SAXSdb — 3n6o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

guanine nucleotide exchange factor

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 340–647	片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.236
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 340–647	片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3N6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JZ9 Crystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 340–533（194 aa）片段：GEF domain: UNP residues 340-533	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.25 M Sodium sulfate, 21% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
3JZA Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 340–533（194 aa）片段：GEF domain: UNP residues 340-533	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；292 K；0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
4MXP Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM 提交 2013-09-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 330–647（318 aa）片段：GEF and P4M domains, UNP residues 330-647	未记录	DB4 (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4-6% PEG 3350, 100 mM Tris, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.83 Å R-free 0.208

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZSQ3_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–311； UniProt 340–647 作者链 B； PDB构建体 4–311； UniProt 340–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3n6o
沉积日期 deposition_date	2010-05-26
结构标题 title	Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila
关键词 keywords	phosphatidylinositol-4-phosphate, membrane, GEF, Rab, LCV, P4M, RabGEF, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.37 Å
零角强度 I(0) i0	79844300.00
分子量 molecular_weight	68432.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84973 Å³
包络体积 envelope_volume	116100 Å³
水化壳体积 shell_volume	32069 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.67 Å
包络 Rg envelope_rg	31.34 Å
形状 Rg shape_rg	31.34 Å
总 Rg total_rg	31.93 Å
总原子数 total_atoms	4787
残基数 n_residues	604
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.9 Å
Rg (实空间) rg_real	31.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2510e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	79840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8650
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.310
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.394
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	guanine nucleotide exchange factor
分子量 formula_weight	35125.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4966

GHMVTRIENLENAKKLWDNANSMLEKGNISGYLKAANELHKFMKEKNLKEDDLRPELSDKTISPKGYAILQSLWGAASDYSRAAATLTESTVEPGLVSAVNKMSAFFMDCKLSPNERATPDPDFKVGKSKILVGIMQFIKDVADPTSKIWMHNTKALMNHKIAAIQKLERSNNVNDETLESVLSSKGENLSEYLSYKYATKDEGREHRYTASTENFKNVKEKYQQMRGDALKTEILADFKDKLAEATDEQSLKQIVAELKSKDEYRILAKGQGLTTQLLGLKTSSVSSFEKMVEETRESIKSQERQTIKIK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3n6oA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	3n6oB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.962 Å
晶胞边长 b length_b	75.375 Å
晶胞边长 c length_c	130.965 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.900 Å
R 因子 r_factor	0.1730
R_work r_work	0.1700
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/n6/3n6o/3n6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n6/3n6o/3n6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n6/3n6o/3n6o.dat

Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

guanine nucleotide exchange factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction