3ng9

Structure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Serotype 1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

Adeno-associated virus - 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 60	ADENINE × 60 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE × 60 water × 60	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	ADENINE × 10 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE × 10 water × 10	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	ADENINE × 10 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE × 10 water × 10	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 10	ADENINE × 10 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE × 10 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WBP8_9VIRU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 B； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 C； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 D； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 E； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 F； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 G； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 H； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 I； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736 作者链 J； PDB构建体 1–736； UniProt 1–736

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3ng9
沉积日期 deposition_date	2010-06-11
结构标题 title	Structure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Serotype 1
关键词 keywords	Adeno-Associated Virus 1, beta barrel, single-stranded DNA virus, parvovirus, icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3ng9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3ng9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3ng9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	108.80 Å
总 Rg	109.10 Å
原子数	248280
残基数	31200
排除体积	4345300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3ng9__assembly_1__model_1`	60-MERIC （60）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3ng9__assembly_2__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`3ng9__assembly_3__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`3ng9__assembly_4__model_1`	decameric （10）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	81454.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	42680

MAADGYLPDWLEDNLSEGIREWWDLKPGAPKPKANQQKQDDGRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNAADAAALEHDKAYDQQLKAGDNPYLRYNHADAEFQERLQEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPLGLVEEGAKTAPGKKRPVEQSPQEPDSSSGIGKTGQQPAKKRLNFGQTGDSESVPDPQPLGEPPATPAAVGPTTMASGGGAPMADNNEGADGVGNASGNWHCDSTWLGDRVITTSTRTWALPTYNNHLYKQISSASTGASNDNHYFGYSTPWGYFDFNRFHCHFSPRDWQRLINNNWGFRPKRLNFKLFNIQVKEVTTNDGVTTIANNLTSTVQVFSDSEYQLPYVLGSAHQGCLPPFPADVFMIPQYGYLTLNNGSQAVGRSSFYCLEYFPSQMLRTGNNFTFSYTFEEVPFHSSYAHSQSLDRLMNPLIDQYLYYLNRTQNQSGSAQNKDLLFSRGSPAGMSVQPKNWLPGPCYRQQRVSKTKTDNNNSNFTWTGASKYNLNGRESIINPGTAMASHKDDEDKFFPMSGVMIFGKESAGASNTALDNVMITDEEEIKATNPVATERFGTVAVNFQSSSTDPATGDVHAMGALPGMVWQDRDVYLQGPIWAKIPHTDGHFHPSPLMGGFGLKNPPPQILIKNTPVPANPPAEFSATKFASFITQYSTGQVSVEIEWELQKENSKRWNPEVQYTSNYAKSANVDFTVDNNGLYTEPRPIGTRYLTRPL

来源 Source

来源生物 organism	Adeno-associated virus - 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	85106

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENINE
分子量 formula_weight	135.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE
分子量 formula_weight	111.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1300

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3ng9a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9d_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9f_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9g_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9i_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d3ng9j_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3ng9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9F00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9H00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9I00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

结构域编号 domain_id	3ng9J00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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晶胞边长 a length_a	262.700 Å
晶胞边长 b length_b	262.700 Å
晶胞边长 c length_c	612.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	180

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2500

Structure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Serotype 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ng9__assembly_1__model_1

3ng9__assembly_1__model_1 | I(q)

3ng9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure to Function Correlations for Adeno-associated Virus Serotype 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3ng9__assembly_1__model_1

3ng9__assembly_1__model_1 | I(q)

3ng9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)