Lysine-specific demethylase 4A
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–359 | 片段：Catalytic domain | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 8XQ 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | 分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 1–359 | 片段：Catalytic domain | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 8XQ 8-hydroxyquinoline-5-carboxylic acid × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K | 分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 3NJY | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2GF7 Double tudor domain structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes (7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.264 |
| 2GF7 Double tudor domain structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes (7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.264 |
| 2GF7 Double tudor domain structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes (7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.264 |
| 2GF7 Double tudor domain structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；1.4 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes (7.4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.264 |
| 2GFA double tudor domain complex structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；24%PEG 4K, 0.1 M Na Cacodylate (pH 7.4), 0.2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 2GFA double tudor domain complex structure 提交 2006-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
895–1011（117 aa）
片段：double tudor domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；290 K；24%PEG 4K, 0.1 M Na Cacodylate (pH 7.4), 0.2 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.270 |
| 2GP3 Crystal structure of the catalytic core domain of jmjd2a 提交 2006-04-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG8000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.280 |
| 2GP3 Crystal structure of the catalytic core domain of jmjd2a 提交 2006-04-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–350（349 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG8000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.280 |
| 2GP5 Crystal structure of catalytic core domain of jmjd2A complexed with alpha-Ketoglutarate 提交 2006-04-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–350（349 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG 8000, 100 mM MgCl2, 100 Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.285 |
| 2GP5 Crystal structure of catalytic core domain of jmjd2A complexed with alpha-Ketoglutarate 提交 2006-04-16 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–350（349 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG 8000, 100 mM MgCl2, 100 Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.285 |
| 2OQ6 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide trimethylated at Lys9 提交 2007-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；277 K；0.1 M citrate, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.50
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 2OQ6 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide trimethylated at Lys9 提交 2007-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；277 K；0.1 M citrate, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 5.50
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.208 |
| 2OQ7 The crystal structure of JMJD2A complexed with Ni and N-oxalylglycine 提交 2007-01-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 2OQ7 The crystal structure of JMJD2A complexed with Ni and N-oxalylglycine 提交 2007-01-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.228 |
| 2OS2 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide trimethylated at Lys36 提交 2007-02-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1 M Citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.226 |
| 2OS2 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide trimethylated at Lys36 提交 2007-02-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1 M Citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.226 |
| 2OT7 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide monomethylated at Lys9 提交 2007-02-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 100 mM Citrate, 2 mM NiCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 2OT7 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide monomethylated at Lys9 提交 2007-02-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 100 mM Citrate, 2 mM NiCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.241 |
| 2OX0 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide dimethylated at Lys9 提交 2007-02-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.210 |
| 2OX0 Crystal structure of JMJD2A complexed with histone H3 peptide dimethylated at Lys9 提交 2007-02-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.210 |
| 2P5B The complex structure of JMJD2A and trimethylated H3K36 peptide 提交 2007-03-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–350（349 aa）
片段：catalytic core
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；EVAPORATION
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.263 |
| 2P5B The complex structure of JMJD2A and trimethylated H3K36 peptide 提交 2007-03-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–350（349 aa）
片段：catalytic core
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；EVAPORATION
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.263 |
| 2PXJ The complex structure of JMJD2A and monomethylated H3K36 peptide 提交 2007-05-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–348（347 aa）
片段：catalytic core
