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3me9

Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SAGA-associated factor 29 homolog

Homo sapiens

UniProt Q96ES7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 115–293 链 B； UniProt 115–293 片段：UNP Residues 115-293 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Histone H3 × 2 （Q92133） UNX UNKNOWN LIGAND × 11 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 115–293 片段：UNP Residues 115-293 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Histone H3 × 1 （Q92133） UNX UNKNOWN LIGAND × 6 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 115–293 片段：UNP Residues 115-293 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Histone H3 × 1 （Q92133） UNX UNKNOWN LIGAND × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ME9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3LX7 Crystal structure of a Novel Tudor domain-containing protein SGF29 提交 2010-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 138–293（156 aa） 片段：Residues 138-293
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.2M potassium sodium tartrate, 2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.78 Å R-free 0.245
3MEA Crystal structure of the SGF29 in complex with H3K4me3 提交 2010-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 129–291（163 aa） 片段：UNP Residues 129-291
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；22% peg3350, 0.1M HEPES. 0.004M trimethylated H3K3 peptide was present in the protein stock solution, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 1.26 Å R-free 0.200
3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UNX UNKNOWN LIGAND × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UNX UNKNOWN LIGAND × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3MEU Crystal structure of SGF29 in complex with H3R2me2sK4me3 提交 2010-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
链 B 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.28 Å R-free 0.228
3MEV Crystal structure of SGF29 in complex with R2AK4me3 提交 2010-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
链 B 115–293（179 aa） 片段：UNP Residues 115-293
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.83 Å R-free 0.282
3MEW Crystal structure of Novel Tudor domain-containing protein SGF29 提交 2010-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 129–287（159 aa） 片段：UNP Residues 115-287
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.92 Å R-free 0.235
5C0M Crystal structure of SGF29 tandem tudor domain in complex with a Carba containing peptide 提交 2015-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 115–293（179 aa） 片段：tandem tudor domain (UNP residues 115-293)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.239
5C0M Crystal structure of SGF29 tandem tudor domain in complex with a Carba containing peptide 提交 2015-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 115–293（179 aa） 片段：tandem tudor domain (UNP residues 115-293)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.239

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SGF29_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–180； UniProt 115–293 作者链 B； PDB构建体 2–180； UniProt 115–293

Histone H3

物种未注明

UniProt Q92133

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–12 链 D； UniProt 2–12 片段：UNP Residues 2-9 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAGA-associated factor 29 homolog × 2 （Q96ES7） UNX UNKNOWN LIGAND × 11 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 2–12 片段：UNP Residues 2-9 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAGA-associated factor 29 homolog × 1 （Q96ES7） UNX UNKNOWN LIGAND × 6 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 2–12 片段：UNP Residues 2-9 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAGA-associated factor 29 homolog × 1 （Q96ES7） UNX UNKNOWN LIGAND × 5 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% PEG3350, 0.1M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K 分辨率 1.37 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3ME9 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 62–136（75 aa） 片段：residues 62-136
突变：G103A ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 62–136（75 aa） 片段：residues 62-136
突变：G103A ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 62–136（75 aa） 片段：residues 62-136
突变：G103A ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2HUE Structure of the H3-H4 chaperone Asf1 bound to histones H3 and H4 提交 2006-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 62–136（75 aa） 片段：residues 62-136
突变：G103A ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；295 K；0.1M potassium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 14.5% PEG 4K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–16（15 aa） 片段：UNP Residues 2-16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L12 Solution NMR structure of the chromobox protein 7 with H3K9me3 提交 2010-07-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–16（15 aa） 片段：UNP Residues 2-16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 0.5 mM PMSF, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L1B Solution NMR structure of the chromobox protein Cbx7 with H3K27me3 提交 2010-07-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 20–34（15 aa） 片段：UNP Residues 20-34
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 2.7 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3GV6 Crystal Structure of human chromobox homolog 6 (CBX6) with H3K9 peptide 提交 2009-03-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–15（15 aa） 片段：UNP residues 2-16
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；14% PEG 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, pH7.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K
分辨率 1.76 Å R-free 0.266
3MEA Crystal structure of the SGF29 in complex with H3K4me3 提交 2010-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–12（11 aa） 片段：UNP Residues 2-4
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；22% peg3350, 0.1M HEPES. 0.004M trimethylated H3K3 peptide was present in the protein stock solution, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
分辨率 1.26 Å R-free 0.200
3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–12（11 aa） 片段：UNP Residues 2-12
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UNX UNKNOWN LIGAND × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3MET Crystal structure of SGF29 in complex with H3K4me2 提交 2010-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–12（11 aa） 片段：UNP Residues 2-12
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） UNX UNKNOWN LIGAND × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3MEU Crystal structure of SGF29 in complex with H3R2me2sK4me3 提交 2010-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–14（13 aa） 片段：UNP Residues 2-14
链 D 2–14（13 aa） 片段：UNP Residues 2-14
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.28 Å R-free 0.228
3MEV Crystal structure of SGF29 in complex with R2AK4me3 提交 2010-03-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 2–9（8 aa） 片段：UNP Residues 2-9
链 D 2–9（8 aa） 片段：UNP Residues 2-9
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；20-28% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, vapor diffusion, Sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.83 Å R-free 0.282
3O7A Crystal structure of PHF13 in complex with H3K4me3 提交 2010-07-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–12（11 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.1M Tris-HCl pH 8.5; 1.5M Na-Citrate, PEG400 6%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.67 Å R-free 0.224
4HSU Crystal structure of LSD2-NPAC with H3(1-26)in space group P21 提交 2012-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–31（30 aa） 片段：UNP residues 2-31
突变：K4M FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.02M Citric acid, 0.03M Bis_tris propane, 10% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.232
4QEO crystal structure of KRYPTONITE in complex with mCHH DNA, H3(1-15) peptide and SAH 提交 2014-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–16（15 aa） 片段：unp residues 2-16
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；30% PEG200, 5% PEG3000, and 0.1 M MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.226
5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
链 I 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
链 Q 2–136（135 aa）
链 U 2–136（135 aa）
链 Y 2–136（135 aa）
链 c 2–136（135 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
分辨率 5.77 Å R-free 0.238
6G0L Structure of two molecules of the chromatin remodelling enzyme Chd1 bound to a nucleosome 提交 2018-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
分辨率 3.90 Å
7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.75 Å
7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
突变：K36Nle,M90Nle,M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle,M90Nle,M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.15 Å
7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K36Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.48 Å
7UNK Structure of Importin-4 bound to the H3-H4-ASF1 histone-histone chaperone complex 提交 2022-04-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å

共 22 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q92133_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 2–12 作者链 D； PDB构建体 1–11； UniProt 2–12

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3me9
沉积日期 deposition_date2010-03-31
结构标题 titleCrystal structure of SGF29 in complex with H3K4me3 peptide
关键词 keywords;Structural Genomics Consortium, SGC, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, Chromosomal protein, DNA-binding, Nucleosome core ;; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3me9A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id3me9B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)