3lmy

The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit beta

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE × 2 SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEXB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–556； UniProt 1–556 作者链 B； PDB构建体 1–556； UniProt 1–556

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3lmy
沉积日期 deposition_date	2010-02-01
结构标题 title	The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine
关键词 keywords	;6-stranded anti-parallel beta-sheet, TIM barrel, Disease mutation, Disulfide bond, Gangliosidosis, Glycoprotein, Glycosidase, Hydrolase, Lysosome ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3lmy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3lmy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3lmy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.67 Å
Rg（电子密度）	31.91 Å
总 Rg	32.71 Å
原子数	7914
残基数	958
排除体积	141230 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3lmy__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3lmy__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit beta
分子量 formula_weight	63180.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.52
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8004

MELCGLGLPRPPMLLALLLATLLAAMLALLTQVALVVQVAEAARAPSVSAKPGPALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGFYKWHHEPAEFQAKTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSRQNKLDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCNHENM

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	5-(4-CHLORO-PHENYL)-6-ETHYL-PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE
分子量 formula_weight	248.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	78

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3lmya1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3lmya2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3lmyb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d3lmyb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3lmyA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like

结构域编号 domain_id	3lmyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	3lmyB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	379 — Chitobiase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like

结构域编号 domain_id	3lmyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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晶胞边长 a length_a	113.898 Å
晶胞边长 b length_b	113.898 Å
晶胞边长 c length_c	397.427 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	35.900 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2520

The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lmy__assembly_1__model_1

3lmy__assembly_1__model_1 | I(q)

3lmy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

The Crystal Structure of beta-hexosaminidase B in complex with Pyrimethamine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3lmy__assembly_1__model_1

3lmy__assembly_1__model_1 | I(q)

3lmy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)