SAXSdb — 3l4f

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 7

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 587–646 链 B； UniProt 587–646 链 C； UniProt 587–646	片段：The C-terminal coiled-coil domain	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1 × 1 （Q9WV48）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；15% ETHANOL, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M MES-NAOH, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3L4F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AK5 beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide 提交 2005-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 5–66（62 aa）片段：beta-pix SH3A 链 B 5–66（62 aa）片段：beta-pix SH3A	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.269
2DF6 Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2 提交 2006-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 10–63（54 aa）片段：SH3 domain(residues 10-63)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100mM MES, 35% PEG 5000MME, 200mM ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.215
2DF6 Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2 提交 2006-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 10–63（54 aa）片段：SH3 domain(residues 10-63)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；277 K；100mM MES, 35% PEG 5000MME, 200mM ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.215
2G6F Crystal Structure of the SH3 Domain of betaPIX in Complex with a High Affinity Peptide from PAK2 提交 2006-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 10–63（54 aa）片段：SH3 domain(residues 10-63)	未记录	NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M HEPES, 53% MPD, 200mM [Co(NH3)]Cl3, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 0.92 Å R-free 0.199
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 10–63（54 aa）片段：Beta-PIX SH3 (10-63)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–63（54 aa）片段：Beta-PIX SH3 (10-63)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2W6B Crystal Structure of the Trimeric beta-PIX Coiled-Coil Domain 提交 2008-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 588–638（51 aa）片段：COILED-COIL, RESIDUES 588-638	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 35% MPD, 0.24 M NON-DETERGENT SULPHOBETAINE 195 (NDSB-195)	分辨率 2.80 Å R-free 0.305

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARHG7_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–61； UniProt 587–646 作者链 B； PDB构建体 2–61； UniProt 587–646 作者链 C； PDB构建体 2–61； UniProt 587–646

SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

Rattus norvegicus

UniProt Q9WV48

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 653–765	片段：PDZ domain	Rho guanine nucleotide exchange factor 7 × 3 （O55043）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；15% ETHANOL, 10% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M MES-NAOH, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.307

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3L4F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Q3O Crystal structure of the Shank PDZ-ligand complex reveals a class I PDZ interaction and a novel PDZ-PDZ dimerization 提交 2003-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 582–690（109 aa）片段：PDZ domain 链 B 582–690（109 aa）片段：PDZ domain	未记录	BR BROMIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；PEG 20K, NaBr, Glycerol, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
1Q3P Crystal structure of the Shank PDZ-ligand complex reveals a class I PDZ interaction and a novel PDZ-PDZ dimerization 提交 2003-07-31	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 582–690（109 aa）片段：PDZ domain 链 B 582–690（109 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 6000, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.280
1Q3P Crystal structure of the Shank PDZ-ligand complex reveals a class I PDZ interaction and a novel PDZ-PDZ dimerization 提交 2003-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 582–690（109 aa）片段：PDZ domain 链 B 582–690（109 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 6000, KCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.25 Å R-free 0.280
3QJM Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；100mM sodium acetate(pH 5.5-6.0), 0.8M lithium sulfate, 0.7M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.31 Å R-free 0.267
3QJM Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；294 K；100mM sodium acetate(pH 5.5-6.0), 0.8M lithium sulfate, 0.7M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.31 Å R-free 0.267
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
3QJN Structural flexibility of Shank PDZ domain is important for its binding to different ligands 提交 2011-01-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 654–768（115 aa）片段：PDZ domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；100mM MES, 12% ethanol, 10% ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.71 Å R-free 0.272
7A9B Crystal structure of Shank1 PDZ domain with ARAP3-derived peptide 提交 2020-09-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 654–763（110 aa）链 B 654–763（110 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 nL of protein solution (15 mg/ml mutant protein in 10 mM HEPES buffer, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol and 0.5 mM TCEP) were mixed with 100 nL reservoir buffer (16% (w/v) polyethylene glycol 3350 and 0.2 M ammonium citrate), above a reservoir volume of 20 microL	分辨率 2.00 Å R-free 0.249

共 5 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHAN1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 20–132； UniProt 653–765

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l4f
沉积日期 deposition_date	2009-12-19
结构标题 title	Crystal Structure of betaPIX Coiled-Coil Domain and Shank PDZ Complex
关键词 keywords	;COILED-COIL, PDZ, Guanine-nucleotide releasing factor, Phosphoprotein, SH3 domain, ANK repeat, Cell junction, Cell membrane, Membrane, Postsynaptic cell membrane, Synapse, SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex ;; SIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.66 Å
零角强度 I(0) i0	18391400.00
分子量 molecular_weight	32724.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40988 Å³
包络体积 envelope_volume	58443 Å³
水化壳体积 shell_volume	17904 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.90 Å
包络 Rg envelope_rg	32.14 Å
形状 Rg shape_rg	32.63 Å
总 Rg total_rg	32.80 Å
总原子数 total_atoms	2289
残基数 n_residues	282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6934
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.605
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.445
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1465000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.356; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.145; Smooth: 0.797

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rho guanine nucleotide exchange factor 7
分子量 formula_weight	7333.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2309

MEKSLVDTVYALKDEVQELRQDNKKMKKSLEEEQRARKDLEKLVRKVLKNMNDPAWDETNL

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1
分子量 formula_weight	14618.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSSHHHHHHSQDPLVPRGSGSDYIIKEKTVLLQKKDSEGFGFVLRGAKAQTPIEEFTPTPAFPALQYLESVDEGGVAWRAGLRMGDFLIEVNGQNVVKVGHRQVVNMIRQGGNTLMVKVVMVTRHPDMDEA

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3l4fd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d3l4fd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3l4fA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — L1 transposable element, trimerization domain

结构域编号 domain_id	3l4fB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — L1 transposable element, trimerization domain

结构域编号 domain_id	3l4fC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — L1 transposable element, trimerization domain

结构域编号 domain_id	3l4fD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	47.666 Å
晶胞边长 b length_b	47.666 Å
晶胞边长 c length_c	263.161 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 32 1 2
空间群编号 int_tables_number	153
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	41.280 Å
R 因子 r_factor	0.2720
R_work r_work	0.2720
R_free r_free	0.3070

fit	/app/data/saxs_computation/l4/3l4f/3l4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l4/3l4f/3l4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l4/3l4f/3l4f.dat

Crystal Structure of betaPIX Coiled-Coil Domain and Shank PDZ Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)