3kxz

The complex crystal structure of LCK with a probe molecule w259

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 225–509	片段：LCK Ligand Binding Domain, Kinase domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 925 3-[7-[(3-hydroxyphenyl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl]-N-(1-hydroxy-2,2,6,6-tetramethyl-piperidin-4-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, 0.1M bis-tris pH 6.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.37 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3KXZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHF P56LCK SH2 DOMAIN INHIBITOR COMPLEX 提交 1998-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–225（108 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1BHH FREE P56LCK SH2 DOMAIN 提交 1998-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–225（108 aa）片段：SH2 DOMAIN 链 B 123–225（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1CWD HUMAN P56LCK TYROSINE KINASE COMPLEXED WITH PHOSPHOPEPTIDE 提交 1995-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 52–221（170 aa）片段：PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å
1CWE HUMAN P56LCK TYROSINE KINASE COMPLEXED WITH PHOSPHOPEPTIDE 提交 1995-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 126–221（96 aa）片段：PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2 链 C 126–221（96 aa）片段：PHOSPHOTYROSINE RECOGNITION DOMAIN SH2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1FBZ Structure-based design of a novel, osteoclast-selective, nonpeptide Src SH2 inhibitor with in vivo anti-resorptive activity 提交 2000-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–226（104 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	CC1 {4-[2-ACETYLAMINO-2-(3-CARBAMOYL-2-CYCLOHEXYLMETHOXY-6,7,8,9-TETRAHYDRO-5H-BENZOCYCLOHEPTEN-5YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-PHOSPHONO-PHENYL}-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.360
1FBZ Structure-based design of a novel, osteoclast-selective, nonpeptide Src SH2 inhibitor with in vivo anti-resorptive activity 提交 2000-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 123–226（104 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	CC1 {4-[2-ACETYLAMINO-2-(3-CARBAMOYL-2-CYCLOHEXYLMETHOXY-6,7,8,9-TETRAHYDRO-5H-BENZOCYCLOHEPTEN-5YLCARBAMOYL)-ETHYL]-2-PHOSPHONO-PHENYL}-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.360
1H92 SH3 domain of human Lck tyrosine kinase 提交 2001-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–119（63 aa）片段：SH3 DOMAIN RESIDUES 57-119	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1	分辨率未提供
1IJR Crystal structure of LCK SH2 complexed with nonpeptide phosphotyrosine mimetic 提交 2001-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 123–226（104 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	CC0 (4-{2-ACETYLAMINO-2-[1-(3-CARBAMOYL-4-CYCLOHEXYLMETHOXY-PHENYL)-ETHYLCARBAMOYL}-ETHYL}-2-PHOSPHONO-PHENOXY)-ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.280
1KIK SH3 Domain of Lymphocyte Specific Kinase (LCK) 提交 2001-12-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 63–119（57 aa）片段：SH3 DOMAIN (RESIDUES 64-120)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 1,6mM Lck unique and SH3 domains, U-15N,13C; 20 mM sodium acetate \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM Lck unique and SH3 domains, U-15N; 20 mM sodium acetate \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1LCJ SH2 (SRC HOMOLOGY-2) DOMAIN OF HUMAN P56-LCK TYROSINE KINASE COMPLEXED WITH THE 11 RESIDUE PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE EPQPYEEIPIYL 提交 1994-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–225（108 aa）	突变：INS(MET 118)	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1LCK SH3-SH2 DOMAIN FRAGMENT OF HUMAN P56-LCK TYROSINE KINASE COMPLEXED WITH THE 10 RESIDUE SYNTHETIC PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE TEGQPYQPQPA 提交 1994-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 52–225（174 aa）链 B 501–508（8 aa）	突变：INS(MET 52) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1LKK HUMAN P56-LCK TYROSINE KINASE SH2 DOMAIN IN COMPLEX WITH THE PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE AC-PTYR-GLU-GLU-ILE (PYEEI PEPTIDE) 提交 1995-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–226（105 aa）片段：SH2 DOMAIN	未记录	ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.00 Å
1LKL HUMAN P56-LCK TYROSINE KINASE SH2 DOMAIN IN COMPLEX WITH THE PHOSPHOTYROSYL PEPTIDE AC-PTYR-GLU-GLU-GLY (PYEEG PEPTIDE) 提交 1995-11-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–225（104 aa）片段：SH2	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1Q68 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD4 and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–34（29 aa）片段：residues 6-34	突变：M14L	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD4-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O NMR样品组成 1.0 mM CD4-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O	分辨率未提供
