Structure of NS1 effector domain 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 84–205（122 aa）片段：Effector domain (UNP residues 84-205)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；12% (w/v) PEG3350, and 4% (v/v) Tacsimate (pH6.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
3EE9 Structure of NS1 effector domain 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 84–205（122 aa）片段：Effector domain (UNP residues 84-205)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Batch；pH 5.5；298 K；20% (w/v) PEG400, 0.1M CH3COONa (pH5.5), 0.1M MgSO4, Batch, temperature 298K	分辨率 2.14 Å R-free 0.234
3EE9 Structure of NS1 effector domain 提交 2008-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 84–205（122 aa）片段：Effector domain (UNP residues 84-205)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Batch；pH 5.5；298 K；20% (w/v) PEG400, 0.1M CH3COONa (pH5.5), 0.1M MgSO4, Batch, temperature 298K	分辨率 2.14 Å R-free 0.234
3KWG X-ray structure of NS1 effector domain W187A mutant 提交 2009-12-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–205（128 aa）片段：NS1 effector domain	突变：W187A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；0.3M magnesium formate, 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.21 Å R-free 0.233
3KWG X-ray structure of NS1 effector domain W187A mutant 提交 2009-12-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 78–205（128 aa）片段：NS1 effector domain	突变：W187A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；0.3M magnesium formate, 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.21 Å R-free 0.233
3KWG X-ray structure of NS1 effector domain W187A mutant 提交 2009-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–205（128 aa）片段：NS1 effector domain 链 B 78–205（128 aa）片段：NS1 effector domain	突变：W187A 突变：W187A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；277 K；0.3M magnesium formate, 0.1M Bis-Tris , pH 5.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.21 Å R-free 0.233

共 6 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NS1_I72A2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 14–141； UniProt 78–205 作者链 B； PDB构建体 14–141； UniProt 78–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kwi
沉积日期 deposition_date	2009-12-01
结构标题 title	X-ray structure of NS1 effector domain W187Y mutant
关键词 keywords	;influenza, NS1, effector domain, Alternative splicing, Host cytoplasm, Host nucleus, Host-virus interaction, Interferon antiviral system evasion, RNA-binding, Suppressor of RNA silencing, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.80 Å
零角强度 I(0) i0	12082700.00
分子量 molecular_weight	26900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34112 Å³
包络体积 envelope_volume	39284 Å³
水化壳体积 shell_volume	17231 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.25 Å
包络 Rg envelope_rg	19.94 Å
形状 Rg shape_rg	19.83 Å
总 Rg total_rg	20.55 Å
总原子数 total_atoms	1889
残基数 n_residues	239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8823
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2166000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3kwia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.299 — Ns1 effector domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.299.1 — Ns1 effector domain-like
家族 Family family	d.299.1.1 — Ns1 effector domain-like

结构域编号 domain_id	d3kwib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.299 — Ns1 effector domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.299.1 — Ns1 effector domain-like
家族 Family family	d.299.1.1 — Ns1 effector domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kwiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

结构域编号 domain_id	3kwiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — Influenza virus non-structural protein, effector domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.991 Å
晶胞边长 b length_b	60.236 Å
晶胞边长 c length_c	132.655 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	36.120 Å
R 因子 r_factor	0.2236
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2576

描述 description	Non-structural protein 1
分子量 formula_weight	16014.4 kDa
突变 mutation	W187Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1972

X-ray structure of NS1 effector domain W187Y mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	381517
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	83

fit	/app/data/saxs_computation/kw/3kwi/3kwi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kw/3kwi/3kwi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kw/3kwi/3kwi.dat