3ly3

Crystal Structure of fluorophore-labeled Class A Beta-lactamase PenP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 59.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

Bacillus licheniformis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 47–305	片段：residues 47-303 突变：E166C	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3LY3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I2S BETA-LACTAMASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS BS3 提交 2001-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–307（282 aa）链 B 26–307（282 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.237
1I2W BETA-LACTAMASE FROM BACILLUS LICHENIFORMIS BS3 COMPLEXED WITH CEFOXITIN 提交 2001-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–307（282 aa）链 B 26–307（282 aa）	未记录	1QL (2R)-5-[(carbamoyloxy)methyl]-2-{(1S)-1-methoxy-2-oxo-1-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid × 2 OUT CARBAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；PEG 6000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.256
1MBL A catalytically-impaired class A beta-lactamase: 2 Angstroms crystal structure and kinetics of the Bacillus licheniformis E166A mutant 提交 1992-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–303（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1MBL A catalytically-impaired class A beta-lactamase: 2 Angstroms crystal structure and kinetics of the Bacillus licheniformis E166A mutant 提交 1992-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 48–303（256 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2BLM BETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2BLM BETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-02-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
3LY4 Crystal Structure of fluorophore-labeled Class A -lactamase PenP-E166Cb in complex with penicillin G 提交 2010-02-26	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–303（257 aa）片段：residues 47-301	突变：E166C	PNM OPEN FORM - PENICILLIN G × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.260
3M2J Crystal Structure of fluorescein-labeled Class A -lactamase PenP 提交 2010-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–303（257 aa）片段：residues 47-301	突变：E166C	SO4 SULFATE ION × 1 F5M 5-(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl)-2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.273
3M2J Crystal Structure of fluorescein-labeled Class A -lactamase PenP 提交 2010-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–303（257 aa）片段：residues 47-301	突变：E166C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.273
3M2K Crystal Structure of fluorescein-labeled Class A -beta lactamase PenP in complex with cefotaxime 提交 2010-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–303（257 aa）片段：residues 47-301	突变：E166C	CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
3M2K Crystal Structure of fluorescein-labeled Class A -beta lactamase PenP in complex with cefotaxime 提交 2010-03-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–303（257 aa）片段：residues 47-301	突变：E166C	CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；PEG 4000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.236
3SH7 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	BB0 1-[6-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]ethanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
3SH7 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	BB0 1-[6-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]ethanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.244
3SH8 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP in complex with cephaloridine 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3SH8 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP in complex with cephaloridine 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.267
3SH9 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP in complex with cefotaxime 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1 BB0 1-[6-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]ethanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
3SH9 Crystal structure of fluorophore-labeled beta-lactamase PenP in complex with cefotaxime 提交 2011-06-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166C	CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1 BB0 1-[6-(dimethylamino)naphthalen-2-yl]ethanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.246
3SOI Crystallographic structure of Bacillus licheniformis beta-lactamase W210F/W229F/W251F at 1.73 angstrom resolution 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 46–303（258 aa）片段：BETA-LACTAMASE (UNP Residues 46-303)	突变：W210F, W229F, W251F	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；PEG 4000 28%, Sodium Citrate 0.1 M, pH 5.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.193
3SOI Crystallographic structure of Bacillus licheniformis beta-lactamase W210F/W229F/W251F at 1.73 angstrom resolution 提交 2011-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 46–303（258 aa）片段：BETA-LACTAMASE (UNP Residues 46-303)	突变：W210F, W229F, W251F	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；PEG 4000 28%, Sodium Citrate 0.1 M, pH 5.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.193
4BLM BETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C. REFINEMENT AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION AND ANALYSIS OF HYDRATION 提交 1991-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
4BLM BETA-LACTAMASE OF BACILLUS LICHENIFORMIS 749(SLASH)C. REFINEMENT AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION AND ANALYSIS OF HYDRATION 提交 1991-05-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
4M3K Structure of a single domain camelid antibody fragment cAb-H7S in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis 提交 2013-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 44–307（264 aa）片段：UNP residues 44-307	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 uL 0.2 M (NH4)Cl 20 % PEG3350 + 0.2 uL complex 14.2 mg/ml 20 mM tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.195
4N1H Structure of a single-domain camelid antibody fragment cAb-F11N in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis 提交 2013-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 44–307（264 aa）片段：UNP residues 44-307	突变：ProGly insertion between residues 197 and 198	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 uL acetate 0.1 M, pH 4.6, 12 % P4K + 0.1 uL protein complex at 14 mg/mL in Tris 20 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
4N1H Structure of a single-domain camelid antibody fragment cAb-F11N in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis 提交 2013-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 44–307（264 aa）片段：UNP residues 44-307	突变：ProGly insertion between residues 197 and 198	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 uL acetate 0.1 M, pH 4.6, 12 % P4K + 0.1 uL protein complex at 14 mg/mL in Tris 20 mM, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.284
4N92 Crystal structure of beta-lactamse PenP_E166S 提交 2013-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase 链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166S 突变：E166S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；Tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.93 Å R-free 0.230
4N9K crystal structure of beta-lactamse PenP_E166S in complex with cephaloridine 提交 2013-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase 链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166S 突变：E166S	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；Tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 1.93 Å R-free 0.229
4N9L crystal structure of beta-lactamse PenP_E166S in complex with meropenem 提交 2013-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase 链 B 43–307（265 aa）片段：Small exopenicillinase	突变：E166S 突变：E166S	DWZ (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5S)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；Tris, PEG 3350, ammonium acetate, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242
5GHX Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	ACY ACETIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 1.24 Å R-free 0.161
5GHX Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	ACY ACETIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 1.24 Å R-free 0.161
5GHY Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "post-acylation" intermediate 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
5GHY Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "post-acylation" intermediate 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
5GHZ Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "pre-deacylation" intermediate 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 1.93 Å R-free 0.204
5GHZ Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "pre-deacylation" intermediate 提交 2016-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）片段：UNP residues 43-307	突变：E166H	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 1.93 Å R-free 0.204
5LWF Structure of a single domain camelid antibody fragment cAb-G10S in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis 提交 2016-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 44–307（264 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Mg Acetate, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 20% PEG8000	分辨率 2.56 Å R-free 0.242
5LWF Structure of a single domain camelid antibody fragment cAb-G10S in complex with the BlaP beta-lactamase from Bacillus licheniformis 提交 2016-09-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 44–307（264 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Mg Acetate, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 20% PEG8000	分辨率 2.56 Å R-free 0.242
5ZFL Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant E166Y 提交 2018-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）	突变：E166Y	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
5ZFL Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant E166Y 提交 2018-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）	突变：E166Y	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
5ZFT Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166Y in complex with cephaloridine as "pre-deacylation" intermediate 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）	突变：E166Y	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 33500, 4M ammonium acetate	分辨率 1.93 Å R-free 0.218
5ZFT Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166Y in complex with cephaloridine as "pre-deacylation" intermediate 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）	突变：E166Y	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 33500, 4M ammonium acetate	分辨率 1.93 Å R-free 0.218
5ZG6 Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166Y in complex with cephaloridine as "post-acylation" intermediate 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 43–307（265 aa）	突变：E166Y	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
5ZG6 Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166Y in complex with cephaloridine as "post-acylation" intermediate 提交 2018-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–307（265 aa）	突变：E166Y	CED 5-METHYL-2-[2-OXO-1-(2-THIOPHEN-2-YL-ACETYLAMINO)-ETHYL]-3,6-DIHYDRO-2H-[1,3]THIAZINE-4-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1M Tris pH8.0, 25% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
9T9P Adenosine receptor A2a (A2AR)-beta-lactamase fusion bound to beta-lactamase inhibitory protein II (BLIPII) and ZM241385 提交 2025-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 47–300（254 aa）	未记录	ZMA 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	BLAC_BACLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–259； UniProt 47–305

