3lb8

Crystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putidaredoxin reductase

Pseudomonas putida

UniProt P16640

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putidaredoxin × 1 (P00259) FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putidaredoxin × 1 (P00259) FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAMA_PSEPU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–421; UniProt 2–422 作者链 B; PDB构建体 1–421; UniProt 2–422

Putidaredoxin

Pseudomonas putida

UniProt P00259

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putidaredoxin reductase × 1 (P16640) FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Putidaredoxin reductase × 1 (P16640) FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PUTX_PSEPU
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–106; UniProt 2–107 作者链 D; PDB构建体 1–106; UniProt 2–107

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3lb8
沉积日期 deposition_date2010-01-07
结构标题 titleCrystal structure of the covalent putidaredoxin reductase-putidaredoxin complex
关键词 keywords;covalently linked protein-protein complex, FAD, Flavoprotein, Oxidoreductase, Electron transport, Iron-sulfur, Metal-binding, Oxidoreductase-Electron Transport complex ;; Oxidoreductase/Electron Transport
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3lb8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3lb8__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3lb8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.70 Å
Rg(电子密度)23.54 Å
总 Rg24.30 Å
原子数4013
残基数523
排除体积71168 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3lb8__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3lb8__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3lb8c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related
结构域编号 domain_idd3lb8d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id3lb8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id3lb8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id3lb8A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain
结构域编号 domain_id3lb8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id3lb8B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id3lb8B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain
结构域编号 domain_id3lb8C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
结构域编号 domain_id3lb8D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
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7. 引用文献 (1)