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；15-17% PEG 5000 mme, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.276 |
| 2PXJ The complex structure of JMJD2A and monomethylated H3K36 peptide 提交 2007-05-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–348（347 aa）
片段：catalytic core
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FE2 FE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；15-17% PEG 5000 mme, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.276 |
| 2Q8C Crystal structure of JMJD2A in ternary complex with an histone H3K9me3 peptide and 2-oxoglutarate 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.05 Å R-free 0.236 |
| 2Q8C Crystal structure of JMJD2A in ternary complex with an histone H3K9me3 peptide and 2-oxoglutarate 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.05 Å R-free 0.236 |
| 2Q8D Crystal structure of JMJ2D2A in ternary complex with histone H3-K36me2 and succinate 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.29 Å R-free 0.251 |
| 2Q8D Crystal structure of JMJ2D2A in ternary complex with histone H3-K36me2 and succinate 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 SIN SUCCINIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.29 Å R-free 0.251 |
| 2Q8E Specificity and Mechanism of JMJD2A, a Trimethyllysine-Specific Histone Demethylase 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.05 Å R-free 0.260 |
| 2Q8E Specificity and Mechanism of JMJD2A, a Trimethyllysine-Specific Histone Demethylase 提交 2007-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–350（350 aa）
片段：Jumonji domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.05 Å R-free 0.260 |
| 2QQR JMJD2A hybrid tudor domains 提交 2007-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
897–1011（115 aa）
片段：HYBRID TUDOR DOMAINS (Residues: 897-1011)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 2QQR JMJD2A hybrid tudor domains 提交 2007-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
897–1011（115 aa）
片段：HYBRID TUDOR DOMAINS (Residues: 897-1011)
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.213 |
| 2QQS JMJD2A tandem tudor domains in complex with a trimethylated histone H4-K20 peptide 提交 2007-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
897–1011（115 aa）
片段：JMJD2A HYBRID TUDOR DOMAINS (residues: 897-1011)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
293 K；293K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.283 |
| 2QQS JMJD2A tandem tudor domains in complex with a trimethylated histone H4-K20 peptide 提交 2007-07-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
897–1011（115 aa）
片段：JMJD2A HYBRID TUDOR DOMAINS (residues: 897-1011)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
293 K；293K
|
分辨率 2.82 Å R-free 0.283 |
| 2VD7 Crystal Structure of JMJD2A complexed with inhibitor Pyridine-2,4- dicarboxylic acid 提交 2007-10-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；20% PEG3350 0.1M CITRATE PH 5.5
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.219 |
| 2VD7 Crystal Structure of JMJD2A complexed with inhibitor Pyridine-2,4- dicarboxylic acid 提交 2007-10-01 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 PD2 PYRIDINE-2,4-DICARBOXYLIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；20% PEG3350 0.1M CITRATE PH 5.5
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.219 |
| 2WWJ STRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A 提交 2009-10-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
7–353（347 aa）
片段：RESIDUES 7-353
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 Y28 O-benzyl-N-(carboxycarbonyl)-D-tyrosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；PROTEIN STOCK 11MG/ML JMJD2A, 10MM HEPES PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 0.75MM INHIBITOR 10A. RESERVOIR: 0.1M CITRATE PH5.5, 18.5% PEG3350, 4MM NICL2. 1:1 PROTEIN/RESERVOIR
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.248 |
| 2WWJ STRUCTURE OF JMJD2A COMPLEXED WITH INHIBITOR 10A 提交 2009-10-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
7–353（347 aa）
片段：RESIDUES 7-353
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 Y28 O-benzyl-N-(carboxycarbonyl)-D-tyrosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；PROTEIN STOCK 11MG/ML JMJD2A, 10MM HEPES PH7.5, 500MM NACL, 5% GLYCEROL, 0.75MM INHIBITOR 10A. RESERVOIR: 0.1M CITRATE PH5.5, 18.5% PEG3350, 4MM NICL2. 1:1 PROTEIN/RESERVOIR
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.248 |
| 2YBK JMJD2A COMPLEXED WITH R-2-HYDROXYGLUTARATE 提交 2011-03-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 2YBK JMJD2A COMPLEXED WITH R-2-HYDROXYGLUTARATE 提交 2011-03-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.236 |
| 2YBP JMJD2A COMPLEXED WITH R-2-HYDROXYGLUTARATE AND HISTONE H3K36me3 PEPTIDE (30-41) 提交 2011-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4 MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.225 |
| 2YBP JMJD2A COMPLEXED WITH R-2-HYDROXYGLUTARATE AND HISTONE H3K36me3 PEPTIDE (30-41) 提交 2011-03-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 2HG (2R)-2-hydroxypentanedioic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4 MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.225 |
| 2YBS JMJD2A COMPLEXED WITH S-2-HYDROXYGLUTARATE AND HISTONE H3K36me3 PEPTIDE (30-41) 提交 2011-03-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M CITRATE PH 5.5, 4 MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.237 |
| 2YBS JMJD2A COMPLEXED WITH S-2-HYDROXYGLUTARATE AND HISTONE H3K36me3 PEPTIDE (30-41) 提交 2011-03-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 S2G (2S)-2-HYDROXYPENTANEDIOIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M CITRATE PH 5.5, 4 MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K.
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.237 |
| 3PDQ Crystal structure of JMJD2A complexed with bipyridyl inhibitor 提交 2010-10-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：Catalytic domain, residues 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 KC6 4'-[(2-aminoethyl)carbamoyl]-2,2'-bipyridine-4-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.207 |
| 3PDQ Crystal structure of JMJD2A complexed with bipyridyl inhibitor 提交 2010-10-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：Catalytic domain, residues 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 KC6 4'-[(2-aminoethyl)carbamoyl]-2,2'-bipyridine-4-carboxylic acid × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M Citrate, 4mM NiCl2, 17.5% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.207 |
| 3RVH Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor 提交 2011-05-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：Catalytic domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 HQ2 8-hydroxy-3-(piperazin-1-yl)quinoline-5-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, 2:1 Protein:Well, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.224 |
| 3RVH Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor 提交 2011-05-06 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：Catalytic domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 HQ2 8-hydroxy-3-(piperazin-1-yl)quinoline-5-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE, 4mM NiCl2, 20% PEG 3350, 2:1 Protein:Well, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.224 |
| 3U4S Histone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide substrate crosslinked to N-oxalyl-D-cysteine 提交 2011-10-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：JMJC DOMAIN, UNP residues 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 08P N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 3U4S Histone Lysine demethylase JMJD2A in complex with T11C peptide substrate crosslinked to N-oxalyl-D-cysteine 提交 2011-10-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：JMJC DOMAIN, UNP residues 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 08P N-(carboxycarbonyl)-D-cysteine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.1M citrate, 2 mM NiCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 4AI9 JMJD2A Complexed with Daminozide 提交 2012-02-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DZA DAMINOZIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.237 |
| 4AI9 JMJD2A Complexed with Daminozide 提交 2012-02-08 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DZA DAMINOZIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1M CITRATE PH 5.5, 4MM NICL2, 20% PEG 3350, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277K
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.237 |
| 4BIS JMJD2A COMPLEXED WITH 8-HYDROXYQUINOLINE-4-CARBOXYLIC ACID 提交 2013-04-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 8HQ 8-hydroxyquinoline-4-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.02M NA/K PHOSPHATE, 20% W/V PEG 3350, SITTING DROP, 277K
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.224 |
| 4BIS JMJD2A COMPLEXED WITH 8-HYDROXYQUINOLINE-4-CARBOXYLIC ACID 提交 2013-04-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 8HQ 8-hydroxyquinoline-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.02M NA/K PHOSPHATE, 20% W/V PEG 3350, SITTING DROP, 277K
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.224 |
| 4GD4 Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor 提交 2012-07-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 0WS 2-(1H-pyrazol-3-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.2 M NaF, 20% w/v PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.218 |
| 4GD4 Crystal Structure of JMJD2A Complexed with Inhibitor 提交 2012-07-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：catalytic domain
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 0WS 2-(1H-pyrazol-3-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.2 M NaF, 20% w/v PEG 3350, 0.1 M Bis Tris Propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.218 |
| 4URA Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 14a 提交 2014-06-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 LEL 2-(2H-1,2,3-triazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.259 |
| 4URA Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 14a 提交 2014-06-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 LEL 2-(2H-1,2,3-triazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.259 |
| 4V2V JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H3K27me3 PEPTIDE (25-29) ARK(me3)SA 提交 2014-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP (1:1), 277 K, JCSG/A9: 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE, 20 % W/V PEG 3350, pH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 4V2V JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H3K27me3 PEPTIDE (25-29) ARK(me3)SA 提交 2014-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-359
|
未记录 | OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP (1:1), 277 K, JCSG/A9: 0.2 M AMMONIUM CHLORIDE, 20 % W/V PEG 3350, pH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 4V2W JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H3K27me3 PEPTIDE (16-35) 提交 2014-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP (PROTEIN:WELL, 1:2), 277 K, PACT PREMIER/G10: 0.02 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE 7.5, 20 % W/V PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.208 |
| 4V2W JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H3K27me3 PEPTIDE (16-35) 提交 2014-10-15 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP (PROTEIN:WELL, 1:2), 277 K, PACT PREMIER/G10: 0.02 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE 7.5, 20 % W/V PEG 3350
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.208 |
| 5A7N Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 43 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 VAO 2-(5-cyano-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；22% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 7.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.244 |
| 5A7N Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 43 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 VAO 2-(5-cyano-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；22% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 7.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.39 Å R-free 0.244 |
| 5A7O Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 42 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 7WH 2-[5-(2-methoxyethanoylamino)-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；PEG3350 -- 0.1M TRIS PH 8.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 5A7O Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 42 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 7WH 2-[5-(2-methoxyethanoylamino)-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；PEG3350 -- 0.1M TRIS PH 8.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.222 |
| 5A7P Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 36 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 6Z1 2-[5-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；28% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 0.15M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.236 |