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ly3
沉积日期 deposition_date	2010-02-26
结构标题 title	Crystal Structure of fluorophore-labeled Class A Beta-lactamase PenP
关键词 keywords	beta-lactamase, fluorophore, biosensor, hydrolase, Antibiotic resistance, Cell membrane, Lipoprotein, Membrane, Palmitate; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.74 Å
零角强度 I(0) i0	14683000.00
分子量 molecular_weight	28780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36043 Å³
包络体积 envelope_volume	40517 Å³
水化壳体积 shell_volume	18882 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.29 Å
包络 Rg envelope_rg	18.01 Å
形状 Rg shape_rg	17.73 Å
总 Rg total_rg	18.71 Å
总原子数 total_atoms	2025
残基数 n_residues	259
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6732
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.182
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3419000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.374; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3ly3a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family family	e.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3ly3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.438 Å
晶胞边长 b length_b	74.936 Å
晶胞边长 c length_c	79.034 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	39.530 Å
R 因子 r_factor	0.2236
R_work r_work	0.2216
R_free r_free	0.2608

描述 description	Beta-lactamase
分子量 formula_weight	28839.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.6
突变 mutation	E166C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2229

Crystal Structure of fluorophore-labeled Class A Beta-lactamase PenP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bacillus licheniformis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1402
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	204

fit	/app/data/saxs_computation/ly/3ly3/3ly3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ly/3ly3/3ly3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ly/3ly3/3ly3.dat