1Q69 Solution structure of T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain and Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK fragments 提交 2003-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–34（29 aa）片段：Human Lck	突变：M14L	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.1；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+, U-15N,13C; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+, U-15N; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM CD8a-Lck-Zn2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O NMR样品组成 1.0 mM CD8a-Lck-Cd2+; 20 mM acetate, 20 mM NaCl, 0.15% beta-mercaptoethanol \| 100% D2O	分辨率未提供
1QPC STRUCTURAL ANALYSIS OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH NON-SELECTIVE AND SRC FAMILY SELECTIVE KINASE INHIBITORS 提交 1999-05-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 231–509（279 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；AMMONUIM SULPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.230
1QPD STRUCTURAL ANALYSIS OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH NON-SELECTIVE AND SRC FAMILY SELECTIVE KINASE INHIBITORS 提交 1999-05-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–508（279 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 STU STAUROSPORINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；AMMONIUM SULPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
1QPE STRUCTURAL ANALYSIS OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH NON-SELECTIVE AND SRC FAMILY SELECTIVE KINASE INHIBITORS 提交 1999-05-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–508（279 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PP2 1-TERT-BUTYL-3-(4-CHLORO-PHENYL)-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-4-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；AMMONIUM SULPHATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
1QPJ CRYSTAL STRUCTURE OF THE LYMPHOCYTE-SPECIFIC KINASE LCK IN COMPLEX WITH STAUROSPORINE. 提交 1999-05-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–508（279 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 STU STAUROSPORINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M TRIS PH 8.5 0.25 M LI2SO4 20% POLYETHYLENE GLYCOL 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1X27 Crystal Structure of Lck SH2-SH3 with SH2 binding site of p130Cas 提交 2005-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain 链 B 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain 链 C 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain 链 D 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain 链 E 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain 链 F 63–225（163 aa）片段：SH2-SH3 domain	未记录	NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；N-tris[hydroxymethyl]methyl-3-aminopropane-sulfonic acid, di_potasium hydrogen phosphate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.317
2IIM SH3 Domain of Human Lck 提交 2006-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 58–118（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL of protein solution (protein concentration 15 mg/mL, 20 mM Tris-HCl (pH 7.5) buffer) and 1 uL reservoir solution containing 28% PEG 400, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.5) and 0.2 M. no addtional cryoprotectant was needed, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.153
2IIM SH3 Domain of Human Lck 提交 2006-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 58–118（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1 uL of protein solution (protein concentration 15 mg/mL, 20 mM Tris-HCl (pH 7.5) buffer) and 1 uL reservoir solution containing 28% PEG 400, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.5) and 0.2 M. no addtional cryoprotectant was needed, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.153
2OF2 crystal structure of furanopyrimidine 8 bound to lck 提交 2007-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–500（271 aa）片段：lck kinase domain, residues 230-500	未记录	547 2,3-DIPHENYL-N-(2-PIPERAZIN-1-YLETHYL)FURO[2,3-B]PYRIDIN-4-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 25-35% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
2OF4 crystal structure of furanopyrimidine 1 bound to lck 提交 2007-01-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–500（271 aa）片段：lck kinase domain, residues 230-500	未记录	979 5,6-DIPHENYL-N-(2-PIPERAZIN-1-YLETHYL)FURO[2,3-D]PYRIMIDIN-4-AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 25-35% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.296
2OFU x-ray crystal structure of 2-aminopyrimidine carbamate 43 bound to Lck 提交 2007-01-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 228–500（273 aa）片段：Lck kinase domain, residues 229-501	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 1N9 2,6-DIMETHYLPHENYL 2-(3,5-DIMETHOXY-4-(3-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PROPOXY)PHENYLAMINO)PYRIMIDIN- 4-YL(2,4-DIMETHOXYPHENYL)CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 25-25% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.291
