3lgl

Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K382me2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 51.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor suppressor p53-binding protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1484–1603	片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)	DIMETHYLATED p53 LYSINE 382 PEPTIDE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3LGL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GZH Crystal structure of the BRCT domains of human 53BP1 bound to the p53 tumor supressor 提交 2002-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1724–1972（249 aa）片段：BRCT TANDEM REPEAT, RESIDUES 1724-1972	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM TRIS PH 7.4, 250 MM AMMONIUM SULFATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1GZH Crystal structure of the BRCT domains of human 53BP1 bound to the p53 tumor supressor 提交 2002-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1724–1972（249 aa）片段：BRCT TANDEM REPEAT, RESIDUES 1724-1972	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM TRIS PH 7.4, 250 MM AMMONIUM SULFATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000	分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1KZY Crystal Structure of the 53bp1 BRCT Region Complexed to Tumor Suppressor P53 提交 2002-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1714–1972（259 aa）片段：TANDEM-BRCT DOMAIN 链 D 1714–1972（259 aa）片段：TANDEM-BRCT DOMAIN	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG4000, sodium citrate, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.256
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1485–1602（118 aa）片段：residues 1485-1602	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2G3R Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains at 1.2 A resolution 提交 2006-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tandem tutor domains, residues 1484-1603 (SWS-Q12888)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1MHEPES/Na, 2M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.25 Å R-free 0.241
2G3R Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains at 1.2 A resolution 提交 2006-02-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tandem tutor domains, residues 1484-1603 (SWS-Q12888)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1MHEPES/Na, 2M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.25 Å R-free 0.241
2IG0 Structure of 53BP1/methylated histone peptide complex 提交 2006-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：tandem tudor domains (resiudes 1484-1603)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES/NA, 2M AMMONIUM SULFATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.251
2LVM Solution structure of human 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a histone H4K20me2 peptide 提交 2012-07-07	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：UNP residues 1484-1603	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 1.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 8.5 mM protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 8.5 mM protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 5 mM protein_1, 4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 5 mM protein_1, 4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MWO Solution structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a p53K370me2 peptide 提交 2014-11-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tudor-like region residues 1484-1603	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 5.0 mM 53BP1-Tudor, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 5.0 mM 53BP1-Tudor, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 35 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM p53K370me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2MWP Solution structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a p53K382me2 peptide 提交 2014-11-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tudor-like region residues 1484-1603	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM 53BP1-Tudor, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc382me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM p53K382me2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc382me2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3LGF Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K370me2 提交 2010-01-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tandem tudor domains (RESIUDES 1484-1603)	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.232
3LGF Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K370me2 提交 2010-01-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：Tandem tudor domains (RESIUDES 1484-1603)	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.232
3LH0 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K372me2 提交 2010-01-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
3LH0 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K372me2 提交 2010-01-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
4CRI Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains in complex with methylated K810 Rb peptide 提交 2014-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1459–1634（176 aa）片段：TANDEM TUDOR DOMAIN, RESIDUES 1459-1634 链 B 1459–1634（176 aa）片段：TANDEM TUDOR DOMAIN, RESIDUES 1459-1634	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；5%(W/V) PEG10K. 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 7.5	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
4RG2 Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with small molecule ligand 提交 2014-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1483–1606（124 aa）片段：Tudor domain (UNP residues 1483-1606) 链 B 1483–1606（124 aa）片段：Tudor domain (UNP residues 1483-1606)	未记录	3OO 3-bromo-N-[3-(tert-butylamino)propyl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；19% PEG3350, 0.15 M DL-malic acid, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
4X34 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K381acK382me2 提交 2014-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1489–1608（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium chloride and 4.0 M sodium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
4X34 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K381acK382me2 提交 2014-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1489–1608（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium chloride and 4.0 M sodium formate	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5ECG Crystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p53 and H2AX-pSer139 (gammaH2AX) 提交 2015-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1713–1972（260 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；200mM NaF, 100mM Bis-Tris Propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
5ECG Crystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p53 and H2AX-pSer139 (gammaH2AX) 提交 2015-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1713–1972（260 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；200mM NaF, 100mM Bis-Tris Propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
5J26 Crystal structure of a 53BP1 Tudor domain in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-03-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1492–1608（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 0.2 M Sodium Acetate, 27% (w/v) PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
5Z78 Structure of TIRR/53BP1 complex 提交 2018-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1484–1603（120 aa）片段：UNP residues 1484-1603	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Bis-Tris propane,PEG MME550	分辨率 1.76 Å R-free 0.222
5ZCJ Crystal structure of complex 提交 2018-02-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1459–1634（176 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.7 M Ammonium tartrate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6CO1 Structure of human TIRR in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1484–1603（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 7% isopropanol	分辨率 2.18 Å R-free 0.203
6CO1 Structure of human TIRR in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1484–1603（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 7% isopropanol	分辨率 2.18 Å R-free 0.203
6CO2 Structure of an engineered protein (NUDT16TI) in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1484–1603（120 aa）链 D 1484–1603（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 10% PEG 4,000	分辨率 2.49 Å R-free 0.270
6IU7 Crystal structure of importin-alpha1 bound to the 53BP1 nuclear localization signal (wild-type) 提交 2018-11-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1665–1686（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.185
6IUA Crystal structure of importin-alpha1 bound to the 53BP1 nuclear localization signal (S1678D) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1665–1686（22 aa）	突变：S1678D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT	分辨率 1.70 Å R-free 0.179
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）链 B 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1484–1603（120 aa）链 D 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1484–1603（120 aa）链 F 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1484–1603（120 aa）链 H 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1484–1603（120 aa）链 J 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXY Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC3351 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）链 B 1484–1603（120 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5 K6M N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6; 1M ammonium phosphate monobasic	分辨率 1.62 Å R-free 0.213
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）链 B 1484–1603（120 aa）	未记录	K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1484–1603（120 aa）链 D 1484–1603（120 aa）	未记录	K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1484–1603（120 aa）链 F 1484–1603（120 aa）	未记录	K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1484–1603（120 aa）链 H 1484–1603（120 aa）	未记录	K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1484–1603（120 aa）链 J 1484–1603（120 aa）	未记录	K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MY0 Structure of 53BP1 Tandem Tudor domains with E1549P and D1550N mutations 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1484–1603（120 aa）	突变：E1549P, D1550N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
6MY0 Structure of 53BP1 Tandem Tudor domains with E1549P and D1550N mutations 提交 2018-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1484–1603（120 aa）	突变：E1549P, D1550N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
6VA5 Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-4184 提交 2019-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1488–1611（124 aa）	未记录	QSS 2-(4-methylpiperazin-1-yl)aniline × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 1.28 Å R-free 0.185
6VIP TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-6008 提交 2020-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1488–1611（124 aa）	未记录	QXY {4-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]phenyl}(4-ethylpiperazin-1-yl)methanone × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 1.36 Å R-free 0.211
6VIP TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-6008 提交 2020-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1488–1611（124 aa）	未记录	QXY {4-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]phenyl}(4-ethylpiperazin-1-yl)methanone × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 1.36 Å R-free 0.211
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1636–1650（15 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4	分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1636–1650（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1636–1650（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.	分辨率 3.01 Å R-free 0.277
8EOM TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-5973 提交 2022-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1488–1611（124 aa）链 B 1488–1611（124 aa）	未记录	WNQ 4-(4-methylpiperazine-1-sulfonyl)benzamide × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 1.70 Å R-free 0.244
8F0W Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-5956 提交 2022-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1488–1611（124 aa）链 B 1488–1611（124 aa）	未记录	X9N 1-[4-(4-ethylpiperazin-1-yl)-3-fluorophenyl]butan-1-one × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 35	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400	分辨率 1.52 Å R-free 0.234
8HKW Crystal structure of importin-alpha3 bound to the 53BP1 nuclear localization signal 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1665–1686（22 aa）链 D 1665–1686（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Mother liquor contained PEG3350 and lithium nitrate. Crystal was grown in the presence of a synthetic peptide (amino acid sequence: GTSFSGRKIKTAVRRRK) that corresponds to human Nup153 residues 1459-1475).	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1488–1611（124 aa）	未记录	WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1488–1611（124 aa）	未记录	WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1488–1611（124 aa）	未记录	WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1488–1611（124 aa）	未记录	WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate	分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1484–1603（120 aa）链 B 1484–1603（120 aa）	突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol	分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1484–1603（120 aa）链 D 1484–1603（120 aa）	突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol	分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1484–1603（120 aa）链 F 1484–1603（120 aa）	突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol	分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1484–1603（120 aa）链 H 1484–1603（120 aa）	突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol	分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 1484–1603（120 aa）链 J 1484–1603（120 aa）	突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol	分辨率 3.79 Å R-free 0.300

