SAXSdb — 3mat

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHIONINE AMINOPEPTIDASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–264	突变：R175Q	bestatin-based inhibitor (3R)-amino-(2S)-hydroxyheptanoyl-l-Ala-l-Leu-l-Val-l-Phe-OMe × 1 CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.1；CRYSTALS OF THE CO(II)-SUBSTITUTED ENZYME WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOR DIFFUSION IN 20-30 UL SITTING DROPS AFTER MIXING THE PROTEIN, 12 MG/ML SOLUTION IN STORAGE BUFFER(25 MM HEPES PH 6.8, 25 MM K2SO4, 100 MM NACL, 1 MM COCL2, 15 MM METHIONINE),CONTAINING 48.8 MM N-OCTANOYL SUCROSE, 1:1 WITH WELL SOLUTIONS (24-26% PEG4000, 0.1M HEPES PH7.0-7.2,FRESH 2 MM COCL2). CRYSTALS WERE OBTAINED OF THE INHIBITOR COMPLEX BY INCUBATING THE PROTEIN AS ABOVE AT ROOM TEMPERATURE FOR 5 MIN WITH A 20-FOLD MOLAR EXCESS OF THE INHIBITOR DISSOLVED IN DMSO. THE FINAL INHIBITOR:ENZYME RATIO WAS 10:1 (1% DMSO) AFTER MIXING THE PREFORMED COMPLEX WITH WELL SOLUTION (0.1M MES PH 6.1,	分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3MAT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C21 E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: METHIONINE COMPLEX 提交 1999-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）片段：METHIONINE	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MET METHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；K2SO4, NaCl, methionine, N-octanoyl sucrose, PEG 4000, HEPES, CoCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å
1C22 E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: TRIFLUOROMETHIONINE COMPLEX 提交 1999-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MF3 2-AMINO-4-TRIFLUOROMETHYLSULFANYL-BUTYRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；HEPES, CoCl2, K2SO4, Methionine, PEG4000, NaCl, N-octanoyl sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å
1C23 E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: METHIONINE PHOSPHONATE COMPLEX 提交 1999-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MPH (1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Hepes, NaCl, K2SO4, CoCl2, PEG 4000, methionine, N-octanoyl sucrose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1C24 E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE: METHIONINE PHOSPHINATE COMPLEX 提交 1999-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）片段：METHIONINE PHOSPHINATE	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MPJ (1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Hepes, NaCl, CoCl2, K2SO4, PEG 4000, N-octanoyl sucrose, methionine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å
1C27 E. COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE:NORLEUCINE PHOSPHONATE COMPLEX 提交 1999-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）片段：NORLEUCINE PHOSPHONATE	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Hepes, NaCl, CoCl2, K2SO4, methionine, N-octanoyl sucrose, PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å
1MAT STRUCTURE OF THE COBALT-DEPENDENT METHIONINE AMINOPEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI: A NEW TYPE OF PROTEOLYTIC ENZYME 提交 1992-12-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1XNZ Crystal Structure of Mn(II) form of E. coli. Methionine Aminopeptidase in complex with 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2004-10-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FCD 5-(2-CHLOROPHENYL)FURAN-2-CARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.52 Å R-free 0.250
1YVM E. coli Methionine Aminopeptidase in complex with thiabendazole 提交 2005-02-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 4 NA SODIUM ION × 1 TMG 2-(1,3-THIAZOL-4-YL)-1H-BENZIMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；293 K；PEG 4000, cobalt chloride, hepes, methionine, sodium chloride, potassium chloride, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2BB7 Mn Form Of E. coli Methionine Aminopeptidase In Complex With a quinolinyl sulfonamide inhibitor 提交 2005-10-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1 QMS N-(QUINOLIN-8-YL)METHANESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.233
2MAT E.COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE AT 1.9 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1999-03-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：R175Q	CO COBALT (II) ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；CRYSTALS OF THE CO(II)-SUBSTITUTED ENZYME WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY VAPOR DIFFUSION IN 20-30 UL SITTING DROPS AFTER MIXING THE PROTEIN, 12 MG/ML SOLUTION IN STORAGE BUFFER(25 MM HEPES PH 6.8, 25 MM K2SO4, 100 MM NACL, 1 MM COCL2, 15 MM METHIONINE),CONTAINING 48.8 MM N-OCTANOYL SUCROSE, 1:1 WITH WELL SOLUTIONS (24-26% PEG4000, 0.1M HEPES PH7.0-7.2,FRESH 2 MM COCL2)., pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å
4MAT E.COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE HIS79ALA MUTANT 提交 1999-03-29	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：R175Q, H79A	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；Crystals of the HIS79ALA mutant were obtained by mixing the apoenzyme retaining the C-terminal HISs-tag (6.7 mg/ml, 20 mM DTT, 25 mM HEPES pH 6.8, 25 mM K2SO4, 100 mM NaCl) with an equal volume of well solution (22-27 % PEG 3400, 0.1 M HEPES pH 7.0, 200 mM NaCl). Diffraction quality crystals were obtained after macroseeding into 20 uL hanging drops.	分辨率 2.00 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mat
沉积日期 deposition_date	1999-03-29
结构标题 title	E.COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE TRANSITION-STATE INHIBITOR COMPLEX
关键词 keywords	ALPHA-AMINOACYLPEPTIDE, TRANSITION-STATE ANALOG, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.31 Å
零角强度 I(0) i0	15077200.00
分子量 molecular_weight	29121.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36355 Å³
包络体积 envelope_volume	39740 Å³
水化壳体积 shell_volume	18800 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.2 Å
壳层 Rg shell_rg	23.96 Å
包络 Rg envelope_rg	17.60 Å
形状 Rg shape_rg	17.34 Å
总 Rg total_rg	18.18 Å
总原子数 total_atoms	2034
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.5 Å
Rg (实空间) rg_real	18.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3958000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	METHIONINE AMINOPEPTIDASE
分子量 formula_weight	29454.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
突变 mutation	R175Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2125

MAISIKTPEDIEKMRVAGRLAAEVLEMIEPYVKPGVSTGELDRICNDYIVNEQHAVSACLGYHGYPKSVCISINEVVCHGIPDDAKLLKDGDIVNIDVTVIKDGFHGDTSKMFIVGKPTIMGERLCRITQESLYLALRMVKPGINLREIGAAIQKFVEAEGFSVVREYCGHGIGQGFHEEPQVLHYDSRETNVVLKPGMTFTIEPMVNAGKKEIRTMKDGWTVKTKDRSLSAQYEHTIVVTDNGCEILTLRKDDTIPAIISHDEL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	bestatin-based inhibitor (3R)-amino-(2S)-hydroxyheptanoyl-l-Ala-l-Leu-l-Val-l-Phe-OMe
分子量 formula_weight	605.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XALVX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3mata_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.127 — Creatinase/aminopeptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.127.1 — Creatinase/aminopeptidase
家族 Family family	d.127.1.1 — Creatinase/aminopeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3matA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	39.297 Å
晶胞边长 b length_b	65.155 Å
晶胞边长 c length_c	51.371 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	37.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ma/3mat/3mat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/3mat/3mat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/3mat/3mat.dat

E.COLI METHIONINE AMINOPEPTIDASE TRANSITION-STATE INHIBITOR COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHIONINE AMINOPEPTIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)