2OFV crystal structure of aminoquinazoline 1 bound to Lck 提交 2007-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 226–502（277 aa）片段：Lck kinase domain, residues 231-497 链 B 226–502（277 aa）片段：Lck kinase domain, residues 231-497	未记录	242 3-(2-AMINOQUINAZOLIN-6-YL)-4-METHYL-N-[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]BENZAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.3 M MgAcetate, 5-12.5% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.301
2OG8 crystal structure of aminoquinazoline 36 bound to Lck 提交 2007-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 236–498（263 aa）片段：Lck kinase domain, residues 236-498	未记录	1N8 N-{2-[(N,N-DIETHYLGLYCYL)AMINO]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[2-(METHYLAMINO)QUINAZOLIN-6-YL]BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；1.0 M LiCl, 10-22.5% PEG4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.300
2OG8 crystal structure of aminoquinazoline 36 bound to Lck 提交 2007-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 236–498（263 aa）片段：Lck kinase domain, residues 236-498	未记录	1N8 N-{2-[(N,N-DIETHYLGLYCYL)AMINO]-5-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL}-4-METHYL-3-[2-(METHYLAMINO)QUINAZOLIN-6-YL]BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；1.0 M LiCl, 10-22.5% PEG4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.300
2PL0 LCK bound to imatinib 提交 2007-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：protein kinase	未记录	STI 4-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YLMETHYL)-N-[4-METHYL-3-(4-PYRIDIN-3-YL-PYRIMIDIN-2-YLAMINO)-PHENYL]-BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES pH 7.5, 1% PEG-3350, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.261
2ZM1 Crystal structure of imidazo pyrazin 1 bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2008-04-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP residues 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KSF N-(2-chlorophenyl)-5-phenylimidazo[1,5-a]pyrazin-8-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Sodium Cacodylate, 30% PEG8000, 5.2% MPD, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
2ZM4 Crystal structure of imidazo quinoxaline 1 bound to the kinase domain of human LCK, activated form (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2008-04-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP residues 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KSM N-(2-chloro-6-methylphenyl)-8-[(3S)-3-methylpiperazin-1-yl]imidazo[1,5-a]quinoxalin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Sodium Cacodylate, 30% PEG8000, 5.2% MPD, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.274
2ZYB Crystal structure of phenylimidazo pyrazin 2 bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-01-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP residues 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 KSL N-(2,6-dimethylphenyl)-5-phenylimidazo[1,5-a]pyrazin-8-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Sodium cacodylate, 30% PEG8000, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.291
3AC1 Crystal structure of pyrazin derivative bound to the kinase domain of Human LCK, (Auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 KZI 5-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-3-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG8000, 0.2% MPD., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.99 Å R-free 0.221
3AC2 Crystal structure of pyrazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 KSE 7-[(2-amino-2-methylpropyl)amino]-2-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, MPD 5.2%, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
3AC3 Crystal structure of pyrazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 KSH 2-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]-5-ethyl-7-[(2R)-2-(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 5.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.55 Å R-free 0.274
3AC4 Crystal structure of triazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KZL 5-[(2-amino-1,1-dimethylethyl)amino]-7-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino][1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidine-8-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.283
3AC5 Crystal structure of triazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KZM 5-{[(1R,2S)-2-aminocyclohexyl]amino}-7-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]-2-(3-hydroxyphenyl)[1,2,4]triazolo[1,5-c]pyrimidine-8-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3AC8 Crystal structure of pyrazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2009-12-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 KSK 7-[(2-amino-2-methylpropyl)amino]-5-cyclopropyl-2-[(3,5-dimethoxyphenyl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.318
