3l95

Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.5 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1448–1621 链 X； UniProt 1670–1728 链 Y； UniProt 1448–1621 链 Y； UniProt 1670–1728	片段：Negative regulatory region (NRR1)	anti-NRR1 fab fragment light chain × 1 anti-NRR1 fab fragment heavy chain × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271
2	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 1448–1621 链 X； UniProt 1670–1728 链 Y； UniProt 1448–1621 链 Y； UniProt 1670–1728	片段：Negative regulatory region (NRR1)	anti-NRR1 fab fragment light chain × 1 anti-NRR1 fab fragment heavy chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3L95	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PB5 NMR Structure of a Prototype LNR Module from Human Notch1 提交 2003-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1481（35 aa）片段：First LNR module	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+, 50mM PIPES；压力 ambient NMR样品组成 1mM LNRA U-15N, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM LNRA U-15N,13C, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM LNRA U-15N,13C, 10 mM Ca2+, 0.5mM DSS, 50 mM deuterated PIPES pH 7.0 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TOZ NMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region 提交 2004-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：NOTCH-1 EGF 11-13	突变：M477I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15mM CaCl2；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1mM protein \| 90% H2O, 10% D2O, 15mM CaCl2, 0.02% NaN3	分辨率未提供
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
2F8X Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2005-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1873–2127（255 aa）片段：[Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP；pH 7.9；298 K；50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1906–2127（222 aa）片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2F8Y Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution. 提交 2005-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1906–2127（222 aa）片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2HE0 Crystal structure of a human Notch1 ankyrin domain mutant 提交 2006-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115 链 B 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115	突变：E58A, R66A 突变：E58A, R66A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.55M Sodium/Potassium Tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VJ3 Human Notch-1 EGFs 11-13 提交 2007-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGFS 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；30% (W/V) PEG-5000-MME, 100MM SODIUM ACETATE, PH5.7	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734) 链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3NBN Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126 链 E 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.298
3V79 Structure of human Notch1 transcription complex including CSL, RAM, ANK, and MAML-1 on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2011-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 K 1872–2126（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；6% PEG 3350, 5% Ethylene glycol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.85 Å R-free 0.245
4CUD Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant fucosylated at T466 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 410–526（117 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 410-526	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.260
4CUE Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466V 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
4CUF Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466S 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.286
4D0E Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant GlcNAc-fucose disaccharide modified at T466 提交 2014-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.270
4D0F Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466A 提交 2014-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5FM9 human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–294（155 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.5	分辨率 2.92 Å R-free 0.237
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5KZO Notch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment 提交 2016-07-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1721–1771（51 aa）片段：UNP residues 1721-1771	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）65 mM imidazole；压力 1 NMR样品组成 350 uM [U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5L0R human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 452–491（40 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.171
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 452–491（40 aa）片段：UNP residues 452-491	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.09 Å R-free 0.193
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
8OR5 Solution NMR structure of Notch1 TMD 提交 2023-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1760（27 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 WT TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORY Solution NMR structure of Notch1 L1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）	突变：A1740L, A1741L, A1742L, A1743L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 L1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORZ Solution NMR structure of Notch1 G1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	突变：A1740G, A1741G, A1742G, A1743G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 G1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
9B3G Human Notch-1 EGFs 21-23 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 790–906（117 aa）片段：Human Notch1 EGF domains 21-23	未记录	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.218
9B3N Human Notch-1 EGFs 20-24 提交 2024-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 753–944（192 aa）片段：Human Notch1 EGFs 20-24	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Imidazole Malate pH 6 8% (w/v) PEG4K	分辨率 1.50 Å R-free 0.198

共 27 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOTC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 3–176； UniProt 1448–1621 作者链 X； PDB构建体 177–235； UniProt 1670–1728 作者链 Y； PDB构建体 3–176； UniProt 1448–1621 作者链 Y； PDB构建体 177–235； UniProt 1670–1728

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3l95
沉积日期 deposition_date	2010-01-04
结构标题 title	Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody
关键词 keywords	;NRR, fab fragment, antibody, ALPHA-BETA-SANDWICH, SEA DOMAIN, LNR, LIN12 NOTCH CYSTEINE-RICH, HD DOMAIN, CELL CYCLE, SIGNALING PROTEIN, Activator, ANK repeat, Cell membrane, Developmental protein, Differentiation, EGF-like domain, Glycoprotein, Membrane, Metal-binding, Notch signaling pathway, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.16 Å
零角强度 I(0) i0	331998000.00
分子量 molecular_weight	142870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	176340 Å³
包络体积 envelope_volume	247210 Å³
水化壳体积 shell_volume	52946 Å³
包络直径 envelope_diameter	123.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.67 Å
包络 Rg envelope_rg	36.64 Å
形状 Rg shape_rg	38.14 Å
总 Rg total_rg	38.70 Å
总原子数 total_atoms	10025
残基数 n_residues	1296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.5 Å
Rg (实空间) rg_real	38.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	332000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9065
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.043
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.691
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.955

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	anti-NRR1 fab fragment light chain
分子量 formula_weight	23337.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L
原子数 atom_count	10113

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQFYTTPSTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	anti-NRR1 fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	24241.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWIHWVRQAPGKGLEWVARINPPNRSNQYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSGFRWVMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch homolog protein 1
分子量 formula_weight	27101.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

GSACELPECQEDAGNKVCSLQCNNHACGWDGGDCSLNFNDPWKNCTQSLQCWKYFSDGHCDSQCNSAGCLFDGFDCQRAEGQCNPLYDQYCKDHFSDGHCDQGCNSAECEWDGLDCAEHVPERLAAGTLVVVVLMPPEQLRNSSFHFLRELSRVLHTNVVFKRDAHGQQMIFPYYGDVRGSIVYLEIDNRQCVQASSQCFQSATDVAAFLGALASLGSLNIPYKIEAVQSETVEPANSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3l95A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3l95X01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 —

结构域编号 domain_id	3l95X02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3310 —

结构域编号 domain_id	3l95Y01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 —

结构域编号 domain_id	3l95Y02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3310 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	46.254 Å
晶胞边长 b length_b	163.934 Å
晶胞边长 c length_c	179.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2272
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2708

fit	/app/data/saxs_computation/l9/3l95/3l95.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/3l95/3l95.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/3l95/3l95.dat

Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurogenic locus notch homolog protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)