3muu

Crystal structure of the Sindbis virus E2-E1 heterodimer at low pH

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural polyprotein

Sindbis virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 6	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 5 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 6	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_SINDV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 A； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186 作者链 B； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 B； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186 作者链 C； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 C； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186 作者链 D； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 D； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186 作者链 E； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 E； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186 作者链 F； PDB构建体 1–344； UniProt 329–672 作者链 F； PDB构建体 361–740； UniProt 807–1186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3muu
沉积日期 deposition_date	2010-05-03
结构标题 title	Crystal structure of the Sindbis virus E2-E1 heterodimer at low pH
关键词 keywords	Beta barrels, Ig-like folds, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3muu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3muu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3muu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.64 Å
Rg（电子密度）	46.43 Å
总 Rg	46.61 Å
原子数	14600
残基数	1837
排除体积	260210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3muu__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3muu__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Structural polyprotein
分子量 formula_weight	82617.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	29159

SVIDDFTLTSPYLGTCSYCHHTVPCFSPVKIEQVWDEADDNTIRIQTSAQFGYDQSGAASANKYRYMSLKQDHTVKEGTMDDIKISTSGPCRRLSYKGYFLLAKCPPGDSVTVSIVSSNSATSCTLARKIKPKFVGREKYDLPPVHGKKIPCTVYDRLKETTAGYITMHRPRPHAYTSYLEESSGKVYAKPPSGKNITYECKCGDYKTGTVSTRTEITGCTAIKQCVAYKSDQTKWVFNSPDLIRHDDHTAQGKLHLPFKLIPSTCMVPVAHAPNVIHGFKHISLQLDTDHLTLLTTRRLGANPEPTTEWIVGKTVRNFTVDRDGLEYIWGNHEPVRVYAQESAGGGSWSHPQFEKGGGGYEHATTVPNVPQIPYKALVERAGYAPLNLEITVMSSEVLPSTNQEYITCKFTTVVPSPKIKCCGSLECQPAAHAGYTCKVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENSQMSEAYVELSADCASDHAQAIKVHTAAMKVGLRIVYGNTTSFLDVYVNGVTPGTSKDLKVIAGPISASFTPFDHKVVIHRGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQATSLTSKDLIASTDIRLLKPSAKNVHVPYTQASSGFEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIAVNPLRAVDCSYGNIPISIDIPNAAFIRTSDAPLVSTVKCEVSECTYSADFGGMATLQYVSDREGQCPVHSHSSTATLQESTVHVLEKGAVTVHFSTASPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPPAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sindbis virus
通用名 common_name	SINV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11034
宿主生物 host_organism	Drosophila

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

结构域编号 domain_id	3muuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3muuB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3muuC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3muuD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3muuE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuE04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

结构域编号 domain_id	3muuF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3200 — Alphavirus E2 glycoprotein, A domain

结构域编号 domain_id	3muuF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2400 — Alphavirus E2 glycoprotein, domain C

结构域编号 domain_id	3muuF04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	350 —

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晶胞边长 a length_a	67.482 Å
晶胞边长 b length_b	158.430 Å
晶胞边长 c length_c	160.676 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	60.42 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.65 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	60.720 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2520

Crystal structure of the Sindbis virus E2-E1 heterodimer at low pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3muu__assembly_1__model_1

3muu__assembly_1__model_1 | I(q)

3muu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Sindbis virus E2-E1 heterodimer at low pH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3muu__assembly_1__model_1

3muu__assembly_1__model_1 | I(q)

3muu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

CATH v4.4 (18 domains)

7. 引用文献 (1)