| 5A7P Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 36 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 6Z1 2-[5-[(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)carbonylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；28% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 0.15M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.236 |
| 5A7Q Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 30 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 KCH 2-(5-azanyl-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；28% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 5A7Q Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 30 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 KCH 2-(5-azanyl-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；28% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 6.5 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.231 |
| 5A7S Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 44 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 S2X 2-(5-acetamido-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG3350 -- 0.1M TRIS PH 8.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.228 |
| 5A7S Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 44 提交 2015-07-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-359
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 S2X 2-(5-acetamido-2-oxidanyl-phenyl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG3350 -- 0.1M TRIS PH 8.5 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.228 |
| 5A7W Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 35 提交 2015-07-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 35M 2-[5-[(4-hydroxyphenyl)carbonylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；30% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.273 |
| 5A7W Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 35 提交 2015-07-10 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 35M 2-[5-[(4-hydroxyphenyl)carbonylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；30% PEG3350 -- 0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.25M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.273 |
| 5A80 Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 40 提交 2015-07-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 9CJ 2-[5-[2-(3-methoxyphenyl)ethanoylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG3350, 0.1M TRIS PH 8.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.249 |
| 5A80 Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound 40 提交 2015-07-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 1-359
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 9CJ 2-[5-[2-(3-methoxyphenyl)ethanoylamino]-2-oxidanyl-phenyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG3350, 0.1M TRIS PH 8.5, 0.2M AMMONIUM SULFATE
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.249 |
| 5ANQ inhibitors of JumonjiC domain-containing histone demethylases 提交 2015-09-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：JMJN, JMJC, RESIDUES 1-359
|
未记录 | 5YQ 2-{2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]pyrimidin-4-yl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 FE2 FE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.233 M LITHIUM SULFATE, 24% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 5ANQ inhibitors of JumonjiC domain-containing histone demethylases 提交 2015-09-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：JMJN, JMJC, RESIDUES 1-359
|
未记录 | 5YQ 2-{2-[(pyridin-3-ylmethyl)amino]pyrimidin-4-yl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 FE2 FE (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
0.233 M LITHIUM SULFATE, 24% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 5D6W Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium tartrate dibasic and 0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.196 |
| 5D6W Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium tartrate dibasic and 0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.196 |
| 5D6W Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium tartrate dibasic and 0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.196 |
| 5D6W Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium tartrate dibasic and 0.1M sodium acetate trihydrate pH4.6) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.196 |
| 5D6X Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium sulfate, 1% w/v peg3350 and 0.1M Bis-Tris pH5.5) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.200 |
| 5D6X Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
895–1011（117 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein Solution (30mg/ml KDM4A DTD, 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.0M ammonium sulfate, 1% w/v peg3350 and 0.1M Bis-Tris pH5.5) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.200 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5D6Y Crystal structure of double tudor domain of human lysine demethylase KDM4A complexed with histone H3K23me3 提交 2015-08-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
895–1011（117 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Protein-peptide Solution (30mg/ml KDM4A DTD and 3.5mg/ml peptide in 20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl and 0.5mM TCEP) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.2M sodium phosphate monobasic, 0.8M potassium phosphate dibasic, 0.1M CAPS/sodium hydroxide pH10.5, 0.2M lithium sulfate) Cryoprotected with additional 20% glycerol
|
分辨率 2.29 Å R-free 0.295 |
| 5F2S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 15 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5TZ 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.191 |
| 5F2S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 15 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5TZ 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.191 |
| 5F2S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 15 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5TZ 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
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X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.191 |
| 5F2S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 15 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5TZ 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.08 Å R-free 0.191 |
| 5F2W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UP 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 5F2W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UP 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 5F2W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UP 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 5F2W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UP 2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)pyridine-4-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.60 Å R-free 0.226 |
| 5F32 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5V7 8-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.203 |
