3l2y

The structure of C-reactive protein bound to phosphoethanolamine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 225.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-reactive protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–224 链 B； UniProt 19–224 链 C； UniProt 19–224 链 D； UniProt 19–224 链 E； UniProt 19–224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；0.06M TRIS-HCL pH7.5, 10% MPD, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3, 0.1% LM AGAROSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 19–224 链 G； UniProt 19–224 链 H； UniProt 19–224 链 I； UniProt 19–224 链 J； UniProt 19–224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；0.06M TRIS-HCL pH7.5, 10% MPD, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3, 0.1% LM AGAROSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 19–224 链 L； UniProt 19–224 链 M； UniProt 19–224 链 N； UniProt 19–224 链 O； UniProt 19–224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；0.06M TRIS-HCL pH7.5, 10% MPD, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3, 0.1% LM AGAROSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 19–224 链 Q； UniProt 19–224 链 R； UniProt 19–224 链 S； UniProt 19–224 链 T； UniProt 19–224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 OPE PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；285.15 K；0.06M TRIS-HCL pH7.5, 10% MPD, 0.01M CaCl2, 0.14M NaCl, 0.1% NaN3, 0.1% LM AGAROSE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.15K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3L2Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B09 HUMAN C-REACTIVE PROTEIN COMPLEXED WITH PHOSPHOCHOLINE 提交 1998-11-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 PC PHOSPHOCHOLINE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
1GNH HUMAN C-REACTIVE PROTEIN 提交 1996-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
1GNH HUMAN C-REACTIVE PROTEIN 提交 1996-03-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.273
1LJ7 Crystal structure of calcium-depleted human C-reactive protein from perfectly twinned data 提交 2002-04-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.15 Å R-free 0.199
1LJ7 Crystal structure of calcium-depleted human C-reactive protein from perfectly twinned data 提交 2002-04-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.15 Å R-free 0.199
3PVN Triclinic form of Human C-Reactive Protein in complex with Zinc 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 B 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 C 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 D 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 E 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3PVN Triclinic form of Human C-Reactive Protein in complex with Zinc 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 G 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 H 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 I 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 J 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3PVN Triclinic form of Human C-Reactive Protein in complex with Zinc 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 L 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 M 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 N 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 O 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3PVN Triclinic form of Human C-Reactive Protein in complex with Zinc 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 Q 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 R 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 S 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 T 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-Hcl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3PVO Monoclinic form of Human C-Reactive Protein 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 B 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 C 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 D 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 E 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3PVO Monoclinic form of Human C-Reactive Protein 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 G 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 H 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 I 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 J 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3PVO Monoclinic form of Human C-Reactive Protein 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 L 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 M 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 N 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 O 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
3PVO Monoclinic form of Human C-Reactive Protein 提交 2010-12-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 Q 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 R 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 S 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224 链 T 19–224（206 aa）片段：UNP residues 19-224	未记录	CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；289 K；12% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2, 0.05M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
7PK9 C-reactive protein decamer at pH 7.5 提交 2021-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7PKB C-reactive protein pentamer at pH 7.5 提交 2021-08-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7PKD C-reactive protein decamer at pH 7.5 with phosphocholine ligand 提交 2021-08-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 PC PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PKD C-reactive protein decamer at pH 7.5 with phosphocholine ligand 提交 2021-08-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 PC PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PKE C-reactive protein pentamer at pH 7.5 with phosphocholine ligand 提交 2021-08-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 PC PHOSPHOCHOLINE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PKF C-reactive protein decamer at pH 5 提交 2021-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7PKG C-reactive protein pentamer at pH 5 提交 2021-08-25	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7PKH C-reactive protein decamer at pH 5 with phosphocholine ligand 提交 2021-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20 PC PHOSPHOCHOLINE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7TBA Pentraxin - ligand complex 提交 2021-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	XQY [3-(dibutylamino)propyl]phosphonic acid × 5 CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100mM Tris pH 9.0, 10% PEG 4000, 50mM lithium chloride, 200mM magnesium chloride	分辨率 3.50 Å R-free 0.260
7TBA Pentraxin - ligand complex 提交 2021-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）	未记录	XQY [3-(dibutylamino)propyl]phosphonic acid × 5 CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100mM Tris pH 9.0, 10% PEG 4000, 50mM lithium chloride, 200mM magnesium chloride	分辨率 3.50 Å R-free 0.260
7TBA Pentraxin - ligand complex 提交 2021-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 19–224（206 aa）链 L 19–224（206 aa）链 M 19–224（206 aa）链 N 19–224（206 aa）链 O 19–224（206 aa）	未记录	XQY [3-(dibutylamino)propyl]phosphonic acid × 5 CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100mM Tris pH 9.0, 10% PEG 4000, 50mM lithium chloride, 200mM magnesium chloride	分辨率 3.50 Å R-free 0.260
7TBA Pentraxin - ligand complex 提交 2021-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 19–224（206 aa）链 Q 19–224（206 aa）链 R 19–224（206 aa）链 S 19–224（206 aa）链 T 19–224（206 aa）	未记录	XQY [3-(dibutylamino)propyl]phosphonic acid × 5 CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100mM Tris pH 9.0, 10% PEG 4000, 50mM lithium chloride, 200mM magnesium chloride	分辨率 3.50 Å R-free 0.260
8WV4 C-reactive protein, pentamer 提交 2023-10-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–224（224 aa）链 B 1–224（224 aa）链 C 1–224（224 aa）链 D 1–224（224 aa）链 E 1–224（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force, 0	分辨率 3.30 Å
8WV5 C-reactive protein, decamer 提交 2023-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–224（224 aa）链 B 1–224（224 aa）链 C 1–224（224 aa）链 D 1–224（224 aa）链 E 1–224（224 aa）链 F 1–224（224 aa）链 G 1–224（224 aa）链 H 1–224（224 aa）链 I 1–224（224 aa）链 J 1–224（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 20	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force, 0	分辨率 3.50 Å
9JNY C recatived protein pentamer 提交 2024-09-24	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å
9JO7 CRP-HCAb4 complex 提交 2024-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 B 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
9JO9 CRP-HCAb3 complex 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 B 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）链 J 19–224（206 aa）链 L 19–224（206 aa）链 N 19–224（206 aa）链 Q 19–224（206 aa）链 S 19–224（206 aa）链 T 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9K94 CRP-HCAb2 complex 提交 2024-10-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 D 19–224（206 aa）链 F 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-HCL cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.04 Å
9KMP CRP-HCAb1 complex 提交 2024-11-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 H 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9KMS CRP antigen-antibody2 complex 提交 2024-11-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 19–224（206 aa）链 C 19–224（206 aa）链 E 19–224（206 aa）链 G 19–224（206 aa）链 I 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9U4E Cryo-EM structure of the human CRP-CPS23F complex 提交 2025-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–224（224 aa）链 B 1–224（224 aa）链 C 1–224（224 aa）链 D 1–224（224 aa）链 E 1–224（224 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9VCA Binding site between C-reactive protein and c2cc monoclonal antibody 提交 2025-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 19–224（206 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Tris-HCl buffer (pH 7.6), containing 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å

