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3mh5

HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease do

Escherichia coli

UniProt P0C0V0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–474 未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.309
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 27–474 未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K 分辨率 3.00 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3MH5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
1KY9 Crystal Structure of DegP (HtrA) 提交 2002-02-04 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；Isopropanol, PEG 2000 MME, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2ZLE Cryo-EM structure of DegP12/OMP 提交 2008-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 27–474（448 aa）
链 B 27–474（448 aa）
链 C 27–474（448 aa）
链 E 27–474（448 aa）
链 F 27–474（448 aa）
链 G 27–474（448 aa）
链 H 27–474（448 aa）
链 I 27–474（448 aa）
链 J 27–474（448 aa）
链 K 27–474（448 aa）
链 L 27–474（448 aa）
链 M 27–474（448 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Embedded in vitreous ice using C-flat holey carbon grids (CF-2/2-4C-100, Protochip) and a Vitrobot (FEI) at 20 temperature and 100% relative humidity
分辨率 28.00 Å
3CS0 Crystal structure of DegP24 提交 2008-04-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH4 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 27–474（448 aa）
突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.309
3MH6 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa）
未记录 DFP DIISOPROPYL PHOSPHONATE × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；12% Isopropanol, 0.1M Tris, 12% PEG 2000 MME, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.60 Å R-free 0.309
3MH7 HtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues 提交 2010-04-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 27–474（448 aa）
突变：S210A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；292 K；PEG 550 MME, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.96 Å R-free 0.249
3OTP Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate 提交 2010-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 B 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 C 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 D 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 E 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
链 F 27–474（448 aa） 片段：UNP residues 27-474
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K
分辨率 3.76 Å R-free 0.251
3OU0 re-refined 3CS0 提交 2010-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 A 27–474（448 aa） 片段：DegP, UNP residues 27-474
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.229
4A8D DegP dodecamer with bound OMP 提交 2011-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 A 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 B 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 C 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 D 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 E 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 F 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 G 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 H 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 I 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 J 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 K 27–474（448 aa） 片段：DEGP
链 L 27–474（448 aa） 片段：DEGP
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH；pH 8；300MM NACL, 50MM HEPES- NAOH
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；EMBEDDED IN VITREOUS ICE USING C-FLAT HOLEY CARBON GRIDS AND A VITROBOT AT 20C.
分辨率 28.00 Å
6JJK Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 35–474（440 aa）
链 B 35–474（440 aa）
链 C 35–474（440 aa）
链 D 35–474（440 aa）
链 E 35–474（440 aa）
链 F 35–474（440 aa）
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；10% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.4
分辨率 3.60 Å R-free 0.265
6JJL Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 35–474（440 aa）
链 B 35–474（440 aa）
链 C 35–474（440 aa）
链 D 35–474（440 aa）
链 E 35–474（440 aa）
链 F 35–474（440 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350, 0.1 M tacsimate pH 3.5
分辨率 4.20 Å R-free 0.326
6JJO Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator 提交 2019-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 27–474（448 aa）
链 B 27–474（448 aa）
链 C 27–474（448 aa）
链 D 27–474（448 aa）
链 E 27–474（448 aa）
链 F 27–474（448 aa）
突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 突变：S210A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；11% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.5
分辨率 4.16 Å R-free 0.278
8F0A Client-bound structure of a DegP trimer within a 12mer cage 提交 2022-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.60 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F0U Structure of a 12mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1T Structure of an 18mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 12.10 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 13.80 Å
8F1U Structure of a 24mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 13.80 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 90 PDB 声明：90-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F21 Structure of a 30mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 B 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 C 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 E 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
链 F 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 14.10 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å
8F26 Structure of a 60mer DegP cage bound to the client protein hTRF1 提交 2022-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 38–385（348 aa） 片段：protease and PDZ1 domains (UNP residues 38-385)
链 D 400–474（75 aa） 片段：PDZ2 domain (UNP residues 400-474)
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 9.70 Å

共 18 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DEGP_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474 作者链 B； PDB构建体 1–448； UniProt 27–474

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3mh5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3mh5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3mh5
沉积日期 deposition_date2010-04-07
结构标题 titleHtrA proteases are activated by a conserved mechanism that can be triggered by distinct molecular cues
关键词 keywordsDegP, HtrA, protease, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.33 Å
零角强度 I(0) i029937100.00
分子量 molecular_weight41667.0 kDa
排除体积 excluded_volume52224 ų
包络体积 envelope_volume67030 ų
水化壳体积 shell_volume22862 ų
包络直径 envelope_diameter88.8 Å
壳层 Rg shell_rg31.56 Å
包络 Rg envelope_rg25.88 Å
形状 Rg shape_rg25.32 Å
总 Rg total_rg26.12 Å
总原子数 total_atoms2913
残基数 n_residues393
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.2 Å
Rg (实空间) rg_real26.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29940000.0000
解质量估计 total_estimate0.8791
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.2 Å
偏度 Skewness skewness0.376
峰度 Kurtosis kurtosis-0.568
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7008000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.892; Smooth: 0.970
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3mh5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3mh5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3mh5B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id3mh5B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)