| 5F32 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5V7 8-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
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VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.05 Å R-free 0.203 |
| 5F32 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5V7 8-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.203 |
| 5F32 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 40 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5V7 8-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.203 |
| 5F37 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 N5J 3H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.209 |
| 5F37 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 N5J 3H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.209 |
| 5F37 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 N5J 3H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.209 |
| 5F37 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 58 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 N5J 3H-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.209 |
| 5F39 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UB 8-(1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.210 |
| 5F39 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UB 8-(1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.210 |
| 5F39 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UB 8-(1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.210 |
| 5F39 Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 37 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UB 8-(1,3-thiazol-4-yl)-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.210 |
| 5F3C Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5U8 8-[4-[2-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.196 |
| 5F3C Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5U8 8-[4-[2-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.196 |
| 5F3C Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5U8 8-[4-[2-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.196 |
| 5F3C Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 52d 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-359
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5U8 8-[4-[2-[(4-fluorophenyl)methyl-methyl-amino]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.196 |
| 5F3E Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UO 8-[4-[2-[4-(4-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.210 |
| 5F3E Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UO 8-[4-[2-[4-(4-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.210 |
| 5F3E Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UO 8-[4-[2-[4-(4-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.210 |
| 5F3E Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UO 8-[4-[2-[4-(4-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.210 |
| 5F3G Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UL 8-[4-[2-[4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 5F3G Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UL 8-[4-[2-[4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 5F3G Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UL 8-[4-[2-[4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 5F3G Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 53a 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UL 8-[4-[2-[4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.246 |
| 5F3I Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54j 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UJ 8-[4-[2-[4-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.213 |
| 5F3I Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54j 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UJ 8-[4-[2-[4-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.213 |
| 5F3I Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54j 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UJ 8-[4-[2-[4-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.213 |
| 5F3I Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54j 提交 2015-12-02 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 5UJ 8-[4-[2-[4-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.213 |
| 5F5I Crystal Structure of human JMJD2A complexed with KDOOA011340 提交 2015-12-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：Oxidoreductase-2OG
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 5V1 2-[[(phenylmethyl)amino]methyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；0.1M bis-tris pH 5.9 , 0.15M ammonium sulfate , 13% PEG3350
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.243 |
| 5F5I Crystal Structure of human JMJD2A complexed with KDOOA011340 提交 2015-12-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：Oxidoreductase-2OG
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 5V1 2-[[(phenylmethyl)amino]methyl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；277 K；0.1M bis-tris pH 5.9 , 0.15M ammonium sulfate , 13% PEG3350
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.243 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FPV Crystal structure of human JMJD2A in complex with compound KDOAM20A 提交 2015-12-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.9；0.1M BIS-TRIS PH 5.9, 0.15M AMMONIUM SULFATE, 11% PEG3350
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.229 |
| 5FWE JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H4(1-15)R3me2s PEPTIDE 提交 2016-02-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；SITTING DROPS, 277 K, 0.15 M POTASSIUM BROMIDE, 30 % W/V PEG 2000 MME, pH 7.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.255 |
| 5FWE JMJD2A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND HISTONE H4(1-15)R3me2s PEPTIDE 提交 2016-02-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；SITTING DROPS, 277 K, 0.15 M POTASSIUM BROMIDE, 30 % W/V PEG 2000 MME, pH 7.5
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.255 |
| 5FY8 Crystal structure of human JMJD2A in complex with D-threo-isocitrate 提交 2016-03-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 N81 3-carboxy-2,3-dideoxy-D-erythro-pentaric acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 28% PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.229 |
| 5FY8 Crystal structure of human JMJD2A in complex with D-threo-isocitrate 提交 2016-03-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 N81 3-carboxy-2,3-dideoxy-D-erythro-pentaric acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 28% PEG3350
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.229 |
| 5FYC Crystal structure of human JMJD2A in complex with succinate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 FUM FUMARIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 22% PEG3350
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.229 |
| 5FYC Crystal structure of human JMJD2A in complex with succinate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 FUM FUMARIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 22% PEG3350
|
分辨率 2.26 Å R-free 0.229 |
| 5FYH Crystal structure of human JMJD2A in complex with fumarate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FUM FUMARIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 22% PEG3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.250 |