共 23 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 B； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 C； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 D； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 E； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 F； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 G； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 H； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 I； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 J； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 K； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 L； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 M； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 N； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 O； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 P； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 Q； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 R； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 S； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224 作者链 T； PDB构建体 1–206； UniProt 19–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l2y
沉积日期 deposition_date	2009-12-15
结构标题 title	The structure of C-reactive protein bound to phosphoethanolamine
关键词 keywords	;PENTRAXIN, ACUTE PHASE REACTANT, IMMUNE SYSTEM, PHOSPHOETHANOLAMINE, Acute phase, Metal-binding, Pyrrolidone carboxylic acid, Secreted, Calcium-BINDING PROTEIN ;; Calcium-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.98 Å
零角强度 I(0) i0	2810000000.00
分子量 molecular_weight	465290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	588070 Å³
包络体积 envelope_volume	850600 Å³
水化壳体积 shell_volume	111910 Å³
包络直径 envelope_diameter	211.9 Å
壳层 Rg shell_rg	63.68 Å
包络 Rg envelope_rg	61.89 Å
形状 Rg shape_rg	63.94 Å
总 Rg total_rg	64.12 Å
总原子数 total_atoms	32840
残基数 n_residues	4120
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.6 Å
Rg (实空间) rg_real	64.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2807000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8330
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.376
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0012
最高正则化参数 α highest_alpha	272200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.675; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.800

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-reactive protein
分子量 formula_weight	23068.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	32993

QTDMSRKAFVFPKESDTSYVSLKAPLTKPLKAFTVCLHFYTELSSTRGYSIFSYATKRQDNEILIFWSKDIGYSFTVGGSEILFEVPEVTVAPVHICTSWESASGIVEFWVDGKPRVRKSLKKGYTVGAEASIILGQEQDSFGGNFEGSQSLVGDIGNVNMWDFVLSPDEINTIYLGGPFSPNVLNWRALKYEVQGEVFTKPQLWP

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	40

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHORIC ACID MONO-(2-AMINO-ETHYL) ESTER
分子量 formula_weight	141.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d3l2ya_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2ye_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2ym_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yn_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yq_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yr_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2ys_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

结构域编号 domain_id	d3l2yt_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.5 — Pentraxin (pentaxin)

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3l2yA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yQ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yR00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	3l2yT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	278.448 Å
晶胞边长 b length_b	278.448 Å
晶胞边长 c length_c	92.111 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	124.526 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2236
R_free r_free	0.2462