共 34 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TP53B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–125； UniProt 1484–1603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lgl
沉积日期 deposition_date	2010-01-20
结构标题 title	Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K382me2
关键词 keywords	;TANDEM TUDOR DOMAIN, DIMETHYLATED p53 PEPTIDE, DNA REPAIR, CELL CYCLE, DNA damage, DNA-binding, Methylation, Transcription, Transcription regulation ;; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.25 Å
零角强度 I(0) i0	3826610.00
分子量 molecular_weight	13889.0 kDa
排除体积 excluded_volume	17458 Å³
包络体积 envelope_volume	20084 Å³
水化壳体积 shell_volume	12118 Å³
包络直径 envelope_diameter	50.2 Å
壳层 Rg shell_rg	19.77 Å
包络 Rg envelope_rg	14.61 Å
形状 Rg shape_rg	14.24 Å
总 Rg total_rg	15.48 Å
总原子数 total_atoms	1944
残基数 n_residues	119
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	51.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8270e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2550e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3827000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8822
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.249
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	928900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor suppressor p53-binding protein 1
分子量 formula_weight	14029.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2247

GPLGSNSFVGLRVVAKWSSNGYFYSGKITRDVGAGKYKLLFDDGYECDVLGKDILLCDPIPLDTEVTALSEDEYFSAGVVKGHRKESGELYYSIEKEGQRKWYKRMAVILSLEQGNRLREQYGLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DIMETHYLATED p53 LYSINE 382 PEPTIDE
分子量 formula_weight	1408.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TSRHKKLMFKT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3lglA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	3lglA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.430 Å
晶胞边长 b length_b	78.070 Å
晶胞边长 c length_c	36.190 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	121.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	24.133 Å
R 因子 r_factor	0.2088
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2510

fit	/app/data/saxs_computation/lg/3lgl/3lgl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lg/3lgl/3lgl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lg/3lgl/3lgl.dat

Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K382me2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor suppressor p53-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)