3ACJ Crystal structure of imidazo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (Auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2010-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KSS 7-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-(ethylsulfanyl)imidazo[1,2-c]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3ACK Crystal structure of Pyrrolo pyrazine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2010-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：UNP RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KSR 6-(5-methoxy-1-methyl-1H-indol-3-yl)-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
3AD4 Crystal Structure of Methoxy Benzofuran Derivative bound to the Kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2010-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 KBM (4-chlorophenyl)(5-methoxy-1-benzofuran-2-yl)methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
3AD5 Crystal structure of Triazolone derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2010-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 5PB 4-[4-(benzyloxy)phenyl]-5-{[2-(4-chlorophenyl)-2-oxoethyl]sulfanyl}-2,4-dihydro-3H-1,2,4-triazol-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.218
3AD6 Crystal structure of Pyrazolo pyrimidine derivative bound to the kinase domain of human LCK, (auto-phosphorylated on TYR394) 提交 2010-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）片段：RESIDUES 225-509	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 KSC 7-[(cyclopropylmethyl)amino]-2-[(4-methoxyphenyl)amino]-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.2M (NH4)2SO4, 0.1M SODIUM CACODYLATE, 30% PEG 8000, 0.2% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.270
3B2W Crystal structure of pyrimidine amide 11 bound to Lck 提交 2007-10-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 226–502（277 aa）片段：Lck kinase domain: Residues 226-502	未记录	9NH N-[5-({[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]amino}carbonyl)-2-methylphenyl]-4-methoxy-2-[(4-piperazin-1-ylphenyl)amino]pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；1.0 M LiCl, 20% PEG 6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.308
3BYM X-ray co-crystal structure aminobenzimidazole triazine 1 bound to Lck 提交 2008-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–501（272 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 AM0 N-phenyl-1-{4-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]-1,3,5-triazin-2-yl}-1H-benzimidazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 25-35% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
3BYO X-Ray co-crystal structure of 2-amino-6-phenylpyrimido[5',4':5,6]pyrimido[1,2-a]benzimidazol-5(6H)-one 25 bound to Lck 提交 2008-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 231–501（271 aa）片段：kinase domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 AM9 6-(2,6-dimethylphenyl)-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimido[5',4':5,6]pyrimido[1,2-a]benzimidazol-5(6H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 M Li2SO4, 25-35% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
3BYS co-crystal structure of Lck and aminopyrimidine amide 10b 提交 2008-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–501（277 aa）片段：kinase domain	未记录	AM5 4-methyl-N~3~-(2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-5-yl)-N~1~-[3-(trifluoromethyl)phenyl]benzene-1,3-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium Citrate, 20%(v/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
3BYU co-crystal structure of Lck and aminopyrimidine reverse amide 23 提交 2008-01-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–501（277 aa）片段：kinase domain	未记录	AM6 2-methyl-N-{4-methyl-3-[(2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-5-yl)carbamoyl]phenyl}-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium Citrate, 20% (v/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
3KMM Structure of human LCK kinase with a small molecule inhibitor 提交 2009-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 229–509（281 aa）片段：PROTEIN TYROSINE KINASE DOMAIN (RESIDUES 229-509)	突变：Y505F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	LHL 3-(2,6-dichlorophenyl)-7-({4-[2-(diethylamino)ethoxy]phenyl}amino)-1-methyl-3,4-dihydropyrimido[4,5-d]pyrimidin-2(1H)-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.8-2.5M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BISTRIS, PH6.5,VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 277 DEG K, PROTEIN STOCK AT 1.5 MG/ML	分辨率 2.80 Å R-free 0.223
3LCK THE KINASE DOMAIN OF HUMAN LYMPHOCYTE KINASE (LCK), ACTIVATED FORM (AUTO-PHOSPHORYLATED ON TYR394) 提交 1997-04-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–500（271 aa）片段：PROTEIN TYROSINE KINASE DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS WITH 1.6 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M BISTRIS-HCL (PH 6.5 @ RT) AS A WELL SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.70 Å R-free 0.199
3MPM LCK complexed with a pyrazolopyrimidine 提交 2010-04-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 237–501（265 aa）片段：UNP RESIDUES 237-501	突变：D364N	5LK 4-{(6R,7R)-7-amino-3-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidin-6-yl}phenol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；9.5 % PEG 8000, 0.1 M HEPES PH 7.0, 7% ETHYLENEGLYCOL, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.213