| 5FYH Crystal structure of human JMJD2A in complex with fumarate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FUM FUMARIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.15M AMMONIUM SULFATE -- 22% PEG3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.250 |
| 5FYI Crystal structure of human JMJD2A in complex with pyruvate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 PYR PYRUVIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.2M AMMONIUM SULFATE -- 28% PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 5FYI Crystal structure of human JMJD2A in complex with pyruvate 提交 2016-03-07 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：RESIDUES 4-354
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 PYR PYRUVIC ACID × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 ZN ZINC ION × 1 1KA (2-hydroxyethoxy)acetaldehyde × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6；0.1M BIS-TRIS PH 6.0 -- 0.2M AMMONIUM SULFATE -- 28% PEG3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.236 |
| 5LY1 JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II) AND Macrocyclic PEPTIDE Inhibitor CP2 (13-mer) 提交 2016-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP residues 1-359
链 B
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP residues 1-359
链 C
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP residues 1-359
链 D
1–359（359 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN UNP residues 1-359
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 PPI PROPANOIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M propionate-cacodylate-bistris propane pH 9.0 and 25 % w/v polyethylene glycol 1500
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.205 |
| 5LY2 JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND Macrocyclic PEPTIDE Inhibitor CP2_R6Kme3 (13-mer) 提交 2016-09-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1–359（359 aa）
链 B
1–359（359 aa）
链 C
1–359（359 aa）
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OGA N-OXALYLGLYCINE × 4 GOL GLYCEROL × 5 CL CHLORIDE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；0.1 M bicine pH 9.0 and 10% w/v polyethylene glycol 6000
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.245 |
| 5TVR JMJD2A in complex with Ni(II) and alpha-Ketoglutarate 提交 2016-11-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-159
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；17.5% PEG-3350 and 0.1 M citrate pH 6.0
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.224 |
| 5TVR JMJD2A in complex with Ni(II) and alpha-Ketoglutarate 提交 2016-11-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-159
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；17.5% PEG-3350 and 0.1 M citrate pH 6.0
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.224 |
| 5TVS JMJD2A in complex with Ni(II) 提交 2016-11-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-159
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；17.5% PEG-3350 and 0.1 M citrate pH 6.0
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.267 |
| 5TVS JMJD2A in complex with Ni(II) 提交 2016-11-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：UNP residues 1-159
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；17.5% PEG-3350 and 0.1 M citrate pH 6.0
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.267 |
| 5VAR Crystal structure of KDM4A tandem TUDOR domain in complex with a tri-methyl lysine competitive inhibitor 提交 2017-03-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
897–1011（115 aa）
|
未记录 | 92Y (1R,2S,3R,4S)-3-[(dimethylamino)methyl]-1-phenylbicyclo[2.2.1]heptan-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；18%(w/v) PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.243 |
| 5VGI Crystal Structure of KDM4 with the Small Molecule Inhibitor QC6352 提交 2017-04-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9DJ 3-[({(1R)-6-[methyl(phenyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl}methyl)amino]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；25% PEG 4000, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.248 |
| 5VGI Crystal Structure of KDM4 with the Small Molecule Inhibitor QC6352 提交 2017-04-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9DJ 3-[({(1R)-6-[methyl(phenyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl}methyl)amino]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；25% PEG 4000, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.248 |
| 5VGI Crystal Structure of KDM4 with the Small Molecule Inhibitor QC6352 提交 2017-04-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9DJ 3-[({(1R)-6-[methyl(phenyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl}methyl)amino]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；25% PEG 4000, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.248 |
| 5VGI Crystal Structure of KDM4 with the Small Molecule Inhibitor QC6352 提交 2017-04-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9DJ 3-[({(1R)-6-[methyl(phenyl)amino]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl}methyl)amino]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；273 K；25% PEG 4000, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.248 |
| 5VMP Crystal Structure of Human KDM4 with Small Molecule Inhibitor QC5714 提交 2017-04-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9FJ 3-({[(1R)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]methyl}amino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；22% PEG4K, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.260 |
| 5VMP Crystal Structure of Human KDM4 with Small Molecule Inhibitor QC5714 提交 2017-04-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9FJ 3-({[(1R)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]methyl}amino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；22% PEG4K, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.260 |
| 5VMP Crystal Structure of Human KDM4 with Small Molecule Inhibitor QC5714 提交 2017-04-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9FJ 3-({[(1R)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]methyl}amino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；22% PEG4K, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.260 |
| 5VMP Crystal Structure of Human KDM4 with Small Molecule Inhibitor QC5714 提交 2017-04-28 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 9FJ 3-({[(1R)-6-methoxy-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]methyl}amino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；22% PEG4K, 100mM HEPES pH 7.5
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.260 |
| 6CG1 Crystal Structure of KDM4A with Compound 14 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC1 3-{[(4-fluorophenyl)methyl]amino}pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mMHEPES pH 7.3
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.240 |
| 6CG1 Crystal Structure of KDM4A with Compound 14 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC1 3-{[(4-fluorophenyl)methyl]amino}pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mMHEPES pH 7.3
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.240 |
