3mfl

Axial Ligand Swapping In Double Mutant Maintains Intradiol-cleavage Chemistry in Protocatechuate 3,4-Dioxygenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain × 12 （P00437） SULFATE ION × 16 GLYCEROL × 24 BETA-MERCAPTOETHANOL × 12 FE (III) ION × 12 CARBONATE ION × 4 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID × 12 CHLORIDE ION × 4 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCXA_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–200； UniProt 2–201 作者链 B； PDB构建体 1–200； UniProt 2–201 作者链 C； PDB构建体 1–200； UniProt 2–201

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

Pseudomonas putida

UniProt P00437

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain × 12 （P00436） SULFATE ION × 16 GLYCEROL × 24 BETA-MERCAPTOETHANOL × 12 FE (III) ION × 12 CARBONATE ION × 4 2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID × 12 CHLORIDE ION × 4 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCXB_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 N； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239 作者链 O； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3mfl
沉积日期 deposition_date	2010-04-02
结构标题 title	Axial Ligand Swapping In Double Mutant Maintains Intradiol-cleavage Chemistry in Protocatechuate 3,4-Dioxygenase
关键词 keywords	dioxygenase, non-heme, iron, homoprotocatechuate, intradiol, substrate analogue, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3mfl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3mfl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3mfl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.08 Å
Rg（电子密度）	52.93 Å
总 Rg	53.19 Å
原子数	41944
残基数	5256
排除体积	738500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3mfl__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain
分子量 formula_weight	22278.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11806

PIELLPETPSQTAGPYVHIGLALEAAGNPTRDQEIWNRLAKPDAPGEHILLLGQVYDGNGHLVRDSFLEVWQADANGEYQDAYNLENAFNSFGRTATTFDAGEWTLHTVKPGVVNNAAGVPMAPHINISLFARGINIHLHTRLYFDDEAQANAKCPVLNLIEQPQRRETLIAKRCEVDGKTAYRFDIRIQGEGETVFFDF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
分子量 formula_weight	26696.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.3
突变 mutation	Y148H, H163Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

PAQDNSRFVIRDRNWHPKALTPDYKTSIARSPRQALVSIPQSISETTGPNFSHLGFGAHDHDLLLNFNNGGLPIGERIIVAGRVVDQYGKPVPNTLVEMWQANAGGRYRHKNDRYLAPLDPNFGGVGRCLTDSDGYYSFRTIKPGPHPWRNGPNDWRPAHIYFGISGPSIATKLITQLYFEGDPLIPMCPIVKSIANPEAVQQLIAKLDMNNANPMDCLAYRFDIVLRGQRKTHFENC

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)ACETIC ACID
分子量 formula_weight	168.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1048

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d3mfla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d3mflb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d3mflc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d3mflm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d3mfln_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	d3mflo_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.6 — Aromatic compound dioxygenase
家族 Family family	b.3.6.1 — Aromatic compound dioxygenase

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3mflA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	3mflB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	3mflC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	3mflM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	3mflN00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

结构域编号 domain_id	3mflO00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	130 — Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aromatic compound dioxygenase

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晶胞边长 a length_a	128.319 Å
晶胞边长 b length_b	140.769 Å
晶胞边长 c length_c	168.183 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	23.870 Å
R 因子 r_factor	0.1590
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.1850

Axial Ligand Swapping In Double Mutant Maintains Intradiol-cleavage Chemistry in Protocatechuate 3,4-Dioxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mfl__assembly_1__model_1

3mfl__assembly_1__model_1 | I(q)

3mfl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Axial Ligand Swapping In Double Mutant Maintains Intradiol-cleavage Chemistry in Protocatechuate 3,4-Dioxygenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3mfl__assembly_1__model_1

3mfl__assembly_1__model_1 | I(q)

3mfl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)