4C3F Structure of Lck in complex with a compound discovered by Virtual Fragment Linking 提交 2013-08-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 237–501（265 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 237-501	突变：YES	7KW N-phenyl-4-(5-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrimidin-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；16 % PEG 8000, 0.1 M NA CACODYLATE PH 6.5, 0.2 M MG ACETATE, 4 C	分辨率 1.72 Å R-free 0.220
4D8K Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution 提交 2012-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 53–226（174 aa）片段：UNP residues 53-226	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；1.5M lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.36 Å R-free 0.251
5MTM Monobody Mb(Lck_3) bound to Lck-SH2 domain 提交 2017-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–231（114 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES pH6.5, 15 % PEG 20000	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
5MTN Monobody Mb(Lck_1) bound to Lck-Sh2 提交 2017-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–231（114 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0,2M Lithium sulfate / 0.1M TRIS pH8.5 / 10% PEG8K + 10%PEG1K	分辨率 2.85 Å R-free 0.265
6PDJ Tyrosine-protein kinase LCK bound to Compound 11 提交 2019-06-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 225–509（285 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ODJ N-{4-[(6-methoxypyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carbonyl)amino]-3-methylphenyl}-1-methyl-1H-indazole-3-carboxamide × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；291 K；1.5 M ammonium sulfate, 120 mM lithium chloride, 10 mM nickel(II) chloride, 100 mM CAPS pH 10.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.217
8X2P The Crystal Structure of LCK from Biortus. 提交 2023-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 119–226（108 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；(PEGsII-A10) 0.1M MgCl2, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG 400	分辨率 1.40 Å R-free 0.202
8X2P The Crystal Structure of LCK from Biortus. 提交 2023-11-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 119–226（108 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；(PEGsII-A10) 0.1M MgCl2, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG 400	分辨率 1.40 Å R-free 0.202

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UniProt名称	LCK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–287； UniProt 225–509

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3kxz
沉积日期 deposition_date	2009-12-04
结构标题 title	The complex crystal structure of LCK with a probe molecule w259
关键词 keywords	;LCK, Acetylation, ATP-binding, Cell membrane, Chromosomal rearrangement, Cytoplasm, Disease mutation, Host-virus interaction, Kinase, Lipoprotein, Membrane, Myristate, Nucleotide-binding, Palmitate, Phosphoprotein, Polymorphism, Proto-oncogene, Transferase, Tyrosine-protein kinase, Structural Genomics, Protein Structure Factory, PSF ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.82 Å
零角强度 I(0) i0	16397600.00
分子量 molecular_weight	31036.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39047 Å³
包络体积 envelope_volume	44867 Å³
水化壳体积 shell_volume	19816 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.31 Å
包络 Rg envelope_rg	19.06 Å
形状 Rg shape_rg	18.82 Å
总 Rg total_rg	19.78 Å
总原子数 total_atoms	2182
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8150
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.234
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4933000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase LCK
分子量 formula_weight	33209.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2261

GSQTQKPQKPWWEDEWEVPRETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHTKVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQLQHQRLVRLYAVVTQEPIYIITEYMENGSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMAFIEERNYIHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTAREGAKFPIKWTAPEAINYGTFTIKSDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMVRPDNCPEELYQLMRLCWKERPEDRPTFDYLRSVLEDFFTATEGQYQPQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculoviridae

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-[7-[(3-hydroxyphenyl)amino]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2-yl]-N-(1-hydroxy-2,2,6,6-tetramethyl-piperidin-4-yl)benzamide
分子量 formula_weight	500.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	79

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3kxza_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3kxzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	3kxzA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.012 Å
晶胞边长 b length_b	73.784 Å
晶胞边长 c length_c	84.717 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	37.600 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/kx/3kxz/3kxz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kx/3kxz/3kxz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kx/3kxz/3kxz.dat