| 6CG1 Crystal Structure of KDM4A with Compound 14 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC1 3-{[(4-fluorophenyl)methyl]amino}pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mMHEPES pH 7.3
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.240 |
| 6CG1 Crystal Structure of KDM4A with Compound 14 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC1 3-{[(4-fluorophenyl)methyl]amino}pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mMHEPES pH 7.3
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.240 |
| 6CG2 Crystal Structure of KDM4A with Compound 8 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC2 2-[5-(3-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mM HEPES pH 7.3
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.234 |
| 6CG2 Crystal Structure of KDM4A with Compound 8 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC2 2-[5-(3-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mM HEPES pH 7.3
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.234 |
| 6CG2 Crystal Structure of KDM4A with Compound 8 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC2 2-[5-(3-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mM HEPES pH 7.3
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.234 |
| 6CG2 Crystal Structure of KDM4A with Compound 8 提交 2018-02-19 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
5–354（350 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 QC2 2-[5-(3-hydroxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG4K, 150mM NaCl, 50mM HEPES pH 7.3
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.234 |
| 6G5W Crystal Structure of KDM4A with compound YP-03-038 提交 2018-03-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：JMJD2A
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；100mM Citrate, 10mM NiCl2, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.218 |
| 6G5W Crystal Structure of KDM4A with compound YP-03-038 提交 2018-03-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：JMJD2A
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CIT CITRIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 ENZ (4~{R})-5-methyl-4-phenyl-2-pyridin-2-yl-pyrazolidin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；100mM Citrate, 10mM NiCl2, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.218 |
| 6G5X Crystal Structure of KDM4A with compound YP-02-145 提交 2018-03-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
片段：JMJD2A
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；100mM Citrate, 10mM NiCl2, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.203 |
| 6G5X Crystal Structure of KDM4A with compound YP-02-145 提交 2018-03-30 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
片段：JMJD2A
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CIT CITRIC ACID × 1 MY7 2-(3-methyl-5-oxidanylidene-4-phenyl-4~{H}-pyrazol-1-yl)-3~{H}-benzimidazole-5-carboxylic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；277 K；100mM Citrate, 10mM NiCl2, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.203 |
| 6H4O Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 18a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQH 8-[4-[2-[4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.203 |
| 6H4O Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 18a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQH 8-[4-[2-[4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.203 |
| 6H4O Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 18a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQH 8-[4-[2-[4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.203 |
| 6H4O Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 18a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQH 8-[4-[2-[4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.203 |
| 6H4P Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQ5 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.207 |
| 6H4P Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQ5 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.207 |
| 6H4P Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQ5 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.207 |
| 6H4P Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQ5 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.207 |
| 6H4Q Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.213 |
| 6H4Q Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
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X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.31 Å R-free 0.213 |
| 6H4Q Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
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X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.213 |
| 6H4Q Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
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X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.213 |
| 6H4R Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQB 8-[4-[2-[4-[4-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 6H4R Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQB 8-[4-[2-[4-[4-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 6H4R Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQB 8-[4-[2-[4-[4-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 6H4R Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17f 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQB 8-[4-[2-[4-[4-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
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分辨率 2.14 Å R-free 0.219 |
| 6H4S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQE 8-[4-[2-[4-[3-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.218 |
| 6H4S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQE 8-[4-[2-[4-[3-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.218 |
| 6H4S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQE 8-[4-[2-[4-[3-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.218 |
| 6H4S Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 16m 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQE 8-[4-[2-[4-[3-[2-(dimethylamino)ethyl]phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.218 |
| 6H4T Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FOW 8-[4-(2-spiro[1,2-dihydroindene-3,4'-piperidine]-1'-ylethyl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.216 |
| 6H4T Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FOW 8-[4-(2-spiro[1,2-dihydroindene-3,4'-piperidine]-1'-ylethyl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.216 |
| 6H4T Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FOW 8-[4-(2-spiro[1,2-dihydroindene-3,4'-piperidine]-1'-ylethyl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.216 |
| 6H4T Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FOW 8-[4-(2-spiro[1,2-dihydroindene-3,4'-piperidine]-1'-ylethyl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.216 |
| 6H4U Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.208 |
| 6H4U Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.208 |
| 6H4U Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.208 |
| 6H4U Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO2 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.208 |
| 6H4V Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34g 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQN 8-[4-(1-cyclopentylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.211 |
| 6H4V Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34g 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQN 8-[4-(1-cyclopentylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.211 |
| 6H4V Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34g 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQN 8-[4-(1-cyclopentylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.211 |
| 6H4V Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34g 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQN 8-[4-(1-cyclopentylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.211 |
| 6H4W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19d 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQQ 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)-4-methyl-piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 6H4W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19d 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQQ 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)-4-methyl-piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 6H4W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19d 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQQ 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)-4-methyl-piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 6H4W Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19d 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FQQ 8-[4-[2-[4-(3-chlorophenyl)-4-methyl-piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.266 |
| 6H4X Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FNQ 8-[4-[2-[4-(4-pyridin-3-ylphenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.207 |
| 6H4X Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FNQ 8-[4-[2-[4-(4-pyridin-3-ylphenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.207 |
| 6H4X Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FNQ 8-[4-[2-[4-(4-pyridin-3-ylphenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.207 |
| 6H4X Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FNQ 8-[4-[2-[4-(4-pyridin-3-ylphenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.207 |
| 6H4Y Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17e 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO8 8-[4-[2-[4-[4-(2-morpholin-4-ylethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.209 |
| 6H4Y Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17e 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO8 8-[4-[2-[4-[4-(2-morpholin-4-ylethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.209 |
| 6H4Y Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17e 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO8 8-[4-[2-[4-[4-(2-morpholin-4-ylethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.209 |
| 6H4Y Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17e 提交 2018-07-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 FO8 8-[4-[2-[4-[4-(2-morpholin-4-ylethyl)phenyl]piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.209 |
| 6H8P JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND Histone H1.4(18-32)K26me3 peptide (15-mer) 提交 2018-08-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1 M MIB buffer (malonic acid/imidazole/boric acid, pH 6.0) 25% w/v polyethylene glycol 1500
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.212 |
| 6H8P JMJD2A/ KDM4A COMPLEXED WITH NI(II), NOG AND Histone H1.4(18-32)K26me3 peptide (15-mer) 提交 2018-08-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；277 K；0.1 M MIB buffer (malonic acid/imidazole/boric acid, pH 6.0) 25% w/v polyethylene glycol 1500
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.212 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 6HGT Crystal structure of human KDM4A complexed with co-substrate analog NOG and histone H3 peptide with K9R mutation 提交 2018-08-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000.
Co-substrate analog NOG and H3R9 peptide were co-crystallised with the protein.
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.280 |
| 7D4A The Crystal Structure of human JMJD2A Tudor domain from Biortus 提交 2020-09-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
898–1011（114 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M NaCl, 0.1M HEPES pH7.5, 1.6M (NH4)2SO4
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.272 |
| 7EQV Crystal structure of JMJD2A complexed with 3,4-dihydroxybenzoic acid 提交 2021-05-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
8–355（348 aa）
|
未记录 | DHB 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.222 |
| 8WD3 The Crystal Structure of JMJD2A(M1-L359) from Biortus. 提交 2023-09-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M KSCN, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.293 |
| 8WD3 The Crystal Structure of JMJD2A(M1-L359) from Biortus. 提交 2023-09-14 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2M KSCN, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG 3350
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.293 |
| 9GII Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutation R913A 提交 2024-08-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
897–1011（115 aa）
|
突变：R913A | SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.216 |
| 9GLE Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations A91T:T93S 提交 2024-08-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M lithium sulfate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.222 |
| 9GLE Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations A91T:T93S 提交 2024-08-27 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M lithium sulfate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.222 |
| 9GP1 Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutatios K330R:A334E 提交 2024-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–359（359 aa）
|
突变：R913A | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 9GP1 Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutatios K330R:A334E 提交 2024-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–359（359 aa）
|
突变：R913A | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 9GP1 Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutatios K330R:A334E 提交 2024-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–359（359 aa）
|
突变：R913A | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 9GP1 Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutatios K330R:A334E 提交 2024-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–359（359 aa）
|
突变：R913A | NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate,
25% PEG3350,
0.1M bis-tris pH 6.5
|
分辨率 2.21 Å R-free 0.259 |
| 9GP4 Jumonji domain-containing protein 2A with crystallization epitope mutations Q953E:A958D 提交 2024-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
897–1011（115 aa）
|
突变：Q953E, A958D | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate,
0.1M bis-tris pH 5.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.179 |
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| UniProt名称 | KDM4A_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 23–381； UniProt 1–359 作者链 B； PDB构建体 23–381； UniProt 1–359 |
